baad
veau2002, dictionary
BAAD(바이오매스 및 합금량 데이터베이스)에는 전 세계의 목본 식물 건설에 대한 데이터가 포함되어 있습니다. 이러한 데이터는 170개 이상의 출판 및 미출판 과학 연구에서 수집되었으며, 그 중 대부분은 이전에는 공개 도메인에서 사용할 수 없었습니다. 이러한 데이터를 제공함으로써 세계 목본 식물의 식물 성장, 생태계 역학 및 탄소 순환을 이해하는 능력이 향상되기를 바랍니다. 데이터 세트는 간행물에 자세히 설명되어 있습니다.
Falster, DS , RA Duursma, MI Ishihara, DR Barneche, RG FitzJohn, A Vårhammar, M Aiba, M Ando, N Anten, MJ Aspinwall, JL Baltzer, C Baraloto, M Battaglia, JJ Battles, B Bond-Lamberty, M van Breugel, J Camac, Y Claveau, L Coll, M Dannoura, S Delagrange, JC Domec, F Fatemi, W Feng, V Gargaglione, Y Goto, A 하기하라, JS Hall, S Hamilton, D Harja, T Hiura, R Holdaway, LS Hutley, T Ichie, EJ Jokela, A Kantola, JW G Kelly, T Kenzo, D King, BD Kloeppel, T Kohyama, A Komiyama, JP Laclau, CH Lusk, DA Maguire, G le Maire, A Mäkelä, L Markesteijn, J Marshall, K McCulloh, I Miyata, K Mokany, S Mori, RW Myster, M Nagano, SL Naidu, Y Nouvellon, AP O'Grady, KL O'Hara, T Ohtsuka, N Osada, OO Osunkoya , PL Peri, AM Petritan, L Poorter, A 포츠머스, C Potvin, J Ransijn, D Reid, SC Ribeiro, SD Roberts, R Rodríguez, A Saldaña-Acosta, I Santa-Regina, K Sasa, NG Selaya, SC Sillett, F Sterck, K Takagi, T Tange, H Tanouchi, D Tissue, T Umehara , H Utsugi, MA Vadeboncoeur, F Valladares, P Vanninen, JR Wang, E Wenk, R Williams, F de Aquino Ximenes, A Yamaba, T Yamada, T Yamaakura, RD Yanai 및 RA York(2015) BAAD: 목본 식물을 위한 바이오매스 및 합금 측정 데이터베이스. 생태학 96 :1445-1445. 10.1890/14-1889.1
출판 당시 BAAD에는 674종에 걸쳐 20,950명의 개인으로부터 175개의 다양한 연구에서 수집된 258,526개의 측정값이 포함되어 있습니다. BAAD에 기여한 개별 연구에 대한 자세한 내용은 이러한 온라인 보고서에서 확인할 수 있습니다.
BAAD의 데이터는 Creative Commons Zero 공개 도메인 면제에 따라 공개되므로 제한 없이 재사용할 수 있습니다. 데이터베이스 구축에 들어간 작업을 인식하기 위해 위의 기사를 인용하거나, 개별 연구 중 하나 또는 몇 가지 데이터만 사용할 경우 원할 경우 원본 기사를 인용해 주시기 바랍니다.
BAAD 내에서 데이터에 액세스하는 데는 두 가지 옵션이 있습니다.
다음 중 하나에서 데이터베이스의 컴파일된 버전을 다운로드할 수 있습니다.
R 용 baad.data 패키지.데이터베이스에는 다음 요소가 포함되어 있습니다.
data : dictionary 에 정의된 열이 포함된 통합된 데이터세트(테이블)dictionary : 변수 정의 테이블metadata : 데이터 수집에 사용된 방법에 대한 서면 정보를 포함하는 "studyName", "Topic", "Description" 열이 있는 테이블methods : 데이터와 같은 열이 있는 테이블이지만 데이터를 수집하는 데 사용되는 메소드에 대한 코드가 포함되어 있습니다. 코드는 config/methodsDefinitions.csv를 참조하세요.references : 각 연구의 기본 소스를 포함하는 요약 테이블 및 bibtex 항목contacts : 각 연구에 대한 연락처 정보 및 소속이 포함된 표 이러한 요소는 위 링크 모두에서 일련의 CSV 및 텍스트 파일로 사용할 수 있습니다. R 사용하는 경우 데이터에 액세스하는 가장 좋은 방법은 baad.data 패키지를 이용하는 것입니다. 패키지를 설치한 후(여기 지침) 사용자는 다음을 실행할 수 있습니다.
baad.data :: baad_data( " 1.0.0 " )생태기록 보관소에 저장된 버전을 다운로드하거나
baad.data :: baad_data( " x.y.z " )이전 또는 최신 버전을 다운로드하려면(버전 번호는 의미론적 버전 관리 지침을 따릅니다. baad.data 패키지는 모든 것을 캐시하므로 세션 전반에 걸쳐 후속 호출이 매우 빠릅니다. 특정 분석에 사용되는 버전 및 다양한 분석에서 다양한 버전의 데이터베이스를 사용할 수 있도록 허용합니다.
다양한 버전과 버전 간 변경 사항에 대한 자세한 내용은 github 릴리스 페이지와 CHANGELOG에서 확인할 수 있습니다.
BAAD는 살아있는 데이터베이스로 설계되었습니다. 더 많은 데이터를 추가하면 정기적으로 릴리스할 예정입니다. 이러한 업데이트는 이 리소스의 버전 번호 변경과 일치하며 데이터베이스의 각 버전은 github 및 baad.data 패키지를 통해 사용할 수 있습니다. 출판된 분석을 위해 이 리소스를 사용하는 경우 출판물의 버전 번호를 기록해 두십시오. 이를 통해 미래의 누구든지 귀하가 사용한 것과 정확히 동일한 버전의 데이터를 다시 찾을 수 있습니다.
BAAD는 R의 스크립트 작업 흐름을 사용하여 소스(원시 데이터 파일)에서 다시 빌드할 수 있습니다. 기본 R을 넘어서 BAAD를 빌드하려면 '리메이크' 패키지가 필요합니다. 리메이크를 설치하려면 R 내에서 다음을 실행하세요.
# installs the package devtools
install.packages("devtools")
# use devtools to install remake
devtools::install_github("richfitz/remake")
다른 여러 패키지도 필요합니다( rmarkdown, knitr, knitcitations, plyr, whisker, maps, mapdata, gdata, bibtex, taxize, Taxonstand, jsonlite ). install.packages 사용하여 R 내에서 설치하거나 리메이크(아래 지침)를 사용하여 더 쉽게 설치할 수 있습니다.
그런 다음 Remake를 사용하여 데이터베이스를 다시 구축할 수 있습니다.
먼저 Ecological Archives 또는 github에서 zip 파일로 또는 baad 저장소를 복제하여 코드와 원시 데이터를 다운로드하십시오.
git clone [email protected]:dfalster/baad.git
그런 다음 R을 열고 다운로드한 폴더를 작업 디렉터리로 설정합니다. 그 다음에,
# ask remake to install any missing packages
remake::install_missing_packages()
# build the dataset
remake::make("export")
# load dataset into R
baad <- readRDS('export/baad.rds')
데이터세트의 복사본은 폴더 export 에 rds (R용 압축 데이터)와 csv 파일로 저장되었습니다.
생성된 적절한 커밋을 확인하거나 릴리스 탭에 제공된 링크를 사용하여 BAAD의 모든 버전을 재현할 수 있습니다. 예를 들어, Ecology의 논문과 Ecology에 제출된 원고에 해당하는 데이터베이스 v1.0.0을 재현하려면 다음을 수행하십시오.
git checkout v1.0.0
그런 다음 R에서 실행
remake::make("export")
remake::make("manuscript")
BAAD에 대한 추가 기여를 환영합니다.
데이터를 제공하려는 경우 요구 사항은 다음과 같습니다.
기여를 준비하고 제출하는 방법에 대한 지침을 참조하세요.
충분한 추가 데이터가 제공되면 첫 번째 데이터 논문 이후에 기여한 모든 사람을 공동 저자로 초대하여 첫 번째 데이터 논문에 대한 업데이트를 제출할 계획입니다.
데이터를 제공해주신 모든 분들께 진심으로 감사드립니다. 또한 데이터 편집을 지원하기 위해 다음과 같은 자금 출처에 감사드립니다. DS Falster, A. Vårhammer 및 DR Barneche는 Falster(DP110102086)에 대한 ARC 발견 보조금과 RA Duursma에 대한 UWS 창업 보조금에 고용되었습니다. RG FitzJohn은 과학산업기금(RP04-174)의 지원을 받았습니다. MI Ishihara는 일본 환경부의 환경 연구 및 기술 개발 기금(S-9-3)의 지원을 받았습니다.
