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생의학 조사를 위한 온톨로지

OBI(생의학적 조사를 위한 온톨로지)는 분석, 장치, 목표 등에 대한 2500개 이상의 용어를 정의하여 과학적 조사에 대해 명확하게 의사소통하는 데 도움이 됩니다.

OBI용 개발자 저장소입니다. 여기에서 최신 OBI 제품을 다운로드하고 설명서를 통해 OBI에 대해 자세히 알아볼 수 있습니다.

편집

우리의 온톨로지 용어는 세 그룹으로 나뉩니다. 편집하거나 추가하려는 용어 유형에 따라 다른 경로를 거쳐야 합니다.

  1. 외부 용어(다른 온톨로지의): 가져오기에 OntoFox를 사용합니다. 해당 src/ontology/OntoFox_inputs/ 파일을 편집합니다.

  2. 템플릿 용어: 우리는 스프레드시트를 OWL로 변환하기 위해 ROBOT 템플릿을 사용합니다. 관련 src/ontology/templates/ 파일을 편집합니다:

    • 더 이상 사용되지 않는 용어에 대한 obsolete.tsv
    • 일반 분석용 assays.tsv
    • 면역 에피토프 분석을 위한 epitope-assays.tsv
    • value-specifications.tsv
    • 표본용 specimens.tsv
    • 병력 분류 및 관련 선택 기준은 medical-history.tsv
    • 연구 설계를 위한 study-designs.tsv
    • 데이터 세트용 data-sets.tsv

  3. 다른 용어: Protege에서 src/ontology/obi-edit.owl 편집하세요.

전체 파일 목록, 빌드 지침, OBI용 Git 및 GitHub 사용 지침은 아래를 참조하세요.

새 온톨로지에서 가져오기

OBI에 현재 OntoFox 가져오기 파일( src/ontology/OntoFox_inputs/ )이 없는 온톨로지에서 용어를 가져오려면 다음 단계를 따르세요.

  1. 새 온톨로지에 대한 가져오기 파일을 작성합니다(참조용 기존 가져오기 파일 참조).
  2. 기존 가져오기 파일을 나열하는 것처럼 새 가져오기 파일을 나열하도록 catalog-v001.xml 업데이트합니다.
  3. obi-edit.owl 에 import 문을 추가합니다.
  4. src/ontology/OntoFox_outputs/ 에 출력 모듈용 빈 파일을 만듭니다. 예를 들어 foo.owl 가져오기에 대한 가짜 출력을 만듭니다. 
 touch src/ontology/OntoFox_outputs/foo_imports.owl
  1. 모듈과 obi.owl을 빌드합니다. 
 make imports
make obi.owl

Excel에서 템플릿 편집

템플릿을 복사하여 붙여넣는 대신 Excel에서 템플릿을 편집하려면 인용을 유지하기 위해 이 워크플로를 따르시기 바랍니다. Excel을 앞뒤로 사용하면 템플릿 내의 큰따옴표가 의도치 않게 변경될 수 있습니다.

먼저 Python 요구 사항을 설치합니다. 

 python3 -m pip install -r requirements.txt

그런 다음 Excel 시트를 만듭니다. 로컬 OBI git 디렉터리에서 다음 명령을 실행하여 obi.xlsx 라는 파일을 만듭니다. 

 make obi.xlsx

다음으로 Excel(또는 원하는 편집기)에서 obi.xlsx 엽니다. 이 스프레드시트에는 각 OBI 템플릿(예: "연구 설계", "분석" 등)에 대한 탭이 포함되어 있습니다. 편집해야 하는 템플릿에 해당하는 탭을 찾아 변경한 다음 Excel 스프레드시트를 동일한 위치( obi.xlsx )에 저장하세요. 마지막으로 다음을 실행하여 템플릿의 TSV 버전을 업데이트합니다. 

 make update-tsv

그러면 obi.xlsx 의 탭이 다시 TSV로 변환되고 src/ontology/templates/ 디렉터리에 있는 기존 TSV를 변경 사항으로 덮어씁니다. 변경 사항을 검토하고( git diff ) 풀 요청을 하세요.

