siar

SIAR v4.2.4.XXXX

R의 안정 동위원소 분석 - 패키지

이 패키지를 사용하지 마십시오 SIAR!!!!

• 중요: SIAR는 이제 존재하지 않습니다(죽음, 사라짐, 끝났음).
  • 타원과 볼록 껍질을 맞추려면 SIBER 패키지를 사용하세요.
  • 다른 새로운 개발 중에서 선형 공변량 및 계층적 무작위 효과를 포함하는 최신 옵션 제품군을 제공하는 혼합 모델을 피팅하려면 MixSIAR 패키지를 사용하십시오. 혼합 모델의 단순 버전이나 라이트 버전을 피팅하기 위해 simmr 패키지를 사용할 수도 있습니다.

Parnell, AC, Inger R., Bearhop, S. & Jackson, AL 2010. 안정 동위원소를 사용한 소스 분할: 너무 많은 변동에 대처. PLoS ONE, 5(3), e9672. 도이

버전 4.2.4.XXXXX

• SIAR은 현재 존재하지 않습니다.
  • 타원과 볼록 껍질을 맞추려면 SIBER 패키지를 사용하세요.
  • 다른 새로운 개발 중에서 선형 공변량 및 계층적 무작위 효과를 포함하는 최신 옵션 제품군을 제공하는 혼합 모델을 피팅하려면 MixSIAR 패키지를 사용하십시오. 혼합 모델의 단순 버전이나 라이트 버전을 피팅하기 위해 simmr 패키지를 사용할 수도 있습니다.

버전 4.2.4

• 'color.src' 인수(기본값으로 설정된 20가지 색상)를 'siarplotdatawrapper' 및 'siarplotdata' 함수에 추가하고 사용자는 소스 항목의 색상을 직접 설정할 수 있습니다.
• 'siarhdrs' 함수의 출력을 c("낮은 95% hdr","높은 95% hdr","mode","mean")에서 c("Mean", "SD", "2.5%", "로 변경했습니다. 5%", "25%", "50%", "75%", "95%", "97.5%") 기본적으로.
• 'siarhdrs' 함수에 대한 반환 값을 추가합니다.

버전 4.2.3 2018년 2월 20일

• 4.2.2.9000의 버그가 통합되었습니다.
• siarproportionbysourceplot 및 siarproportionbygroupplot 에 의한 신뢰할 수 있는 간격 출력의 라벨링 관련 버그가 수정되었습니다.

버전 4.2.2.9000 핫픽스 2017년 3월 28일

• spatstat 패키지로 업데이트하여 siar을 중단했습니다. 이는 마스터 브랜치의 핫픽스에서 spatstat.utils 로 교체되었습니다.

버전 4.2.2 수정 사항:

• 데이터 프레임이 자동으로 이중 형식으로 강제되지 않아 발생하는 단일 소비자 데이터 그룹에 대한 .C() 호출의 버그입니다. 강제 변환은 이제 as.double(as.matrix(some.data))입니다. 이는 메시지 error: not a matrix

버전 4.2.1 수정 사항:

• https://github.com/lsaravia에서 발견한 siar:bayesMVN을 통해 bayesm:rmultireg를 호출할 때 Linux 배포판의 SIBER 루틴에 있는 버그입니다.
• siardensityplot()의 main="my awesome graph" 인수가 이제 작동합니다.
• 이제 모든 *.Rd 파일의 선폭이 PDF 생성 시 90자 제한 이내가 됩니다.
• 어떤 경우에도 사용되지 않는 quartz() 호출의 일부 인스턴스를 정리했습니다.

SIAR 설치

devtools 패키지가 설치되어 있는 경우 GitHub에서 직접 설치할 수 있습니다. 하지만 정말 그러면 안됩니다. 이 패키지는 더 이상 지원되거나 권장되지 않으며,

	library( devtools )
	install_github( " andrewljackson/siar@master " , build_vingettes = TRUE )
	library( siar )

튜토리얼, 도움말 및 지원

http://www.tcd.ie/Zoology/research/groups/jackson/projects/siar에서 예제 파일, 비디오 팟캐스트, 튜토리얼 등에 대한 링크와 함께 SIAR을 시작하는 데 사용할 수 있는 다양한 자료가 있습니다. php.php. https://github.com/AndrewLJackson/SIAR-examples-and-queries에는 더 많은 파일과 예제가 있으며 앞으로 이러한 다양한 파일을 이 git 저장소 및/또는 동반 git 웹사이트에 통합할 예정입니다. 또한 현재 SIBER에 대한 주요 업데이트를 작업 중이며 어느 시점에 SIAR 패키지에서 제거될 예정입니다 https://github.com/AndrewLJackson/SIBER-sandbox.

감사의 말

Github 설치 지침과 일반적인 Git 조언에 도움을 주신 Natalie Cooper에게 감사드립니다!

출판물

Jackson, AL, Parnell, AC, Inger R., & Bearhop, S. 2011. 공동체 간 및 공동체 내의 동위원소 틈새 폭 비교: SIBER – R. Journal of Animal Ecology, 80, 595-602의 안정 동위원소 베이지안 타원. 도이

Parnell, AC, Inger R., Bearhop, S. & Jackson, AL 2010. 안정 동위원소를 사용한 소스 분할: 너무 많은 변동에 대처. PLoS ONE, 5(3), e9672. 도이