picard 다운로드 - picard 소스 코드 다운로드

picard

기타 소스코드

3.3.0

다운로드

사용자 지원:

사용자 질문이 있는 경우 먼저 GATK 포럼에서 답변을 찾아 질문하세요.

빌드 상태

HTS(고처리량 시퀀싱) 데이터 및 형식을 조작하기 위한 Java 명령줄 도구 세트입니다.

Picard는 HTSJDK Java 라이브러리 HTSJDK를 사용하여 구현되어 SAM 및 VCF와 같은 처리량이 높은 시퀀싱 데이터에 일반적으로 사용되는 파일 형식에 대한 액세스를 지원합니다.

버전 3.0부터 Picard에는 Java 1.17이 필요합니다.

피카드 빌딩

먼저 저장소를 복제합니다.

    git clone https://github.com/broadinstitute/picard.git
    cd picard/

Picard는 이제 gradle을 사용하여 구축되었습니다. 첫 번째 호출에서 적절한 버전의 Gradle을 다운로드하는 래퍼 스크립트( gradlew )가 포함되어 있습니다.
모든 종속성이 포함된 완전히 패키지되고 실행 가능한 Picard jar를 빌드하려면 다음을 실행하세요.

    ./gradlew shadowJar

결과 jar는 build/libs 에 있습니다. 이를 실행하려면 명령은 다음과 같습니다.

    java -jar build/libs/picard.jar
    
    or
    
    java -jar build/libs/picard-<VERSION>-all.jar

종속성 없이 Picard 클래스만 포함하는 jar를 빌드하려면 다음을 실행하세요.

    ./gradlew jar

빌드 디렉터리를 정리하려면 다음을 실행하세요.

    ./gradlew clean

테스트 실행

모든 테스트를 실행하려면 다음 명령을 사용하세요.

    ./gradlew test

특정 테스트를 실행하려면 다음 명령을 사용하세요.

    ./gradlew legacyTest --tests "*TestClassName*"
    
    or
    
    ./gradlew barclayTest --tests "*TestClassName*"

legacyTest 실행하면 레거시 명령줄 파서를 사용하고 barclayTest 새 파서를 사용합니다.

Picard가 의존하는 HTSJDK의 출시 버전 변경

Picard의 HTSJDK 종속성을 다른 릴리스 버전으로 전환하려면:

build.gradle 열기
HTSJDK의 다른 릴리스 버전이 되도록 다음 줄의 VERSION을 편집합니다. HTSJDK 릴리스는 여기에 나열되어 있습니다.

    final htsjdkVersion = System.getProperty('htsjdk.version', 'VERSION')`

이 변경 사항으로 풀 요청을 엽니다.

HTSJDK의 사용자 정의 버전으로 Picard 빌드

Picard에서 개발하는 동안 HTSJDK의 아직 출시되지 않은 버전이나 분기에 대해 로컬로 빌드해야 하는 경우가 있습니다.

HTSJDK 마스터 브랜치의 출시되지 않은 버전에 대해 빌드하려면 다음을 수행하세요.
- HTSJDK 마스터 브랜치의 연속 스냅샷이 게시되는 Broad 아티팩토리로 이동하여 사용하려는 버전을 선택하세요. 예를 들어 2.5.1-9-g5740ca1-SNAPSHOT 입니다. 태그 또는 짧은 git 커밋 해시로 검색할 수 있습니다.
- Picard 복제본에서 ./gradlew shadowJar -Dhtsjdk.version=VERSION 실행합니다. 여기서 VERSION은 사용하려는 HTSJDK 마스터 브랜치 스냅샷의 버전입니다.
아직 HTSJDK의 마스터 브랜치에 병합되지 않은 HTSJDK 버전에 대해 빌드하려면 다음을 수행하세요.
- HTSJDK를 복제하고 복제본에서 Picard를 빌드하려는 태그나 분기를 확인하세요.
- htsjdk 복제본에서 ./gradlew install printVersion 실행하여 해당 버전을 로컬 Maven 저장소에 설치하세요. 마지막에 인쇄되는 버전 번호를 기록해 두십시오.
- Picard 복제본으로 다시 전환하고 ./gradlew shadowJar -Dhtsjdk.version=VERSION 실행합니다. 여기서 VERSION은 로컬 Maven 저장소에 설치한 HTSJDK 버전입니다.

피카드 출시

Picard의 새 릴리스를 만드는 방법에 대한 전체 지침은 여기에 있습니다.

경로 제공자

Picard는 경로 공급자의 읽기를 제한적으로 지원합니다. 현재는 Google의 API만 지원되며, 이를 지원하는 도구는 소수에 불과합니다. 이 지원을 사용하여 실행하려면 Gradle을 사용하여 cloudJar 대상을 컴파일해야 합니다.

./gradlew cloudJar

그런 다음 다음과 같이 picard를 실행하십시오.

java -jar build/lib/picardcloud.jar < Picard arguments starting from program >

예를 들어:

java -jar build/lib/picardcloud.jar CrosscheckFingerprints 
   I=gs://sample1.vcf 
   I=gs://sample2.vcf 
   CROSSCHECK_BY=FILE 
   H=Haplotype_db.txt 
   O=crosscheck.out

또는 Google-Cloud jar를 번들로 제공하는 GATK를 통해 도구를 실행할 수 있으므로 "그냥 작동"해야 합니다.

인용

출판물에 Picard 도구를 사용할 때 이 저장소를 인용하세요.

“피카드 툴킷.” 2019. Broad Institute, GitHub 리포지토리. https://broadinstitute.github.io/picard/; 브로드 연구소

 @misc{Picard2019toolkit,
  title = {Picard toolkit},
  year = {2019},
  publisher = {Broad Institute},
  journal = {Broad Institute, GitHub repository},
  howpublished = {url{https://broadinstitute.github.io/picard/}}
}

(biotools:picard_tools) 또는 (RRID:SCR_006525)와 같이 소프트웨어 레지스트리의 식별자가 저널에서 점점 더 많이 승인되고 있습니다.

Picard는 의미 체계 버전 관리로 마이그레이션 중입니다. 우리는 궁극적으로 이를 엄격하게 준수하고 API에 중대한 변경이 있을 때마다 주요 버전을 올릴 것입니다. 그러나 공식 API를 구성하는 것이 무엇인지 더 명확하게 정의할 때까지 클라이언트는 모든 릴리스에 잠재적으로 공개 메서드에 대한 최소한의 사소한 변경 사항이 포함되어 있다고 가정해야 합니다.

자세한 내용은 Picard 문서를 참조하세요.

확장하다

추가 정보