바이오파이톤
1.0.0
Biopython 프로젝트는 전산 분자 생물학을 위해 무료로 사용할 수 있는 Python 도구 개발자들의 국제 협회입니다.
이 README 파일은 주로 http://biopython.org 웹사이트의 릴리스 중 하나 또는 GitHub https://github.com/biopython/biopython의 저장소에 있는 Biopython 소스 코드 작업에 관심이 있는 사람들을 위한 것입니다.
사용자 중심 문서인 Biopython Tutorial 및 Cookbook과 API 문서는 Sphinx를 사용하여 저장소에서 생성됩니다.
NEWS 파일에는 API 중단을 기록하는 DEPRECATED 파일과 함께 Biopython의 각 릴리스에 대한 변경 사항이 요약되어 있습니다.
Biopython 패키지는 관대한 조건으로 제공되는 오픈 소스 소프트웨어입니다. 자세한 내용은 LICENSE 파일을 참조하세요.
과학 출판물에 기여하는 작업에 Biopython을 사용하는 경우 당사의 애플리케이션 노트(아래) 또는 모듈별 출판물(당사 웹사이트에 나열됨) 중 하나를 인용해 주시기 바랍니다.
수탉, PJA 등. Biopython: 전산 분자 생물학 및 생물정보학을 위해 무료로 사용할 수 있는 Python 도구입니다. 생물정보학 2009년 6월 1일; 25(11) 1422-3 https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp163 pmid:19304878
Python에는 Biopython(필요한 경우 해당 종속성 NumPy)을 설치하고 단 하나의 터미널 명령으로 업그레이드 또는 제거할 수 있는 패키지 관리 시스템 "pip"가 포함되어 있습니다.
pip 설치 바이오파이썬 pip install --biopython 업그레이드 pip 제거 biopython
Biopython 1.70부터 우리는 Linux, macOS 및 Windows용 PyPI에서 사전 컴파일된 바이너리 휠 패키지를 제공했습니다. 이는 pip 설치가 빨라야 하며 컴파일러가 필요하지 않음을 의미합니다.
개발자 또는 잠재적 기여자로서 Biopython을 직접 다운로드, 빌드 및 설치하고 싶을 수도 있습니다. 이에 대해서는 아래에 설명되어 있습니다.
현재 http://www.python.org에서 Python 3.11을 사용하는 것이 좋습니다.
Biopython은 현재 다음 Python 구현에서 지원되고 테스트되었습니다.
Biopython에는 pip를 사용하여 Biopython을 설치하는 경우 자동으로 설치되는 NumPy(http://www.numpy.org 참조)가 필요합니다(Biopython을 직접 컴파일하려면 아래 참조).
Biopython의 어떤 부분을 사용할 계획인지에 따라 필요한 경우 나중에 설치할 수 있는 다양한 선택적 Python 종속성이 있습니다.
Bio.Graphics 에서만 사용되므로 이 기능이 필요하지 않으면 이 패키지를 설치할 필요가 없습니다.Bio.Phylo 이 패키지를 사용하여 계통수를 그립니다.Bio.Phylo 의 특정 틈새 기능에 사용됩니다.Bio.Phylo 아래의 CDAO 파서에서 사용됩니다.BioSQL 에서 PostgreSQL 데이터베이스에 액세스하는 데 사용됩니다.BioSQL 에서 MySQL 데이터베이스에 액세스하는 데 사용되며 PyPy에서도 지원됩니다.BioSQL 에서 MySQL 데이터베이스에 액세스하는 데 사용됩니다. PyPy에서 지원됩니다.또한 독립 실행형 NCBI BLAST, EMBOSS 또는 ClustalW와 같이 설치하고 싶을 수 있는 유용한 타사 도구가 많이 있습니다.
다음을 사용하여 PyPI에서 사용할 수 있는 사전 컴파일된 바이너리 휠을 사용하는 것이 좋습니다.
pip 설치 바이오파이썬
그러나 Biopython을 직접 컴파일해야 하는 경우 컴파일 타임에 다음이 필요합니다.
Python에는 python.h 와 같은 개발 헤더 파일이 포함되어 있습니다. 이 파일은 Linux에서 기본적으로 설치되지 않는 경우가 많습니다( python-dev 또는 python-devel 이라는 패키지와 python 패키지를 찾아 설치하려고 시도함).
Python 버전에 적합한 C 컴파일러(예: Linux의 GCC, Windows의 MSVC) Mac OS X 또는 현재 브랜드인 macOS의 경우 터미널 명령으로 설치할 수 있는 Apple의 명령줄 도구를 사용합니다.
xcode-select --설치
그러면 Apple의 XCode 개발 제품군을 설치할 수 있지만 필요하지 않으며 디스크 공간을 많이 차지합니다.
그런 다음 소스 코드를 다운로드하여 압축을 풀거나 git을 사용하여 가져옵니다. 이제 디렉터리를 Biopython 소스 코드 폴더로 변경하고 다음을 실행합니다.
pip 설치 -e . 파이썬 setup.py 테스트 sudo python setup.py 설치
필요한 경우 python 특정 버전(예: python3 또는 pypy3 으로 대체하세요.
인터넷 연결이 필요한(그리고 시간이 오래 걸릴 수 있는) 테스트를 제외하려면 --offline 옵션을 사용하십시오.
파이썬 setup.py 테스트 --오프라인
설치 디렉터리 접두사 변경 등 추가 구성이 필요한 경우 python setup.py 입력하세요.
