taxtree 다운로드 - taxtree 소스 코드 다운로드

taxtree

기타 소스코드

1.0.0

다운로드

세금 트리

개요

분류 데이터베이스 는 공개 서열 데이터베이스의 모든 유기체에 대해 선별된 분류 및 명명법입니다. 이는 현재 지구상에 설명된 생명체 종의 약 10%를 차지합니다. NCBI 분류법 데이터베이스의 공식 주소는 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy이고 공개 데이터 다운로드 주소는 https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/입니다. taxtree names.dmp 및 node.dmp를 처리하고 분류군 계층을 기반으로 간단한 진화 트리를 그려 분류학 데이터베이스를 기반으로 분류학 단위(분류군)의 계통발생적 토폴로지를 생성하는 데 사용됩니다. taxtree 기능의 구현은 tidyverse 및 ggtree 에 의존합니다. 현재 taxtree 사용하면 분류 데이터베이스의 768,430 개 분류군을 사용하여 계통발생수의 토폴로지를 구성할 수 있습니다.

순위	더 높은 분류군	속	종	낮은 분류군	총
고고학	610	264	878	0	1,752
박테리아	5,897	5,005	24,761	952	36,615
진핵생물	67,028	98,600	515,880	36,640	718,148
진균류	6,009	7,437	55,840	1,571	70,857
후생동물	48,564	70,320	270,261	18,292	407,437
바이러스	2,064	2,587	7,180	65	11,896
박테리아	5,897	5,005	24,761	952	36,615
모든 분류군	75,630	106,458	548,685	37,657	768,430

설치

설치하기 전에 BiocManager 의 taxtree 종속성 패키지 ggtree 다운로드해야 합니다.

if (!require("BiocManager"))
  install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
if (!require("ggtree"))
  BiocManager::install("ggtree")

GitHub에서 R 패키지를 설치하는 데 사용되는 devtools 설치합니다.

if (!require("devtools"))
  install.packages("devtools")

위의 단계를 완료한 후 설치를 시작합니다.

devtools::install_github("nongxinshengxin/taxtree")

기능

taxtree 6가지 핵심 기능이 있습니다.

make_Taxtree() 명확한 분류군 이름(왕국 문 클래스 목과 속 종 또는 기타 분류학적 노드)이 있는 경우 이 함수를 사용하여 분류군 이름 목록에서 분류학적 토폴로지를 구성할 수 있습니다.
find_Lineage() 명시적인 분류 이름을 통해 해당 분류 번호 아래의 모든 분류 계보를 찾습니다.
name2rank() 명확한 분류군 이름(왕국문강목 과속 종 또는 기타 분류학적 노드)이 있는 경우 이 함수를 사용하여 분류군 이름을 기반으로 분류학 순위 이름(및 택시드)을 얻을 수 있습니다.
name2rank_str() 명확한 분류군 이름(왕국문강목과속종 또는 기타 분류학적 노드)이 있는 경우 이 함수를 사용하여 분류군 이름을 기반으로 분류학 순위 이름(및 택시드)을 얻을 수 있습니다. 이 함수에는 단일 문자열이나 여러 문자열을 포함하는 벡터를 입력할 수 있습니다.
plot_taxTree() ggtree 패키지를 기반으로 간단한 분류 트리를 그립니다.
write_taxTree() 이 함수는 ape 패키지를 기반으로 Newick 형식을 사용하여 괄호 형식으로 트리를 파일에 씁니다.

애플리케이션

OTU를 기반으로 한 종 주석으로, make_Taxtree() 함수를 사용하여 주석에서 얻은 분류군의 이름을 기반으로 계통발생적 토폴로지를 구성할 수 있습니다.
분류학 연구를 수행합니다. 영장류목에 속하는 인간의 가까운 친척에 대해 궁금하십니까? find_Lineage("Primates")는 답을 제공하는 한 줄 명령입니다.
Border Phylum Order Family Genus 종, 분류가 너무 복잡합니다. name2rank(), name2rank_str(), 분류군의 이름만 제공하면 분류학적 순위를 알려줍니다.
슈퍼링크. taxtree Taxonomy 데이터베이스를 기반으로 하며 TaxonKit 소프트웨어 에 연결될 수 있습니다. 또한 Taxtree는 R에서 계통 발생 나무를 저장하는 데 일반적으로 사용되는 S3 문 클래스를 생성합니다. 나무는 ggtree 패키지를 사용하여 깊이 있게 쉽게 꾸밀 수 있습니다. 트리는 itol.toolkit 패키지 와 결합되고 iTOL로 장식된 write_taxTree()를 통해 출력될 수도 있습니다.

참조

해들리 위컴. https://github.com/tidyverse/tidyverse

G Yu, DK Smith, H Zhu, Y Guan, TTY Lam(2017). ggtree: 공변량 및 기타 관련 데이터가 포함된 계통 발생 수의 시각화 및 주석을 위한 R 패키지입니다. 생태학과 진화의 방법, 8(1):28-36. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12628