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RAILIN

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RAILIN(정수 선형 계획법에 의한 공명 할당)

소개

RAILIN은 핵자기공명 주파수로부터 자동화된 아미노산 측쇄 할당을 위한 Python 툴킷입니다. 이 문제는 선형 할당 문제로 공식화되고 제한된 최적화 기술로 해결될 수 있습니다. RAILIN은 MAP(maximum aposteriori) 분류 접근 방식을 사용하여 각 스핀 시스템의 공명 주파수가 21개 아미노산 중 하나에 해당할 확률을 추정합니다. 단백질의 1차 구조에 대한 사전 지식이 제공됩니다. 이 아미노산 서열은 제한된 선형 할당 문제를 공식화하는 데 사용되며, 이는 정수 선형 계획법을 사용하여 해결됩니다. 정수 계획법 문제는 변수의 일부 또는 전부가 정수로 제한되는 수학적 최적화 또는 실현 가능성 프로그램입니다. 많은 설정에서 이 용어는 목적 함수와 제약 조건(정수 제약 조건 제외)이 선형인 정수 선형 계획법(ILP)을 나타냅니다.

용법

usage: railin.py [-h] [--reffile REFFILE] [-a ASSIGNMENTS] [-t TOLERANCE]
               [-s {Joint,JointNew,CplexILP,ILP,Single}] [-v]
               resfile seqfile

positional arguments:
  resfile               Path to list of pseudo-residues in ASCII format.
  seqfile               Path to sequence file in FASTA format.

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  --reffile REFFILE     Path to BMRB reference shifts in ASCII format.
  -a ASSIGNMENTS, --assignments ASSIGNMENTS
                        Number of assignments to be computed (default: 100).
  -t TOLERANCE, --tolerance TOLERANCE
                        Linking Tolerance in ppm (default: 0.6).
  -s {Joint,JointNew,CplexILP,ILP,Single}, --strategy {Joint,JointNew,CplexILP,ILP,Single}
                        Assignment strategy (default: CplexILP).
  -v, --verbose         Turn on verbosity option.

설치

표준 설치

종속성

RAILIN은 다음 패키지에 의존합니다:

numpy - 필수(numpy.scipy.org)
scipy -- 필수(scipy.org)
matplotlib -- 필수(matplotlib.org)
networkx -- 필수(networkx.github.io/)
IBM ILOG CPLEX Optimizer -- 필수(cplex-optimizer)

위의 패키지가 시스템에 이미 설치되어 있는지 확인하려면 다음을 시도하십시오.

$ python
>> > import numpy
>> > import scipy
>> > import matplotlib
>> > import networkx
>> > import cplex

ImportError는 패키지가 설치되지 않았음을 의미합니다.

유닉스 계열 시스템에 종속성 설치

패키지 관리자를 사용하여 필요한 Python 패키지를 설치하십시오. 예를 들어 Debian/Ubuntu의 경우:

$ sudo apt-get install python-numpy
$ sudo apt-get install python-scipy
$ sudo apt-get install python-matplotlib
$ sudo apt-get install python-networkx