SIQ
1.8
시퀀스 심문 및 자격은 표적 시퀀싱 데이터에 대한 분석을 수행 할 수 있습니다. SIQ는 SIQPlotter를 사용하여 대화식으로 시각화 할 수있는 돌연변이 프로파일을 만듭니다. 컴퓨터가있는 사람이라면 누구나이 프로그램을 사용하여 시퀀스를 분석 할 수 있도록 Java로 작성되었습니다. 우리는 정보학에 대한 배경이없는 사람이 NGS 데이터를 분석 할 수 있도록이 도구를 설계하고 구현했습니다.
자세한 사용자 안내서는 다운로드 및 읽기를 읽으십시오.
또한 SIQ를 쉽게 실행할 수 있도록 우리가 만든 비디오 터리얼을 볼 수 있습니다.
모든 비디오를 보았고 전체 사용자 안내서를 읽고 SIQ를 실행하거나 데이터 분석에 여전히 문제가있는 경우 여기에 문제를 해결하거나 이메일을 보내주십시오. 연락처 세부 정보는 SIQ 용지를 참조하십시오.
ReadMe를 더 잘 따르는 것을 선호하는 사람들을 위해 아래에 간단한 사용자 안내서가 포함되어 있습니다.
이 저장소에서 최신 .jar 파일을 다운로드하십시오. 두 번 클릭하면 직접 작동해야합니다. 필요한 유일한 것은 작동하는 Java 버전 (1.8 이상)입니다. 64 비트 버전의 Java를 설치하십시오. 여기에서 Java를 다운로드하여 설치하십시오
참고 : MacOS 및 Windows와 같은 대부분의 운영 체제는 인터넷에서 나오는 모든 파일을 불신합니다. MacOS의 경우 'Control' +를 누르십시오. JAR 파일을 클릭하여 엽니 다. 이 알림은 처음으로 만 나타납니다.
SIQ가 시작되면 다음 화면이 표시됩니다.
대상 시퀀싱 실험을 설정할 때 일반적으로 두 프라이머를 사용하여 관심있는 유전자좌를 증폭시킵니다. 또한, 귀하는 (선택적으로) 실험의 대상 사이트를 예상했습니다. 예를 들어 CRISPR CAS9, CAS13, I-SCEI 또는 기타 효소를 사용하여 DNA를 표적으로하는 경우입니다. 우리는 또한 SIQ를 사용하여 트랜스 포손 사이트, G- 쿼드 파르 플렉스 서열의 사이트와 같은 다른 사이트를 분석했습니다. SIQ는이 위치를 사용하여 1)이 위치에서 바람직하게 시퀀스 변경을 식별하려고 시도합니다. 2) PCR 프라이머가 예상 위치에서 증폭되도록하십시오 (아래 필터 참조).
SIQ는 다음과 같은 입력 가능성이 있습니다.
선택적 설정 :
SIQ가 샘플을 분석하면 엑셀 파일이 발생합니다. 이 Excel 파일은 siqplotter에서 업로드하고 직접 시각화 할 수 있습니다.
siqplotter에 업로드하십시오
SIQPlotter 사용 방법에 대한 자세한 내용은 사용자 안내서 또는 비디오 자습서를 참조하십시오.
문제는 Java의 올바른 버전이 설치되지 않았을 가능성이 높습니다. 최신 Java 버전을 다운로드하여 설치하십시오.
Java를 다운로드하십시오
터미널 내에서 SIQ를 시작합니다 (Windows의 명령 프롬프트) :
cd Downloadsjava -jar SIQ_1.0.jar 입니다.운영 체제에 필요한 프로그램 플래시는 작동하지 않는 것 같습니다. SIQ를 시작할 때 Flash는 SIQ가 실행중인 디렉토리에 복사됩니다. 프로그램이 운영 체제에서 작동하지 않을 수 있습니다. 플래시가 작동하는지 확인하려면 다음 쉼표의 출력을 확인하십시오.
cd Downloads ./flash2
Usage: flash [OPTIONS] MATES_1.FASTQ MATES_2.FASTQ
Run `./flash2 --help | less' for more information.
or in windows:
flash.exe
Usage: flash [OPTIONS] MATES_1.FASTQ MATES_2.FASTQ
Run `flash.exe --help | more' for more information.
비디오 1. SIQ 다운로드 및 설치
비디오 2. 데이터에서 SIQ 실행
비디오 3. 편집을 감지하기위한 HDR 참조로 SIQ 실행
비디오 4. 고급 SIQ 옵션
비디오 5. siqplotter를 사용한 데이터 분석
