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mctc lib

기타 소스코드

version 0.3.2

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모듈 식 계산 공구 체인 라이브러리

설치

이 저장소의 소스 코드 에서이 프로젝트를 구축하려면 Fortran 2008을 지원하는 Fortran 컴파일러와 지원되는 빌드 시스템 중 하나가 있어야합니다.

Meson 버전 0.55 또는 최신, 빌드 시스템 백엔드, 즉 닌자 버전 1.7 또는 최신
Cmake 버전 3.14 또는 최신, 빌드 시스템 백엔드, 즉 닌자 버전 1.10 또는 최신
FPM 버전 0.3.0 이상

현재이 프로젝트는 GCC, Intel 및 PGI/NVHPC 컴파일러를 지원합니다.

Meson과 함께 건축

빌드를 설정하십시오

 meson setup _build

FC 환경 변수로 Fortran 컴파일러를 선택할 수 있습니다. 프로젝트 실행을 컴파일합니다

 meson compile -C _build

당신은 프로젝트 테스트를 실행할 수 있습니다

 meson test -C _build --print-errorlogs

프로젝트에 mctc-lib 포함하려면 다음 랩 파일을 하위 프로젝트 디렉토리에 추가합니다.

 [wrap-git]
directory = mctc-lib
url = https://github.com/grimme-lab/mctc-lib
revision = head

랩 폴백에서 의존성을 검색 할 수 있습니다.

mctc_dep = dependency ( ' mctc-lib ' , fallback : [ ' mctc-lib ' , ' mctc_dep ' ])

그리고 목표물에 의존성으로 추가하십시오.

cmake로 건물

또는이 프로젝트는 CMAKE를 사용하여 구축 할 수 있습니다 (이 경우 Ninja 1.10 또는 최신이 필요합니다).

 cmake -B _build -G Ninja

Cmake Run으로 프로젝트를 컴파일합니다

 cmake --build _build

Project TestSuite를 실행할 수 있습니다

 pushd _build && ctest && popd

CMAKE 프로젝트에 mctc-lib 포함하려면 FetchContent 모듈을 사용하여 검색하십시오.

 if ( NOT TARGET mctc-lib)
  set ( "mctc-lib-url" "https://github.com/grimme-lab/mctc-lib" )
  message (STATUS "Retrieving mctc-lib from ${mctc-lib-url} " )
  include (FetchContent)
  FetchContent_Declare(
    "mctc-lib"
    GIT_REPOSITORY " ${mctc-lib-url} "
    GIT_TAG "HEAD"
  )
  FetchContent_MakeAvailable( "mctc-lib" )
endif ()

"mctc-lib" 인터페이스 라이브러리에 대한 링크.

 target_link_libraries ( " ${PROJECT_NAME} -lib" PUBLIC "mctc-lib" )

FPM으로 건물

프로젝트 루트에서 FPM을 호출하십시오

 fpm build

테스트 스위트 사용을 실행합니다

 fpm test

실행 부하 명령을 사용하여 mctc-convert 프로그램에 액세스 할 수 있습니다.

 fpm run -- --help

테스트에 mctc-lib 사용하려면 패키지 매니페스트의 종속성으로 포함합니다.

[ dependencies ]
mctc-lib.git = " https://github.com/grimme-lab/mctc-lib "

예

예제 응용 프로그램에는 mctc-convert 프로그램이 제공되어 다른 지원되는 입력 형식간에 변환됩니다.

IO 라이브러리를 사용하여 입력 파일을 읽으려면 read_structure 루틴을 사용하십시오. 최종 지오메트리 데이터는 structure_type 에 저장됩니다.

use mctc_io
use mctc_env
type(structure_type) :: mol
type(error_type), allocatable :: error

call read_structure(mol, " input.xyz " , error)
if (allocated(error)) then
   print ' (a) ' , error%message
   error stop
end if

환경 라이브러리는 라이브러리 루틴으로 전달되는 할당 가능한 error_type 를 사용하여 기본 오류 백 프로모션 메커니즘을 제공합니다. 일반적으로 리더는 파일 이름의 접미사에서 파일 유형을 감지 할 수 있습니다. 또는 filetype 열거자는 모든 지원되는 파일 유형의 식별자를 제공하며, 이는 read_structure 루틴에 선택적인 인수로 전달 될 수 있습니다.

유사한 방식으로 write_structure 루틴은 파일 또는 단위에 structure_type 쓸 수 있습니다.

use mctc_io
use mctc_env
type(structure_type) :: mol
type(error_type), allocatable :: error

call write_structure(mol, " output.xyz " , error)
if (allocated(error)) then
   print ' (a) ' , error%message
   error stop
end if

mctc-convert 프로그램은 체인 독자 및 작가 전화를 제공하여 Geometry 파일 변환기 역할을합니다. app/main.f90 에서 구현을 확인하십시오.

오류보고

Geometry Input Reader는 유용한 오류 메시지를 제공하려고 시도합니다. 유효하지 않은 입력 과 같은 오류 메시지가있는 사용자는 아무도 남지 않아야합니다. 명확하지 않은 오류 메시지는 MCTC-LIB 의 버그로 간주됩니다.보고 된 오류를 이해하기 위해 고군분투하고 문제를 제기하면 보고서를 개선 할 것입니다.

유용한 오류 메시지는 어떻게 보일 수 있습니까? 다음은 몇 가지 예입니다.

XYZ 파일로 선언 된 원자의 음수

 Error: Impossible number of atoms provided
 --> struc.xyz:1:1-2
  |
1 | -3
  | ^^ expected positive integer value
  |

총 요금은 정수로 지정되지 않습니다

 Error: Cannot read eht entry
  --> struc.coord:18:13-15
   |
18 | $eht charge=one unpaired=0
   |             ^^^ expected integer value
   |

고정 너비 항목에는 잘못된 값이 포함됩니다

 Error: Cannot read charges
  --> struc.mol:29:23-25
   |
29 | M  CHG  3   1   1   3   b   2  -1
   |                       ^^^ expected integer value
   |

상충되는 데이터 그룹과의 터보 몰 입력

 Error: Conflicting lattice and cell groups
  --> struc.coord:37:1-5
   |
35 | $lattice angs
   | -------- lattice first defined here
   :
37 | $cell angs
   | ^^^^^ conflicting cell group
   |

입력에서 문제가되는 부분을 쉽게 수정할 수 있도록 오류 메시지를 표시 할 때 가능한 한 많은 정보를 유지하려고합니다.