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1.2

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워크 플로 설명 언어 (WDL)

WDL (Workflow Description Language)은 사람이 읽을 수 있고 쓰기 쉬운 구문으로 데이터 처리 워크 플로를 설명하기위한 공개 표준입니다. WDL을 사용하면 분석 작업을 정의하고 워크 플로우에 연결하고 실행을 병렬화하는 것이 간단합니다. 이 언어는 프로그래머, 분석가 및 생산 시스템 운영자를 포함한 모든 방식의 사용자가 액세스 할 수 있고 이해할 수 있도록 노력합니다. 이 언어는 산란 수집 및 조건부 실행과 같은 일반적인 패턴을 간단하게 표현할 수있게합니다. WDL은 이식성을 위해 설계되었으며 HPC 시스템 및 클라우드 플랫폼을 포함한 다양한 환경에서 해당 실행 중에서 선택할 수있는 몇 가지 구현이 있습니다.

버전 작성

WDL 버전화는 시맨틱 버전 관리 규칙을 따릅니다.

WDL 언어 에는 2 수 버전이 있습니다 (예 : 1.2 ). 미성년자 (두 번째) 버전 번호 (예 : 1.1 ~ 1.2 )의 증가는 언어 또는 표준 라이브러리 기능에 추가되거나 위반되지 않는 변경을 나타냅니다. 전공 (첫 번째) 버전 번호 (예 : 1.0 ~ 2.0 )의 증가는 변화가 이루어 졌음을 나타냅니다.

WDL 사양 에는 3 수 버전이 있습니다 (예 : 1.2.0 ). 사양 버전은 언어 버전을 추적하지만 오타 수정, 추가 예제 또는 모호한 언어의 비절감을 포함하는 패치 릴리스 (패치 변경 또는 세 번째 버전 번호로 표시)도있을 수 있습니다.

언어 사양

WDL 사양에는 실행 엔진을 구현하려는 사람들을 포함하여 사용자 및 개발자를위한 모든 관련 정보가 포함되어 있습니다. 이 GitHub 프로젝트는 현재 사양의 현재 버전에 대한 분기를 기본 지점으로 사용 하므로이 프로젝트의 루트 URL을 방문하는 한 현재 사양의 현재 버전을 볼 수 있습니다. 사용자는 절대적으로 필요한 경우 현재 버전의 사양을 사용하도록 강력히 권장됩니다.

이 지점은 WDL 언어 사양의 버전 1.2 입니다. 이 지점에 대해 새로운 비 분해 기능의 모든 개발은 수행되어야합니다.

사양의 이전 버전은 여기에서 찾을 수 있습니다.

1.1
1.0

WDL을 만드는 초기 노력에 해당하는 여러 초안 버전이 있습니다. 이것들은 기능적 사양이지만 기능이 완성되지 않아야하며 많은 버그와 불규칙성이 포함되어 있습니다.

초안 3
드래프트 -2
드래프트 -1

사양의 다음 주요 버전은 2.0입니다. 새로운 브레이킹 기능의 모든 개발은 해당 지점에 대해 수행해야합니다.

커뮤니티와 지원

WDL 커뮤니티는 번성하기위한 참여에 달려 있습니다. 질문을하고, 다른 사용자를 돕고, 할 수있는 곳에 기여하는 것이 좋습니다. 상호 작용은 주로 Github 및 Slack에서 발생합니다. WDL 커뮤니티에는 공식 블로그도 공지 사항을 제작할 수 있습니다.

질문을합니다

토론에서 질문이 이미 질문을 받았는지 확인하십시오. 그렇지 않다면 새로운 토론을 시작하십시오.
슬랙에 가입하고 #support 채널에서 물어보십시오.
이전에 답변 한 질문에 대해 Bioinformatics Stack Exchange를 검색하거나 새로운 질문을하십시오.
이전에 답변 한 질문은 Google 그룹을 검색하십시오. 이 그룹은 크게 비활성이므로 위의 장소 중 하나에서 새로운 질문을하는 데 암시됩니다.

버그 및 새로운 기능

기존 문제를 검색하십시오. 귀하의 문제가 아직보고되지 않은 경우 새 문제를 만들었습니다.
기능 신호의 경우 위에 나열된 장소 중 하나에서 토론을 시작하여 커뮤니티로부터 피드백을받는 것이 좋습니다.
문제에 대한 수정/구현을 제공하려면 풀 요청을 제출하기 전에 기부금에 대해 읽으십시오.

선적 서류 비치

WDL-DOC
학습
Terra (Broad Institute의 제품)가 제공하는 WDL 자원

게시 된 워크 플로

다음은 오픈 소스 WDL 워크 플로 모음입니다. 필요한 WDL 작업 또는 워크 플로우는 이러한 저장소 중 하나에서 이미 사용할 수 있거나 유사한 워크 플로를 찾아 요구 사항에 맞게 사용자 정의 할 수 있습니다.

