iCount
1.0.0
iCount는 단백질-RNA 상호작용에 대한 iCLIP 데이터를 처리하고 다음을 생성하는 데 필요한 모든 명령을 제공하는 Python 모듈 및 관련 명령줄 인터페이스(CLI)입니다.
역다중화 및 어댑터 트리밍된 FASTQ 파일,
iCLIP 읽기가 매핑된 BAM 파일,
BED 파일에 저장된 단백질-RNA 교차 결합 사이트 확인,
통계적으로 유의미한 교차 링크 사이트로 구성된 피크는 BED 파일에 저장되며,
BED 파일에 저장된 중요한 교차 링크 사이트 클러스터,
개별 반복 실험을 그룹화하고,
게놈 랜드마크에 대한 교차결합 부위의 위치 분포를 보여주는 RNAmap 생성,
kmer 농축 분석,
그리고 기타.
튜토리얼부터 시작하거나 문서를 자세히 살펴볼 수 있습니다.
iCount는 류블랴나 대학교 컴퓨터 및 정보과학부 생물정보학 연구소의 Tomaž Curk가 Jernej Ule 연구소와 협력하여 개발하고 지원합니다.
개발은 Tomaž Curk와 Gregor Rot가 iCount의 첫 번째 프로토타입을 작성한 2008년 후반에 시작되었습니다. 그 이후로 많은 일이 일어났습니다. 자세한 내용과 전체 승인 내용은 설명서의 인용 방법 섹션을 참조하세요.
기여(풀 요청)를 환영합니다! 지침에 따라 기여물을 제출해 주세요.
문제 페이지를 사용하여 문제를 보고하고 개선 사항을 요청하세요. 제출하기 전에 이미 보고된 문제 목록을 확인하시기 바랍니다. 또한 FAQ를 살펴보고 문제가 이미 해결되었는지 확인하세요.
