meryl

메릴

이것은 프로젝트 kmer와 Celera Assembler에 모두 등장한 'meryl'을 거의 완전히 다시 작성한 'meryl'입니다.

중요 : 이 저장소에서 최신 메릴 코드를 받으세요. 이는 canu 1.8 이하에서 구축된 이전 meryl db와 호환되지 않습니다. 새로운 메릴은 이전 버전보다 훨씬 빠릅니다.

meryl dbs는 더 이상 .mcdat 및 .mcidx 파일 형식이 아닙니다. Meryl db는 이제 64개 바이너리 + 64개 인덱스(128개 파일)를 포함하는 DIRECTORY로 설계되었습니다.

의존

• gcc 10.2.0 이상

설치

• 릴리스 버전: 안정적인 릴리스 버전을 다운로드하세요.

 # Linux-amd64wget의 예 https://github.com/marbl/meryl/releases/download/v1.4.1/meryl-1.4.1.Linux-amd64.tar.xz
tar -xJf meryl-1.4.1.Linux-amd64.tar.xzexport PATH=/path/to/meryl-1.4.1/bin:$PATH

• 실험 팁(git 2.25.1 이상 사용):

 자식 클론 https://github.com/marbl/meryl.git# buildcd 메릴/src
make -j 24export PATH=/path/to/meryl/*/bin:$PATH

k-mers 등을 사용하여 어셈블리 평가

머쿼리를 참조하세요.

메릴을 인용하면서

우리는 또 다른 k-mer 계산 종이로 인해 세상이 고통받는 것을 원하지 않았기 때문에 merqury 방법에 메릴을 채웠습니다.

Rhie, A., Walenz, BP, Koren, S. 등. Merqury: 게놈 어셈블리에 대한 참조 없는 품질, 완전성 및 단계적 평가. Genome Biol 21, 245 (2020). https://doi.org/10.1186/s13059-020-02134-9