omaat
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OpenMSI Arrayed Analysis Toolkit(OMAAT)은 질량 분석 이미징(MSI)에서 공간적으로 정의된 샘플을 분석하기 위한 새로운 소프트웨어 패키지입니다. 이전에는 연구자들이 대규모 관심 영역 기반 분석을 위해 수동으로 데이터를 검토하거나 전문 컴퓨터 알고리즘에 의존했습니다. Jupyter 노트북을 사용하면 프로그래밍 경험이 없는 누구나 OMAAT에 쉽게 액세스할 수 있으며 MSI 데이터 세트의 공간적으로 정의된 샘플에서 피크 찾기 및 피크 통합을 간단하게 수행할 수 있습니다. OpenMSI와 결합하여 공간적으로 정의된 MSI 데이터를 저장, 공유 및 분석하기 위한 강력한 플랫폼이 생성되고 대규모 배열 샘플 세트 분석을 위한 MSI 사용을 촉진합니다. 이 새로운 기능을 통해 레이저 탈착 이온화 질량 분석 이미징을 높은 처리량의 생체 분자 분석을 위한 방식으로 사용할 수 있게 되었습니다.
OMAAT는 Python 모듈로 작성되었으며 Anaconda Python 배포판을 사용하여 기본 테스트를 거쳤습니다. 테스트 환경을 정확하게 재현하려면 여기와 여기에서 배포판과 패키지를 참조하세요.
Anaconda는 데이터 분석에 유용한 많은 Python 패키지와 함께 번들로 제공됩니다. 이미 Anaconda가 있는 경우 패키지가 최신 상태인지 확인하세요. OMAAT에는 Jupyter 버전 4.1+ 및 Python 버전 2.7+ 또는 3.2+가 필요합니다. https://www.continuum.io/downloads에서 제공되는 Python의 Anaconda 배포판을 사용하는 것이 좋습니다.
기본 아나콘다 설치 외에도 Python 패키지 "future"를 설치해야 합니다. 아나콘다에서는 conda 패키지 관리자를 사용하여 이 작업을 수행합니다.
conda install future
이 노트북의 위젯에는 widgetsnbextension 패키지가 필요합니다. 이는 다음을 통해 설치할 수 있습니다:
conda install widgetsnbextension
jupyter nbextension enable --py --sys-prefix widgetsnbextension
OMAAT 코드는 다음을 통해 명령줄에서 얻을 수 있습니다.
git clone https://github.com/biorack/OpenMSI_Arrayed_Analysis_Tools.git
또는 https://github.com/biorack/OpenMSI_Arrayed_Analytic_Tools/archive/master.zip에서 리포지토리의 zip 파일을 다운로드하고 압축을 풀어보세요.
터미널에서 노트북을 실행하려면 OMAAT 코드 디렉터리로 변경하세요. 그리고 입력
jupyter notebook
또는 anaconda의 그래픽 실행기 도구를 사용하여 노트북을 실행하세요.
Python 패키지는 지속적으로 업데이트되고 있습니다. omaat를 사용하거나 설치하는 데 문제가 있는 경우 여기 github에 티켓을 올려 문의해 주세요.
테스트는 Travis-CI를 사용하여 수행됩니다. omaat 디렉토리에서 테스트와 유사한 Python 환경을 재현하려면 다음을 사용하십시오.
>conda create -n omaat_python3 python=3.5 pytest pip numpy scipy jupyter matplotlib pandas
# or
>conda create -n omaat_python2 python=2.7 future pytest pip numpy scipy jupyter matplotlib pandas
>source activate omaat_python3
# or
>source activate omaat_python2
>python setup.py install
>pytest test/test_all.py
*Markus de Raad, Tristan de Rond, Oliver Rübe, Jay D. Keasling, Trent R. Northen 및 Benjamin P. Bowen, "OpenMSI 배열 분석 도구 키트: 질량 분석 이미징을 사용하여 공간적으로 정의된 샘플 분석" 항문. Chem., 2017, 89 (11), pp 5818–5823 DOI: 10.1021/acs.analchem.6b05004
MSI 데이터 저장을 위한 데이터 형식은 다음 출판물에 설명되어 있습니다.
Oliver Rübel, Annette Greiner, Shreyas Cholia, Katherine Louie, E. Wes Bethel, Trent R. Northen 및 Benjamin P. Bowen, "OpenMSI: 질량 분석 이미징을 위한 고성능 웹 기반 플랫폼" 분석 화학 2013 85(21 ), 10354-10361, DOI: 10.1021/ac402540a. [BibTeX][ACS 온라인]
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