RagTag

래그태그

RagTag는 최신 게놈 어셈블리를 스캐폴딩하고 개선하기 위한 소프트웨어 도구 모음입니다. 작업에는 다음이 포함됩니다.

• 상동성 기반 오조립 교정
• 상동성 기반 어셈블리 스캐폴딩 및 패칭
• 비계 병합

RagTag는 또한 일반적인 게놈 어셈블리 파일 형식으로 작업하기 위한 명령줄 유틸리티를 제공합니다.

시작하기

 # install with conda
conda install -c bioconda ragtag

# correct a query assembly
ragtag.py correct ref.fasta query.fasta

# scaffold a query assembly
ragtag.py scaffold ref.fasta query.fasta

# scaffold with multiple references/maps
ragtag.py scaffold -o out_1 ref1.fasta query.fasta
ragtag.py scaffold -o out_2 ref2.fasta query.fasta
ragtag.py merge query.fasta out_ * / * .agp other.map.agp

# use Hi-C to resolve conflicts
ragtag.py merge -b hic.bam query.fasta out_ * / * .agp other.map.agp

# make joins and fill gaps in target.fa using sequences from query.fa
ragtag.py patch target.fa query.fa

문서

자세한 문서는 Wiki를 참조하세요.

종속성

• Minimap2, Unimap 또는 Nucmer
• Python 3(다음 자동 설치 패키지 포함)
  • 멍청하다
  • 간격 트리
  • 피삼
  • 네트워크x

소환

• 함께, 마이클, 그 외 여러분. "자동 조립 비계는 처리량이 많은 게놈 편집을 위한 새로운 토마토 시스템을 향상시킵니다." 게놈 생물학(2022).
  https://doi.org/10.1186/s13059-022-02823-7

RagTag는 RaGOO를 대체합니다.

• 함께, 마이클, 그 외 여러분. "RaGOO: 초안 게놈의 빠르고 정확한 참조 기반 비계." 게놈생물학 20.1(2019): 1-17.
  https://doi.org/10.1186/s13059-019-1829-6

감사의 말

RaGOO의 첫 번째 릴리스와 관련된 많은 주요 알고리즘 개선 사항은 MaSuRCA 어셈블러의 수석 개발자인 Aleksey Zimin이 제공했습니다. Luca Venturini는 pysam 통합과 같은 많은 기능 개선 사항을 제안하고 초기에 구현했습니다. RagTag "병합"은 CAMSA에서 영감을 받았습니다. CAMSA 개발자인 Sergey Aganezov는 관련 RagTag 코드 검토를 도왔습니다. RagTag "패치"는 Melanie Kirsche가 작성한 스캐폴딩 도구인 Graafter에서 영감을 받았습니다. Melanie는 RagTag 구현에 대한 지침을 제공했습니다. Michael Schatz는 전체 프로젝트에 대한 지침을 제공했습니다.