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뇌

Brainways는 무엇입니까?

Brainways는 관상 슬라이스의 형광을 기반으로 자동 등록, 정량화 및 뇌 전체 활동 네트워크 생성을위한 AI 기반 도구입니다.

Brainways ui

왜 Brainways?

교각 슬라이스 등록, 세포 정량화 및 실험 조건 사이의 전체 뇌 대비 분석은 프로그래밍 경험이 필요하지 않고 단일 소프트웨어에서 쉽게 액세스 할 수 있어야합니다. 매우 유연한 Pythonic 백엔드를 사용하여 사용자 정의를 쉽게 만들어야합니다.

시작하기

Brainways를 설치하고 실행하려면 파이썬 환경에서 다음을 실행하십시오.

pip install brainways
brainways ui

자세한 내용은 시작 가이드를 따르십시오.

작동 방식

Brainways는 몇 가지 간단한 단계를 수행하여 사용자가 등록, 정량화 및 통계 대비 분석을 제공 할 수 있습니다.

3D 아틀라스에 관상 슬라이스를 엄격하게 등록합니다.
획득 절차의 개별 차이와 결함을 설명하기 위해 3D 아틀라스로의 관상 슬라이스를 3D 아틀라스로 등록하지 않습니다.
세포 검출 (Stardist 사용).
뇌 영역 당 세포 수의 정량화.
통계 분석 :
- ANOVA 대비 분석.
- PLS (부분 최소 제곱) 분석.
- 네트워크 그래프 작성.

건축학

Brainways는 세 가지 모듈로 구현됩니다. brainways.ui 에는 GUI 구현이 Napari 플러그인으로 포함되어 있습니다. brainways.ui brainways 백엔드로 사용하고 있습니다. 모든 기능은 Brainways 패키지에서 구현됩니다. 이 분리는 Brainways가 GUI-AGNOSTIC 소프트웨어임을 보장하기 위해 수행되었으며, 맞춤형 복잡한 사용 시나리오를 허용하기 위해 Python 코드를 통해 완전히 액세스하고 조작 할 수 있습니다. 자동 등록 모델을 교육, 평가 및 실행하는 데 사용 된 코드는 brainways-reg-model 에 있습니다.

개발 상태

Brainways는 이스라엘 텔 아비브 대학교 바르탈 랩의 벤 칸토르 (Ben Kantor)가 적극적으로 개발하고 있습니다. 우리의 릴리스는 여기에서 찾을 수 있습니다.

소환

Brainways를 사용하는 경우 Kantor와 Bartal (2023)을 인용하십시오.

 @article{kantor2023brainways,
  title={Brainways: An Open-Source AI-based Software For Registration and Analysis of Fluorescent   Markers on Coronal Brain Slices},
  author={Kantor, Ben and Ben-Ami Bartal, Inbal},
  journal={bioRxiv},
  pages={2023--05},
  year={2023},
  publisher={Cold Spring Harbor Laboratory}
}