lightdock

1. 개요

LightDock 은 GSO(Glowworm Swarm Optimization) 알고리즘을 기반으로 하는 단백질-단백질, 단백질-펩타이드 및 단백질-DNA 도킹 프레임워크입니다.

LightDock 프레임워크는 사용자가 추가로 개발하고 최적화할 수 있는 다양한 옵션을 포함하여 매우 다재다능합니다. 사용자 정의 채점 기능을 수용할 수 있고, 로컬 그라데이션 없는 최소화를 사용할 수 있으며, 시뮬레이션을 처음부터 제한하여 다음에 집중할 수 있습니다. 사용자가 할당한 상호 작용 영역은 수용체와 리간드 파트너 모두에서 잔류물 제한을 지원합니다 .

2. 참고자료

LightDock 프로토콜과 잔류물 제한을 활용하기 위한 업데이트가 Oxford Bioinformatics 저널에 게재되었습니다. 연구에 LightDock을 사용하는 경우 다음 참고 자료를 인용하십시오.

LightDock: 단백질-단백질 도킹에 대한 새로운 다중 규모 접근 방식
브라이언 히메네스-가르시아, 호르헤 로엘-투리스, 미구엘 로메로-두라나, 미켈 비달, 다니엘 히메네스-곤살레스, 후안 페르난데스-레시오
생물정보학(Bioinformatics) , 34권, 1호, 2018년 1월 1일, 페이지 49-55, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx555

LightDock은 정보 중심으로 나아갑니다.
호르헤 로엘-투리스, 알렉상드르 MJJ 봉빈, 브라이언 히메네스-가르시아
생물정보학 , btz642; 도이: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz642

막 관련 단백질 어셈블리의 통합 모델링
호르헤 로엘-투리스, 브라이언 히메네스-가르시아, 알렉상드르 MJJ 봉빈
Nat Commun11 , 6210(2020); 도이: https://doi.org/10.1038/s41467-020-20076-5

3. 설치

Lightdock 소프트웨어는 호환되며 다음 OS에서 테스트되었습니다.

• macOS : 엘 캐피탄, 시에라, 하이 시에라, 모하비, 카탈리나.
• GNU/Linux : Ubuntu 16+, Debian Stretch+, Scientific Linux 6+, CentOS 6+.
• Google Colab 플랫폼과 100% 호환

프로토콜의 많은 부분이 실행될 수 있음에도 불구하고 Microsoft Windows는 공식적으로 지원되지 않습니다. 자신의 책임 하에 사용하시기 바랍니다. Windows용 LightDock 테스트 및 개발에 기여하고 싶다면 당사에 문의하세요.

3.1. 종속성

LightDock에는 다음과 같은 종속성이 있습니다.

• NumPy(http://www.numpy.org/)
• 사이피(http://www.scipy.org/)
• 사이썬(http://cython.org/)
• 프로디(http://prody.csb.pitt.edu/)
• 프리사사(http://freesasa.github.io/)

선택적 종속성은 다음과 같습니다.

• MPI4py(MPI 지원을 사용하려는 경우 http://pythonhosted.org/mpi4py/)

3.2. LightDock 설치

LightDock을 설치하는 가장 빠른 방법은 pip 사용하는 것입니다.

pip install lightdock

4. 개발

LightDock 코드를 개발하고 확장하려면 다음 지침을 따르십시오.

4.1. 클론

다음 저장소를 복제하세요.

git clone https://github.com/lightdock/lightdock.git

4.2. Python C 및 Cython 확장 컴파일

pip, 패키지 관리자 등을 통해 종속성이 이미 설치되어 있는지 확인하세요.

• numpy>=1.17.1
• 사이피>=1.3.1
• 사이썬>=0.29.13
• 프로디>=1.10.11
• 프리사사>=2.0.3

가상 환경을 생성하고 설치하는 것이 좋습니다.

virtualenv venv
source venv/bin/activate
cd lightdock
pip install -e .

개발을 위해 pip 또는 setuptools를 사용하지 않는 경우 모든 확장을 컴파일하는 bash 스크립트가 있습니다.

 cd lightdock
./setup.sh

4.3. 경로에 Lightdock 추가

~/.bashrc 파일에 다음 줄을 추가하고 /path/to/lightdock 변경하는 것을 잊지 마세요.

 # LightDock
export LIGHTDOCK_HOME= " /path/to/lightdock "
export PATH= $PATH : $LIGHTDOCK_HOME /bin
export PYTHONPATH= $PYTHONPATH : $LIGHTDOCK_HOME

변경 사항을 적용하는 것을 잊지 마세요:

 source ~ /.bashrc

4.4. 테스트

LightDock 테스트를 실행할 수 있습니다:

 cd lightdock
nosetests

5. 문서화

LightDock 프로토콜 실행 방법에 대한 전체 문서와 여러 튜토리얼 및 사용 사례는 https://lightdock.org/tutorials에서 찾을 수 있습니다.

6. 도움 받기

LightDock은 적극적으로 개발되고 있으며 일부 문제가 발생할 수 있거나 LightDock을 실행하는 데 추가 도움이 필요할 수 있습니다. 이러한 경우 도움을 받을 수 있는 두 가지 주요 방법이 있습니다.

1. 문제가 이미 보고된 경우 FAQ를 읽어보세요.
2. 이 저장소에서 새 이슈를 엽니다.
3. 또는 [email protected]으로 이메일을 보내주세요. (가능한 한 빨리 질문에 답변해 드리겠습니다.)

7. 라이센스

LightDock은 GPLv3 라이선스에 따라 사용할 수 있습니다. 자세한 내용은 라이센스 문서를 참조하십시오.