kma

주위를 유지하십시오 ( kma ) : 인트론 보유 감지

kma 생물학적 복제 및 리 샘플링을 사용하여 인트론 유지 추정 및 검출을 수행하는 R 패키지입니다. 업데이트 된 코드는 언제나 https://github.com/pachterlab/kma에서 찾을 수 있습니다

설치

설치하려면 먼저 필요한 패키지가 있는지 확인하십시오.

 required_packages <- c("devtools", "data.table", "reshape2", "dplyr")
install.packages(required_packages)

그런 다음 devtools 사용하여 패키지를 설치할 수 있습니다.

 devtools::install_github("pachterlab/kma")

모든 것이 잘 진행된다고 가정하면 kma 로드하십시오.

 library("kma")

지도 시간

설치되면 r : Vignette를 참조하십시오.

 vignette("kma")

버그 및 기능 요청

github에 이것들을 제출하십시오.

미래의 일

• 추가 탐색 적 분석 도구
• 실험 조건간에 차등 인트론 사용 분석을 제공합니다
  • 우리는 현재이 작업을 수행하는 방법에 대한 몇 가지 아이디어가 있으며 곧 구현할 것입니다.
• 시계열 분석을 제공하십시오

저자

소프트웨어는 Harold Pimentel에 의해 개발되었습니다. 방법은 Lior Pachter와 John Conboy로 개발되었습니다.

관련 오픈 소스 도구

아래에는 관련 도구 목록과 kma 와 어떻게 다른지가 있습니다.

덱 세크

Dexseq는 유전자 지역의 차등 사용에 관심이 있습니다. 결과적으로, 인트론이 "사용"(트랜스 립 립 발현에 비해)인지 여부는 단순히 "차별적으로 사용되고있다"고 결정하지는 않는다.

된장

MISO는 (PSI)에 스 플라이 싱 된 인트론 백분율을 계산할 수 있지만 현재 웹 사이트에서 수정 된 주석이 필요합니다. kma 프리 프로세싱 단계에서 주석이 처리되므로 현재 주석과 함께 작동 할 수 있습니다. 또한 MISO는 현재 Replicates 용 내장 Suppport를 제공하지 않습니다.