용어 찾기

용어가 어디에 있는지 찾으려면 src/scripts/locate.py 사용할 수 있습니다.

그런 다음 스크립트를 실행하여 ID 또는 라벨을 공백으로 구분된 목록으로 전달하여 용어를 찾을 수 있습니다. 예를 들면 다음과 같습니다. 

 src/scripts/locate.py OBI:0000070 CHMO:0000087 GO:0000785

라벨은 큰따옴표로 묶어야 합니다. 

 src/scripts/locate.py "assay" "fluorescence microscopy" "chromatin"

유틸리티 스크립트 편집

OBI 저장소에는 개발자가 obi-edit.owl 및 OBI 템플릿을 모두 효율적으로 편집하는 데 도움이 되는 몇 가지 Python 스크립트가 포함되어 있습니다. 이 스크립트에는 Python 3이 필요합니다.

또한 스크립트에서는 먼저 두 개의 데이터베이스(OBI 편집에서 하나, OBI 병합 버전에서 하나)를 구축해야 합니다. 

 make obi-dbs

용어 재지정

레이블은 템플릿에서 사용되므로 용어의 모든 사용법을 수동으로 찾아 바꾸는 것은 어렵고 지루할 수 있습니다. 대신 src/scripts/relabel.py 사용하여 용어의 레이블과 사용법을 자동으로 업데이트할 수 있습니다.

업데이트하려는 용어와 새 레이블을 전달하여 이를 실행할 수 있습니다. 

 src/scripts/relabel.py CHMO:0000087 "microscopy with fluorescence"

큰따옴표로 묶어서 이전 레이블을 첫 번째 인수로 전달할 수도 있습니다. 

 src/scripts/relabel.py "fluorescence microscopy" "microscopy with fluorescence"

모든 사용법이 업데이트되도록 변경된 모든 파일을 커밋해야 합니다.

파일

  • README.md 이 개요 문서
  • obi.owl OBI의 최신 릴리스
  • OBI 구축을 위한 Makefile 스크립트
  • OBI에 대한 views/ 다양한 전문 견해
    • obi.obo .obo 파일 형식의 최신 OBI 릴리스
    • obi_core.owl OBI Core의 최신 릴리스: 최대 100개의 핵심 용어
  • src/
    • OBI용 ontology/ 소스 파일
      • obi-edit.owl 기본 OBI OWL 파일
      • core.txt OBI 핵심 용어 목록
      • external-byhand.owl 다른 온톨로지에서 일부 사용자 정의 가져오기
      • catalog-v001.xml OWL 가져오기 재정의의 최종 목록
      • OBI의 다양한 분기에 대한 templates/ ROBOT 템플릿 파일
      • modules/ ROBOT 템플릿의 결과
      • OntoFox_inputs/ 다른 온톨로지에서 가져오기 위한 OntoFox 구성 파일
      • OntoFox_outputs/ OntoFox 결과 파일
    • OBI 구축 및 검증을 위한 sparql/ SPARQL 쿼리
    • scripts/ 유틸리티 스크립트
    • views/ 보기 구성

건물

Makefile OBI 구축을 위한 스크립트가 포함되어 있습니다. macOS 또는 Linux에서는 make 또는 아래의 특정 작업 중 하나를 실행할 수 있어야 합니다. Windows에서는 Docker 또는 Vagrant와 같은 일종의 Linux 가상 머신을 사용하는 것이 좋습니다. 대부분의 결과는 build/ 디렉터리에 있습니다. 문제가 있으면 James에게 문의하세요.

  • make test SPARQL 테스트를 실행합니다(GitHub에 푸시할 때마다 실행됩니다).
  • make sort 인용 및 줄 끝을 수정합니다.
  • make imports
  • make modules .
  • make obi.owl . 추론에는 약 10분이 소요될 수 있습니다.
  • make views
  • make all , imports , modules , test , obi.owl 및 views 실행합니다.
  • make build/obi_merged.owl obi-edit.owl 단일 파일로 병합하세요. 이유는 생각하지 마세요.
  • 임시 파일을 make clean

개발

우리는 OBI를 개발하기 위해 git과 GitHub를 사용합니다. 두 가지 모두에 대한 좋은 문서가 많이 있습니다.

