제노보 월드에 오신 것을 환영합니다. 우리는 Shenzhen_BGIC_0101_2013 팀입니다. 더 잘 보려면 프로젝트 페이지로 이동하세요. :)
Neochr 모듈은 사용자가 다양한 경로에서 관련 유전자를 수동으로 파악하고, 유전자의 관계를 논리적으로 다시 연결하고* 유전자를 더 높은 점수*의 오솔로그로 대체할 수 있도록 지원합니다.
NucleoMod는 Neohr 모듈에 의해 생성된 유전자의 CDS 서열을 수정하는 모듈입니다. 이 모듈에는 CRISPR 설계, 효소 부위 삭제, 효소 부위 생성, 코돈 최적화, 반복 스매시 등 5가지 플러그인이 포함되어 있습니다. 이 모든 플러그인을 사용하면 사용자가 유전자를 변경하거나 최적화할 수 있습니다. NucleoMod 작업 후 다음 단계는 SegmMan으로 염색체 길이에 따른 합성 방법을 설계하는 것입니다.
합성기나 합성 칩은 최대 3kb의 DNA 서열까지 높은 정확도로 처리할 수 있지만 염색체는 그렇게 짧지 않습니다. SegmMan은 이 문제를 해결할 수 있습니다. 염색체를 30k 조각으로 분할하고, 종료된 효소 부위를 분석한 후 계속해서 10k 및 2k 조각으로 분할합니다. 10k 및 2k 수준에서는 벡터 상동 영역을 추가하고 효소 사이트를 디자인합니다.
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우리 소프트웨어는 완전히 차세대 GBrowse인 JBrowse를 기반으로 합니다. JBrowse를 설치한 경우 git을 가져와 사용하면 됩니다.
JBrowse를 설치하려면 http://gmod.org/wiki/JBrowse에서 기본 JBrowse 위키를 참조하세요.
간단한 설명:
(/home/www is recommand and do not use /var/www/ as that need root permission)Chrome, Firefox, and IE10 is recommand/etc/apache2/envvars를 편집하여 아파치 권한을 변경해야 합니다.
export APACHE_RUN_USER=`whoami`
export APACHE_RUN_GROUP=`whoami`
그리고
sudo chown `whoami`:`whoami` /var/lock/apache2/
sudo /etc/init.d/apache2 restart
Writable data, plugin/tmp_data, server/tmp_data, jbrowse_conf.json
Executable ./bin/ ./server/bin/ ./plugin/bin
플러그인/, 서버/를 Jbrowse에 복사합니다.
NucleoMod는 Blast+에 의존하므로 Debian 기반 시스템을 사용하는 경우:
apt-get install ncbi-blast+
또는 다음에서 설치할 수 있습니다:
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/
다음에서 UNAFoldt 및 Biopython을 다운로드하여 설치하세요.
- 우나폴드 http://dinamelt.rit.albany.edu/download.php
git is needed
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./data/
|-NeoChr_5_add # NeoChr Plugin, name as "NeoChr_{weekday}"
|---01.whole2mega # SegmMan plugin data
|---02.globalREmarkup # SegmMan plugin data
|---03.mega2chunk2mini # SegmMan plugin data
|---chip_data # chip design
|---names # prefix for search
|---seq # crc32 encode refsequence name path
|-----d7f
|-------417
|---------f1
|---tracks # track display in browser
|-----gene # track cluster
|-------NeoChr # Genome Name
|-----part
|-------NeoChr
|-----Transcript
|-------NeoChr
./server/
|-bin
|---chip_new # create new chip data
|-----ols-pool-generation-script
|-------output-oligos-and-primers
|---GetPrice # fetch enzyme price
|---segmentation # SegmMod plugin
|-config # plugins config data
|---features
|---geneset
|---globalREmarkup
|---markers
|---Optimize
|-doc # document about plugins
|-lib # library used
|-pathway # pathway data used
|-REST # end-side REST implement
|-------chip
|-------features
|-------modify
|-------Segmentation
|-------stats
|---config
|-rewire
base_url = server/REST/index.php
# output genes data by refname and pos
GET base_url/features/SearchByLocation?refname&start&end
POST base_url/features/delete
# output git verison control for unroll data
GET base_url/stats/version/(?<dataset>w+)
# get pathway resource
GET base_url/pathway/nav
# create and decouple from order genelist data
POST base_url/decouple?refname&
# add loxp, centremele, ARS and so on
POST /modify/Add
# SegmMod plugin
POST /Segmentation/globalREmarkup
/Segmentation/mega2chunk2mini
/Segmentation/whole2mega
GET /Segmentation/info
# Nucleo plugin
POST /NucleoMod
# chip plugin
POST /chip/chip
GET /stats/config
# for get downloadable data information
GET /data/info
게다가 우리의 서버 측 구현은 유연합니다. 사용자는 전력 사용량에 대한 서버 측 데이터를 구성할 수 있습니다.
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##동메달
참고: 우리의 거대한 소프트웨어는 합성된 DNA 조각을 기반으로 장치 수준의 바이오브릭을 작동하는 것을 목표로 합니다. 그러나 바이오브릭 수준의 경우 두 번째 모듈은 사용자가 CDS에서 EcorI, XbaI, SpeI, PstI, Not I 삭제, 코돈 최적화 및 반복 분쇄와 같은 유전자를 설계하는 데 도움을 줄 수도 있습니다.
우리 프로젝트는 너무 크고 확장성이 크기 때문에 시간 제한으로 인해 최소 5개의 아이디어를 실현할 수 없습니다.
세 번째 모듈 SegmMan의 경우 보완적인 설계 및 합성 방법인 OLS 칩 합성(링크)을 사용하므로 Genovo는 신디사이저와 칩 모두에 호환됩니다.
텍스트 튜토리얼
우리는 두 번째 모듈을 사용하여 유전자를 디자인하는 소프트웨어 팀 Shenzhen_BGIC_ATCG를 보유하고 있습니다.
SC2.0 프로젝트에서는 chrVII 분할에 대한 SegmMan 모듈도 시험해 봅니다.
2 .A 귀하의 소프트웨어가 합성 생물학의 인간 활동에 어떻게 영향을 미치는지 개요 및 세부 정보를 제공합니다.
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우리는 BGI 사람들에게 팀 셔츠를 판매하려고 했습니다.
2 .B 소프트웨어 설명서에서 SBOL을 사용합니다.
우리는 새로 생성된 경로의 유전자를 설명하기 위해 첫 번째 모듈의 출력 중 하나로 SBOL을 사용합니다.
BioBrick 부품 또는 장치 설계:
BioBrick 부품 또는 장치 구성:
