VARUS

VARUS : RNA-Seq 라이브러리에서 다양한 샘플을 그리는 것

Varus는 원래 Willy Bruhn이 Mario Stanke가 감독 한 학사 논문으로 작성되었습니다. 이 저장소는 2018 년 11 월에 만든 https://github.com/willybruhn/varus의 사본이며 많은 버그 픽스, 점진적인 인트론 데이터베이스 기능 및 Hisat AL 대체 정렬 프로그램을 사용하기위한 확장 기능이 포함되어 있습니다.

VARUS는 유전자-파인더 훈련 및 게놈 주석의 목적으로 많은 유전자에 대해 충분히 높은 커버리지를 대상으로 NCBI의 서열 읽기 아카이브 (SRA)에서 제한된 수의 RNA-Seq 판독 값의 선택 및 다운로드를 자동화합니다. 온라인 알고리즘의 각 반복

• 이전에 다운로드 한 읽기를 보완 할 것으로 예상되는 다운로드 실행을 선택합니다.
• FastQ-Dump가 있는 실행에서 읽기 샘플 ( "Batch")을 다운로드합니다.
• 읽기를 Star 또는 Hisat 와 정렬합니다
• 정렬을 평가합니다

설치

리눅스

저장소를 복제하려면 명령 줄에서 다음 명령을 호출하십시오.

git clone https://github.com/MarioStanke/VARUS.git

varus는

• Samtools,
• Bamtools, sudo apt-get install bamtools libbamtools-dev 와 함께 Ubuntu에 설치
• FastQ-Dump 및
• Star 또는 Hisat2 (Hisat 2, 버전 2.0.0- 베타로 테스트)

수동으로 varus를 컴파일하십시오

 cd Implementation
make

NCBI 캐시를 비활성화합니다

기본적으로 NCBI 도구 fastq-dump 작은 부분 만 다운로드하더라도 데이터를 다운로드하는 실행 파일과 동일한 크기의 ~/ncbi 아래에 임시 파일을 만듭니다. 대부분의 사용자에게 너무 많은 하드 드라이브 공간이 필요한이 캐싱 동작을 비활성화하십시오.

 mkdir -p ~/.ncbi
echo '/repository/user/cache-disabled = "true"' >> ~/.ncbi/user-settings.mkfg

시작하기

예

디렉토리 example 로 변경하고 예/readme의 지침을 따르십시오.

varus를 실행합니다

VARUSparameters.txt 파일을 예제 폴더에서 작업 디렉토리로 복사하고 필요한 경우 조정하십시오.

가장 중요한 매개 변수 :

-배치 크기 각 반복 할 때 얼마나 많은 판독 값을 다운로드 해야하는지 (예 : 50000 또는 200000)

-Maxbatches 최대 얼마나 많은 배치를 다운로드 해야하는지 지정합니다.

최종 출력은 varus.bam 이라는 정렬 된 스 플린트 정렬 파일 (모든 배치)입니다.

참조

인용 : varus : 시퀀스 읽기 아카이브에서 샘플링 보완 RNA 읽기. 2019; BMC 생물 정보학 , 20 : 558

PAG2019의 varus

학사 논문

/문서 /논문의 바라스 에 해당하는 Willy Bruhn의 학사 논문을 찾으십시오.