congas

scRNA 시퀀싱을 통한 복제 번호 유전형 분석

scRNA-seq 데이터에서 CNA를 추론하는 Pyro 모델 및 기능 세트입니다. 인터페이스로 작동하고 전처리, 시뮬레이션 및 시각화 루틴을 제공하는 동반 R 패키지와 함께 제공됩니다. R 패키지는 주로 계산을 위한 백엔드 역할을 하므로 R 패키지를 직접 사용하는 것이 좋습니다.

현재 제공하는 것:

• CNV가 LogNormal 확률 변수(MixtureGaussian)로 모델링된 세그먼트에 대한 혼합 모델

• CNV가 범주형 확률 변수(MixtureCategorical)로 모델링되는 세그먼트에 대한 혼합 모델

• CNV가 다시 범주형이지만 클러스터링이 없는 간단한 흠(SimpleHmm)

설치하려면:

$ pip install congas-old

예제 데이터에 대한 간단한 분석을 실행하려면

 congas를 cn으로 가져오기from congas.models import MixtureGaussiandata_dict = cn.simulation_dataparams, loss = cn.run_analytic(data_dict,MixtureGaussian, steps=200, lr=0.05)