Yi Jiang의 X선/전자 타이코그래피 및 단층 촬영/라미노그래피용 맞춤형 코드입니다.
이 패키지는 Science IT와 스위스 Paul Scherrer Institut의 응집성 X선 산란(CXS) 그룹(https://www.psi.ch/en/sls/csaxs/software)에서 개발한 Matlab 코드를 기반으로 구축되었습니다. 저작권 및 라이센스 문제는 계약(아래 참조)을 따르거나 해당 웹사이트를 참조해야 합니다.
요구 사항을 보려면 PtychoShelves 패키지의 공식 문서를 확인하세요. 병렬 컴퓨팅, 곡선 피팅, 이미지 처리, 최적화 및 신호 처리 등 모든 기능을 사용하려면 Matlab 도구 상자가 필요합니다.
ptychography의 경우 /fold_slice/ptycho/examples에 있는 데이터 준비 및 재구성 스크립트를 사용해 데이터 형식 및 재구성 매개변수에 익숙해지세요.
전자 타이코그래피를 수용하기 위해 일부 데이터 및 재구성 I/O 규칙이 변경되었습니다. 자세한 내용은 예제 스크립트를 참조하세요.
수정된 최소 제곱 최대 우도 다중 슬라이스 타이코그래피 알고리즘이 새 엔진으로 추가되었습니다: GPU_MS
이는 다중 프로브 모드 및 버그 수정과 같은 개선 사항을 갖춘 GPU 엔진(Michal Odstrcil 작성)을 기반으로 합니다. 코드 사용에는 추가 인용이 포함되어야 합니다.
Z. Chen, Y. Jiang, Y. Shao, ME Holtz, M. Odstrčil, M. Guizar-Sicairos, I. Hanke, S. Ganschow, DG Schlom, DA Muller, 전자 ptychography는 격자 진동에 의해 설정된 원자 분해능 한계를 달성합니다. . 과학 372(6544), 826-831.
우리는 가우시안 프로세스와 베이지안 최적화를 사용하여 ptychography를 위한 자동 매개변수 조정 워크플로를 개발했습니다(https://doi.org/10.1038/s41598-022-16041-5). 자세한 내용은 예제 스크립트를 참조하세요.
GPU 및 GPU_MS 엔진의 새로운 기능에 대한 대략적인 목록:
특징 | GPU | GPU_MS |
---|---|---|
혼합 상태 + 다중 슬라이스 타이코그래피 | ✖️ | ✔️ |
동적 다중 슬라이스 재구성 | ✖️ | ✔️ |
고급 임의 경로 플라이 스캔 타이코그래피 | ✔️ | ✖️ |
다중 스캔 재구성 | ✔️ | ✔️ |
객체 단계의 TV 정규화 | ✔️ | ✔️ |
그리드 아티팩트 제거 | ✔️ | ✖️ |
자동 매개변수 선택 | ✔️ | ✔️ |
가우스 커널을 사용하여 감지기 흐림을 설명합니다. | ✔️ | ✔️ |
Matlab을 소유하고 있지 않거나 다른 타이코그래피 소프트웨어를 탐색하고 싶은 경우. 다음은 일부 공개 저장소입니다.
아도림: https://github.com/mdw771/adorym
Ptycho_gui: https://github.com/NSLS-II/ptycho_gui
프티코두스: https://github.com/AdvancedPhotonSource/ptychodus
PtychoNN: https://github.com/mcherukara/PtychoNN
피티초피: https://github.com/kyepublic/ptychopy
Py4DSTEM: https://github.com/py4dstem/py4DSTEM
PyNX: http://ftp.esrf.fr/pub/scisoft/PyNX/doc/
타이크: https://github.com/tomography/tike
소스 코드
소개
본 라이센스 계약은 PAUL SCHERRER INSTITUT(PSI), CH-5232 Villigen-PSI, Switzerland(이하 "라이센스 제공자")가 귀하(이하 "라이센스 사용자")에게 로열티가 없고 비독점적인 라이선스를 부여하는 조건을 명시합니다. cSAXS ptychography MATLAB 패키지 컴퓨터 소프트웨어 프로그램 및 본 계약에 따라 제공되는 관련 문서를 사용할 수 있는 학술적, 비상업적 목적으로만 사용 가능한 라이센스(이하 "라이센스") (이하 "프로그램").
라이센스 이용 약관
또한 패키지를 사용한 출판물이나 코드를 다른 컴퓨팅 언어로 번역한 경우에는 해당 패키지를 인용해야 합니다.
(PtychoShelves용) K. Wakonig, H.-C. Stadler, M. Odstrčil, EHR Tsai, A. Diaz, M. Holler, I. Usov, J. Raabe, A. Menzel, M. Guizar-Sicairos, PtychoShelves, ptychographic의 고성능 분석을 위한 다용도 고급 프레임워크 데이터, J. Appl. 크리스트. 53(2)(2020). (도이: 10.1107/S1600576720001776)
(차이 맵의 경우) P. Thibault, M. Dierolf, A. Menzel, O. Bunk, C. David, F. Pfeiffer, 고해상도 스캐닝 X선 회절 현미경, Science 321, 379-382(2008). (도이: 10.1126/science.1158573).
(최대 가능성을 위해) P. Thibault 및 M. Guizar-Sicairos, 응집성 회절 이미징을 위한 최대 가능성 개선, New J. Phys. 14, 063004(2012). (도이:10.1088/1367-2630/14/6/063004).
(혼합 응집 모드의 경우) P. Thibault 및 A. Menzel, 회절 측정에서 상태 혼합물 재구성, Nature 494, 68-71 (2013). (도이: 10.1038/nature11806).
(및/또는 다중 슬라이스용) EHR Tsai, I. Usov, A. Diaz, A. Menzel 및 M. Guizar-Sicairos, 확장된 피사계 심도를 갖춘 X선 타이코그래피, Opt. 익스프레스 24, 29089-29108 (2016). (도이: 10.1364/OE.24.029089).