Biopython에는 모든 것이 올바르게 실행되는지 확인하기 위한 일련의 회귀 테스트가 포함되어 있습니다. 테스트를 실행하려면 biopython 소스 코드 디렉터리로 이동하여 다음을 입력하세요.
pip 설치 -e . 파이썬 setup.py 테스트
온라인 테스트(반복 테스트를 수행할 때 권장됨)를 건너뛰려면 다음을 사용하세요.
파이썬 setup.py 테스트 --오프라인
건너뛴 테스트에 대한 경고 메시지가 표시되면 당황하지 마세요.
test_DocSQL ... 건너뛰는 중입니다. Bio.DocSQL을 사용하려면 MySQLdb를 설치하세요.
이는 패키지가 설치되지 않았음을 의미할 가능성이 높습니다. 사용을 계획하지 않은 모듈에 대한 테스트에서 발생하는 경우 이를 무시할 수 있습니다. 해당 모듈을 사용하고 싶다면 필수 종속성을 설치하고 테스트를 다시 실행하세요.
일부 테스트는 네트워크 문제로 인해 실패할 수 있으며 이는 우연이나 서비스 중단으로 인해 발생하는 경우가 많습니다. 테스트를 다시 실행해도 문제가 해결되지 않으면 --offline 옵션을 사용할 수 있습니다.
Biopython Tutorial & Cookbook에 더 많은 테스트 정보가 있습니다.
Biopython 1.61에는 안정적인 Biopython 릴리스에 포함된 실험 코드를 표시하는 데 사용되는 Bio.BiopythonExperimentalWarning 이라는 새로운 경고가 도입되었습니다. 이러한 '베타' 수준 코드는 더 폭넓은 테스트를 할 준비가 되어 있지만 여전히 변경될 가능성이 높으며 biopython-dev 메일링 목록을 통해 피드백을 제공하기 위해 얼리 어답터만 시도해야 합니다.
우리는 이러한 실험적 코드가 한두 번의 릴리스 내에서 안정적인 상태에 도달할 것으로 예상하며, 이 시점에서 이전 버전과의 호환성을 유지하려는 일반적인 정책이 적용될 것입니다.
강력한 패키지를 제공하려고 노력하는 동안 필연적으로 버그가 나타납니다. Biopython의 버그로 인해 발생할 수 있는 문제가 있는 경우 해당 버그가 이미 식별되었을 가능성이 있습니다. 아직 사용하고 있지 않다면 최신 릴리스로 업데이트하고 다시 시도하세요. 문제가 지속되면 버그 데이터베이스와 메일링 리스트를 검색하여 이미 보고되었는지(그리고 수정되었으면 좋겠는지) 확인하고, 그렇지 않은 경우 버그를 보고해 주세요. 우리가 모르는 문제는 해결할 수 없습니다. ;)
이슈 추적기: https://github.com/biopython/biopython/issues
문제가 파서 내에 있다고 의심된다면 데이터 형식이 변경되어 파싱 코드가 손상되었을 가능성이 높습니다. (텍스트 BLAST 및 GenBank 형식은 특히 취약한 것 같습니다.) 따라서 Biopython의 구문 분석 코드는 때때로 Biopython 릴리스를 빌드할 수 있는 것보다 빠르게 업데이트됩니다. git 저장소에서 관련 파일(예: Bio.SeqIO 또는 Bio.Blast 에 있는 파일)을 가져와서 최신 파서를 얻을 수 있습니다. 그러나 이 작업을 수행할 때는 주의해야 합니다. github의 코드는 릴리스된 코드만큼 잘 테스트되지 않았으며 새로운 종속성을 포함할 수 있기 때문입니다.
버그 보고서가 있으면 다음 사항을 알려주시기 바랍니다.
또한 이상적으로는 다음과 같습니다.
Biopython은 다양한 배경을 가진 전 세계의 자원봉사자들에 의해 운영됩니다. 우리는 항상 코드 개발, 웹 사이트 관리, 문서 작성, 기술 관리 및 기타 모든 일에 도움을 주는 데 관심이 있는 사람들을 찾고 있습니다.
기여하고 싶다면 먼저 CONTRIBUTING.rst를 읽고 웹사이트 http://biopython.org를 방문하여 메일링 리스트에 가입하세요: http://biopython.org/wiki/Mailing_lists
README.rst -- 이 파일입니다.NEWS.rst -- 릴리스 노트 및 뉴스.LICENSE.rst -- 코드로 수행할 수 있는 작업입니다.CONTRIB.rst -- 어떤 식으로든 Biopython에 도움을 준 사람들의 (불완전한) 목록입니다.CONTRIBUTING.rst - Biopython에 기여하는 방법에 대한 개요입니다.DEPRECATED.rst -- 제거되었거나 더 이상 사용이 권장되지 않는 Biopython의 모듈에 대한 정보와 해당 모듈을 사용하는 코드를 업데이트하는 방법이 포함되어 있습니다.MANIFEST.in - 릴리스에 포함할 파일을 구성합니다.setup.py -- 설치 파일.Bio/ -- 주요 코드 기본 코드입니다.BioSQL/ -- BioSQL 데이터베이스와 함께 Biopython을 사용하기 위한 코드입니다.Doc/ -- 문서.Scripts/ -- 기타, 유용할 수 있는 독립형 스크립트입니다.Tests/ - 샘플 데이터 파일을 포함한 회귀 테스트 코드입니다.
