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RaMP DB

기타 소스코드

v2.3.3

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새로운! RaMP 3.0!

이제 RaMP 3.0이 출시되었으며 200,000개 이상의 대사산물과 16,000개 이상의 유전자/단백질에 대한 확장된 주석이 포함된 업데이트된 백엔드 데이터베이스가 포함되어 있습니다. 주석에는 생물학적 경로, 화학 클래스 및 구조(대사산물에만 해당), 온톨로지(대사산물에만 해당) 및 화학 반응을 기반으로 하는 효소-대사산물 관계가 포함됩니다. 주석은 HMDB, KEGG(HMDB를 통해), Lipid-MAPS, WikiPathways, Reactome, CheBI 및 Rhea 반응 데이터베이스에서 가져옵니다.

이 R 패키지에는 사용자가 이 포괄적인 최신 리소스와 인터페이스할 수 있는 기능이 포함되어 있습니다. 기능에는 1) 경로, 온톨로지, 화학적 주석 및 반응 수준 유전자 대사 산물 관계에 대한 단순 및 일괄 쿼리가 포함됩니다. 2) 경로 및 화학적 농축 분석.

백엔드 RaMP 데이터베이스를 구축하는 데 사용되는 코드는 https://github.com/ncats/RaMP-Backend에서 무료로 사용할 수 있습니다.

최신 원고를 보려면 여기를 클릭하십시오.

웹 인터페이스

새로 개선된 웹 인터페이스는 https://rampdb.nih.gov/에서 찾을 수 있습니다. 코드는 https://github.com/ncats/RaMP-Client/에서 공개적으로 제공됩니다.

아피스

이제 여기에서 API 액세스를 사용할 수 있습니다.

RaMP(대사 경로 관계형 데이터베이스)를 사용하는 이유

RaMP의 목적은 여러 소스의 대사산물과 생물학적, 화학적 및 기타 유전자/단백질을 통합하는 공개적으로 사용 가능한 데이터베이스를 제공하는 것입니다. 데이터베이스 구조 및 데이터는 SQLite 데이터베이스 파일로 제공되며 RaMP 패키지 사용 시 직접 다운로드됩니다. 자세한 내용은 설치 지침을 참조하십시오. 이 프로젝트는 지속적으로 개발 중이므로 피드백을 주시면 감사하겠습니다.

연락처 정보:

질문이나 피드백이 있으시면 [email protected]로 메모를 보내주세요.

버그를 발견하면 이 GitHub 저장소를 통해 문제를 제출해 주세요.

기본 기능:

R 패키지 및 관련 앱은 다음 쿼리를 수행합니다.

 1. Retrieve analytes (genes, proteins, metabolites) given pathway(s) as input.
2. Retrieve pathway annotations given analytes as input.
3. Retrieve chemical annotations/structures given metabolites as input.
4. Retrieve analytes involved in the same reaction (e.g. enzymes catalyzing reactions involving input metabolites)
5. Retrieve ontologies (e.g. biospecimen location, disease, etc.) given input meteabolites.
6. Retrieve reactions associated with a list of metabolite and gene/protein input ids.     
7. Multi-omic pathway enrichment analysis
8. Chemical enrichment analyses

삽화

RaMP를 로컬로 설치하는 방법에 대한 자세한 지침은 다음과 같습니다. 또한 분석을 시작할 수 있도록 비네팅도 준비했습니다. 비네트를 보려면 여기를 클릭하세요.

소환

RaMP-DB를 사용하시는 경우 다음 저작물을 인용해주세요.

브레이스트 J, Patt A, Tindall C, Sheils T, Neyra J, Spencer K, Eicher T, Mathé EA. RaMP-DB 2.0: 대사산물, 단백질 및 유전자로부터 생물학적, 화학적 통찰력을 도출하기 위한 혁신된 지식 베이스입니다. 생물정보학. 2023년 1월 1;39(1):btac726. doi: 10.1093/bioinformatics/btac726. PMID: 36373969; PMCID: PMC9825745. 액세스하려면 여기를 클릭하세요.

Zhang, B., et al., RaMP: 유전자 및 대사산물의 경로 강화 분석을 위한 대사체학 경로의 포괄적인 관계형 데이터베이스. 대사물질, 2018. 8(1). PMID: 29470400; PMCID: PMC5876005; DOI: 10.3390/metabo8010016 액세스하려면 여기를 클릭하세요.

설치 지침

이 R 패키지를 로컬에서 사용하려면 이 저장소에 R 코드를 설치해야 합니다.

특별 참고 사항: BiocManager(2.8.0)를 사용하여 설치된 BiocFileCache 버전과 실제 버전 간에는 비호환성(여기에 보고됨: https://stat.ethz.ch/pipermail/bioc-devel/2023-October/020003.html)이 있습니다. 최신 버전(2.10.1). 후자는 RaMP-DB의 다른 종속성과 호환되어야 합니다. 최신 버전을 설치하려면 Bioconductor(https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/BiocFileCache.html)에서 소스 파일을 다운로드한 후 install.packages() 함수를 사용하여 설치해야 합니다. Mac의 경우 다음과 같습니다.

 install.packages("/Users/mathee/Downloads/BiocFileCache_2.10.1.tgz")

RaMP 패키지 설치 및 로드

devtools 패키지를 통해 제공되는 install_github() 함수를 사용하여 GitHub에서 직접 이 패키지를 설치할 수 있습니다. R 콘솔에서 다음을 입력합니다.

 # Locally install RaMP
install.packages( " devtools " )
library( devtools )
install_github( " ncats/RAMP-DB " )

# Load the package
library( RaMP )

# initializes the RaMP database object, downloading and caching the latest SQLite database
# if no version already exists in local cache.
rampDB <- RaMP()

# note that you can use the following method to check database versions hosted in your
# computer's local cache and databases that are available to download in our remote repository.
RaMP :: listAvailableRaMPDbVersions()

# using that list of available RaMP DB versions, one can specify the database version to use
# if the selected version is not available on your computer, but is in our remote repository at GitHub,
# the SQLite DB file will be automatically downloaded into local file cache.
# RaMP is using the BiocFileCache package to manage a local file cache.
rampDB <- RaMP( version = " 2.5.4 " )

중요 사항

쿼리를 위해 유전자 또는 대사산물 ID를 입력하는 경우 ID 앞에 원본 데이터베이스가 추가되어야 합니다(예: kegg:C02712, hmdb:HMDB04824 또는 CAS:2566-39-4). 대사산물 목록이나 유전자/단백질 ID 목록은 혼합된 소스일 수 있습니다. 접두사에 콜론을 포함하는 것을 잊지 마세요. 현재 RaMP에 포함된 ID 접두사는 다음과 같습니다.

분석물질 유형	ID 접두사 유형
대사산물	hmdb, pubchem, chebi, chemspider, kegg, CAS, LIPIDMAPS, swisslipids, 지질은행, wikidata, plantfa, kegg_글리칸
유전자/단백질	앙상블, entrez, gene_symbol, uniprot, hmdb, ncbi단백질, EN, 위키데이터, chebi

다음 RaMP 함수를 사용하여 표현된 모든 ID 접두사 유형을 나열할 수 있습니다.

 rampDB <- RaMP()
RaMP::getPrefixesFromAnalytes(db = rampDB, analyteType = 'metabolite')
RaMP::getPrefixesFromAnalytes(db = rampDB, analyteType = 'gene')