straw

Straw: .hic 파일에서 데이터를 빠르게 스트리밍합니다.

Straw는 .hic 파일에서 연락처 데이터를 빠르게 스트리밍할 수 있는 라이브러리입니다. 이 리포지토리에는 C++, R, Python 및 MATLAB 버전의 Straw에 대한 소스 코드가 포함되어 있습니다.

• Java 버전은 https://github.com/aidenlab/java-straw/를 참조하세요.
• Javascript 버전은 https://github.com/igvteam/hic-straw/를 참조하세요.

두 가지 Python 버전이 있습니다. 순수한 Python 버전과 C++ 코드를 pybind11로 래핑하는 버전입니다. 이전 버전은 훨씬 더 빠른 pybind11 버전을 사용하기 위해 더 이상 사용되지 않습니다.

• 보관 목적으로 순수 Python 버전이 https://github.com/aidenlab/pystraw로 이동되었습니다.

빨대를 사용하는 Jupyter 노트북의 예는 여기에서 찾을 수 있습니다: https://aidenlab.gitbook.io/juicebox/accessing-raw-data

Python용 빨대 설치

pip install hic-straw 사용하세요. 소스 코드에서 빌드하려면 pybind11이 설치되어 있어야 합니다. 라이브러리를 복제하고 straw/ 디렉토리에 cd 넣으십시오. 그런 다음 pip install ./pybind11_python .

C++용 스트로 컴파일

g++ -std=c++0x -o straw main.cpp straw.cpp -lcurl -lz

cURL이 설치되어 있어야 합니다. 더 많은 문서를 보려면 위키를 참조하세요.

문의사항은 Google 그룹을 이용해주세요.

지속적인 개발 작업은 Muhammad S. Shamim이 수행합니다. 과거 기여자로는 Neva C. Durand 등이 있습니다.

이 도구를 업무에 사용하는 경우 인용해 주세요.

Neva C. Durand, James T. Robinson, Muhammad S. Shamim, Ido Machol, Jill P. Mesirov, Eric S. Lander 및 Erez Lieberman Aiden. "Juicebox는 무제한 확대/축소 기능을 갖춘 Hi-C 접촉 지도용 시각화 시스템을 제공합니다." 세포 시스템 3(1), 2016.