seurat wrappers

SeuratWrappers

SeuratWrappers는 NYGC의 Satija Lab에서 선별한 Seurat에 대한 커뮤니티 제공 방법 및 확장 모음입니다. 이러한 방법은 현재 Seurat에 없는 기능으로 구성되어 있으며 훨씬 더 자주 업데이트될 수 있습니다.

SeuratWrappers에 새로운 방법을 개발하고 추가하는 데 대한 지원 및 지침은 기여 가이드를 참조하세요.

개별 메서드 비네팅은 docs/ 디렉터리에서 찾을 수 있습니다. GitHub에서 볼 때 표준 마크다운( *.md ) 파일을 살펴보는 것이 좋습니다.

리모콘을 통해 설치가 가능합니다

 remotes :: install_github( ' satijalab/seurat-wrappers ' )

메소드 목록

패키지	삽화	참조	원천
단안경 3	Monocle 3와 Seurat를 이용한 궤적 계산	Cao 외, Nature 2019	https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3
scVelo	Seurat 및 scVelo를 사용하여 RNA 속도 추정	Bergen 외, bioRxiv 2019	https://scvelo.readthedocs.io
CoGAPS	Seurat 객체에서 CoGAPS 실행	Stein-O'Brien 외, 셀 시스템 2019	https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/CoGAPS.html
glmpca	Seurat 객체에서 GLM-PCA 실행	Townes 외, 게놈 생물학 2019	https://github.com/willtownes/glmpca
코노스	Conos를 사용한 데이터 세트 통합	Barkas 외, Nature Methods 2019	https://github.com/hms-dbmi/conos
라이거	LIGER를 사용하여 Seurat 객체 통합	Welch 외, Cell 2019	https://github.com/MacoskoLab/liger
fastMNN	Seurat 객체에서 fastMNN 실행	네이처 생명공학 2018	https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/batchelor.html
조화	Harmony를 사용한 데이터 세트 통합	Korsunsky 외, bioRxiv 2018	https://github.com/immunogenomics/harmony
알라	ALRA를 사용한 0 보존 대치	Linderman 외, bioRxiv 2018	https://github.com/KlugerLab/ALRA
속도	Seurat를 사용하여 RNA 속도 추정	La Manno 외, Nature 2018	https://velocyto.org
schex	Seurat와 함께 schex 사용	Freytag, R 패키지 2019	https://github.com/SaskiaFreytag/schex
알레빈	Alevin 개수를 Seurat로 가져오기	Srivastava et. al., 게놈 생물학 2019	https://github.com/k3yavi/alevin-Rtools
네블로사	Nebulosa를 이용한 유전자 발현 시각화	Jose Alquicira-Hernandez 및 Joseph E. Powell, 검토 중	https://github.com/powellgenomicslab/Nebulosa
CIPR	인간 PBMC 데이터와 함께 CIPR 사용	Ekiz et. al., BMC 생물정보학 2020	https://github.com/atakanekiz/CIPR-패키지
miQC	Seurat 객체에서 miQC 실행	Hippen et. al., bioRxiv 2021	https://github.com/greenelab/miQC
세발자전거	Seurat 객체의 세발자전거에서 estimate_cycle_position 실행	Zhenget. al., bioRxiv 2021	https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tricycle.html