SKAT
SKAT는 GWAS 및 게놈의 데이터에 대한 커널 기계 방법을 사용하여 희귀(또는 공통) 변종 세트와 이분형(환자-대조군) 또는 정량적 표현형 세트 간의 연관성을 알아보는 SNP 세트(예: 유전자 또는 영역) 수준 테스트입니다. 광범위한 시퀀싱 연관 연구. SKAT는 SNP 세트에 있는 SNP의 개별 점수 테스트 통계를 집계하고 인구 계층화를 설명하기 위해 주성분과 같은 공변량을 조정하면서 SNP 세트 수준 p-값(예: 유전자 또는 지역 수준 p-값)을 효율적으로 계산합니다. SKAT는 또한 서열 연관 연구를 설계하기 위한 검정력/표본 크기 계산을 허용합니다.
유효성
SKAT은 CRAN에서 사용할 수 있습니다. 자세한 내용은 프로젝트 페이지를 참조하세요.
사용자 그룹
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참고자료
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- Wu, MC *, Lee, S. *, Cai, T., Li, Y., Boehnke, M. 및 Lin, X (2011) SKAT(Sequence Kernel Association Test)를 사용하여 시퀀싱 데이터에 대한 희귀 변종 연관 테스트. 미국 인간 유전학 저널 , , , 89.1, 82-93. doi:10.1016/j.ajhg.2011.05.029.
- Wu, MC, Kraft, P., Epstein, MP, Taylor, D., M., Chanock, SJ, Hunter, D., J. 및 Lin, X. (2010) Case-Control GenomeWide에 대한 강력한 SNP 세트 분석 협회 연구. 미국 인간 유전학 저널 , 86, 929-942. doi:10.1016/j.ajhg.2010.05.002.