  • 파일과 문서가 있는 git 웹사이트
  • GitHub 도움말 및 흐름

초기 설정

OBI로 개발을 시작하기 전에 몇 가지 초기 설정을 수행해야 합니다.

  1. GitHub 계정에 가입하세요

  2. Git 명령줄 도구, GitHub 데스크톱 앱 또는 선택한 다른 Git 클라이언트를 설치합니다.

  3. 이름과 이메일로 Git 구성

  4. OBI 저장소 복제

  5. macOS 및 Excel을 사용하는 경우 사전 커밋 후크를 설정합니다(자세한 내용은 아래 참조). 

     ln -s ../../src/scripts/check-line-endings.sh .git/hooks/pre-commit

변경하기

변경은 관리 가능한 부분에서 이루어져야 합니다(예: 하나의 용어를 추가하거나 몇 가지 관련 용어를 편집). 대부분의 변경 사항은 추적기의 단일 문제와 일치해야 합니다.

OBI 저장소 master 분기의 로컬 복사본에서 시작합니다. 로컬 복사본이 최신인지 확인하세요. 새 분기에서 변경사항을 적용하세요. 새로운 ID를 관리하려면 OBI 기간 ID 예약 시트를 사용하세요.

준비가 되면 브랜치를 OBI 리포지토리로 푸시하고 GitHub 웹 사이트에서 PR(Pull Request)을 만드세요. PR은 브랜치를 master 에 다시 병합하라는 요청입니다. 귀하의 PR은 테스트, 논의, 필요한 경우 조정된 후 병합됩니다. 그런 다음 귀하 또는 다른 개발자가 수행할 다음 변경에 ​​대해 주기가 반복될 수 있습니다.

다음은 CLI 명령을 사용하는 단계입니다. GUI 애플리케이션을 사용할 때 단계는 동일합니다.

  1. git fetch 로컬 복사본이 최신인지 확인하세요
  2. git checkout master master 브랜치에서 시작
  3. git checkout -b your-branch-name 변경하려는 이름의 새 브랜치를 만듭니다.
  4. 당신의 변화를 만들어
  5. 더 깔끔한 비교를 위해 make sort .
  6. git status 및 git diff 변경 사항을 검사합니다.
  7. git add --update src/ src/ 디렉터리의 모든 업데이트된 파일을 스테이징에 추가합니다.
  8. git commit --message "Description, issue #123" 메시지와 함께 단계적 변경 사항을 커밋합니다. 문제 번호를 포함하는 것이 좋습니다
  9. git push --set-upstream origin your-branch-name 커밋을 GitHub에 푸시합니다.
  10. 브라우저에서 https://github.com/obi-ontology/obi를 열고 "Make Pull Request" 버튼을 클릭하세요.

귀하의 Pull Request는 자동으로 테스트됩니다. 문제가 있으면 지점을 업데이트하겠습니다. 모든 테스트가 통과되면 OBI 개발자가 PR을 검토합니다. 검토가 완료되면 선임 OBI 개발자가 PR을 병합합니다. 헹구고 반복하세요!

물건을 깔끔하게 유지하기

src/ontology/template/ 파일을 편집하는 가장 쉬운 방법은 Excel을 사용하는 것입니다. 불행하게도 Excel에는 셀 값을 인용하는 데 몇 가지 특이한 규칙이 있으며 macOS에서는 오래된 줄 끝을 사용합니다. 이 두 가지 모두 diff를 지저분하고 혼란스럽게 만듭니다.

명확한 차이점을 위해 ID별로 정렬된 템플릿을 유지하는 것도 좋아합니다. make sort 명령은 Python 스크립트를 통해 모든 템플릿을 실행하여 줄 끝 및 정렬을 수정합니다.

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