도크 스토어
Biowdl
Broad Institute Warp
GATK 워크 플로우
인코딩
테라 (등록 필요)

소프트웨어 및 도구

실행 엔진 및 플랫폼

WDL에는 공식적인 구현이 없습니다. 제 3자는 WDL 워크 플로 및 작업을 해석하고 실행하는 설치 가능한 소프트웨어 또는 호스팅 플랫폼을 제공하기 위해 의존합니다. WDL에는 아직 공식 규정 준수 프로그램 또는 인증 프로세스가 없지만 구현자는 구현에 걸쳐 워크 플로의 휴대 성을 극대화하기 위해 사양에 따라 도구를 설계해야합니다. 그럼에도 불구하고 구현자는 추가 옵션 기능을 제공 할 수 있습니다. 사용 가능한 실행 옵션 및 지원에 대한 정보는 각 도구/플랫폼과 관련된 문서를 참조하십시오.

구현	설치가 필요합니다	로컬 실행	HPC	구름
AWS Healthomics	아니요	아니요	아니요	AWS
크롬웰 *	예	예	많은	AWS 배치, Azure, GCP
dxcompiler	예	아니요	아니요	dnanexus
미니 wdl	예	예	슬러 름	AWS 배치
흙	아니요	아니요	아니요	Azure, GCP

* Cromwell을 사용하여 GCP에서 시작을위한 스크립트 인 WDL 러너도 참조하십시오.

문법, 파서 및 언어 지원

WDL Parsers 리포지토리는 다양한 형식의 문법 정의를 제공하고 다양한 언어에 대한 파서를 생성합니다.
MiniWDL은 WDL에 대한 Python 바인딩과 검증, 줄링 및 워크 플로 입력 템플릿 생성을위한 CommandLine 도구를 제공합니다.
WOMTool은 WDL 구문 분석, 검증, 줄무늬 및 다이어그램을위한 독립형 Java 도구입니다.
WDLTOOLS- 1) AntlR4 문법 문법을 기반으로 한 파서 Java/Scala 라이브러리, WDL Draft -2, 1.0, 1.1 및 2.0에 대한 Parser Java/Scala 라이브러리; 2) Sytanx 체크, 유형 검사, 라인팅, 코드 서식 (이전에서 최신 WDL 버전으로 업그레이드 포함), 문서 생성 및 로컬로 WDL 작업 실행을위한 명령 줄 도구.
WDL 파일 용 패키지 관리자 및 Linter를 스프로커합니다.

IDE 지원

IDE	도구
EMACS	폴리 -WDL
EMACS	WDL 모드
JetBrains	WINSTANLY
숭고한	WDL 구문 형광펜
정력	vim-wdl
비주얼 스튜디오 코드	WDL 구문 형광펜

선적 서류 비치

WDL-RAID는 WDL 파일에 정의 된 Parameter_Meta 정보를 기반으로 WDL 워크 플로의 입력에 대한 문서를 생성합니다.
wdldoc

테스트

WDL 테스트는 WDL 구현을위한 테스트 사례 모음입니다. 자동화 된 테스트 프레임 워크와 호환되는 새로운 테스트를 작성하기위한 사양이 제공됩니다.
Pytest-Workflow는 구현에 대한 공유 워크 플로우 테스터입니다. Cromwell과 Miniwdl과 함께 사용할 수 있습니다. Pytest를 기본 테스트 프레임 워크로 사용합니다. 테스트는 Yaml 형식 또는 Python 코드로 지정할 수 있습니다.
Pytest-WDL은 WDL 작업 및 워크 플로 테스트를 가능하게하는 Pytest 장치 테스트 프레임 워크를위한 플러그인입니다. 테스트는 Yaml 형식 또는 Python 코드로 지정할 수 있습니다.

포장

miniwdl zip 주어진 WDL 소스 코드 파일 및 가져 오는 기타 WDL 파일을 포함한 zip 파일을 생성합니다. ZIP 파일은 Miniwdl Run에 직접 제공 될 수 있으며 자동으로 추출 할 수 있습니다.
WDL-Packager는 워크 플로와 모든 가져 오기를 ZIP 파일로 포장합니다. 지퍼는 Cromwell의 Imports Zip 패키지로 사용할 수 있습니다. 유틸리티는 Zip 패키지에 비 WDL 파일 (예 : 라이센스 등)을 추가 할 수 있으며 이진 재현 가능한 방식으로 Zip을 패키지하는 옵션을 제공 할 수 있습니다.