metadados do conjunto de dados de glaucoma

Novas atualizações

• 03/08/24: Um novo resumo está disponível ao público, introduzindo uma nova abordagem para detecção de glaucoma: Avaliação da Vasculatura Retiniana para Detecção de Glaucoma: Uma Análise Comparativa da Experiência Humana e Algoritmos de Aprendizagem Profunda.
• 15/05/24: A pasta de código EyePACS-light-V2 no Kaggle tem um novo modelo PyTorch para configuração rápida e fácil de detecção de glaucoma. Este modelo usa o leve MobileNetV3 e alcançou uma precisão de teste de 92,6%: https://www.kaggle.com/code/deathtrooper/pytorch-easy-setup-for-glaucoma-detection-92-6
• 09/03/24: EyePACS-light-V2 agora tem uma pontuação de usabilidade Kaggle de 10,0: arquivo metadata.csv suplementar adicionado ao conjunto de dados.
• 20/01/24: A visão geral de alto nível do pré-processamento EyePACS-light-V2 agora está disponível no link do conjunto de dados Kaggle na seção sobre (role até o fim) se você estiver curioso para saber como o conjunto de dados foi derivado
• 28/12/23: Referência de precisão de teste EyePACS-light-V2 de 94,94% usando ConvNeXtTiny: https://www.kaggle.com/code/deathtrooper/benchmark-94-94-convnexttiny
• 12/12/23: EyePACS-light-V2 está AQUI!!! Seja o primeiro a avaliar seu modelo com este conjunto de dados aprimorado! Baixe do kaggle: https://www.kaggle.com/datasets/deathtrooper/glaucoma-dataset-eyepacs-airogs-light-v2/data

Nota de citação

Se você achou este catálogo útil, considere citar o seguinte:

• Riley Kiefer, Muhammad Abid, Jessica Steen, Mahsa Raeisi Ardali e Ehsan Amjadian. 2023. Um Catálogo de Conjuntos de Dados Públicos de Glaucoma para Aplicações de Aprendizado de Máquina: Uma descrição detalhada e análise de conjuntos de dados públicos de glaucoma disponíveis para engenheiros de aprendizado de máquina que abordam problemas relacionados ao glaucoma usando imagens de fundo de retina e imagens de OCT. Nos Anais da 7ª Conferência Internacional sobre Sistemas de Informação e Mineração de Dados de 2023 (ICISDM '23). Association for Computing Machinery, Nova York, NY, EUA, 24–31. https://doi.org/10.1145/3603765.3603779

Catálogo público de conjuntos de dados sobre glaucoma

[Ajude a expandir este repositório fornecendo links/publicações para novos conjuntos de dados de glaucoma!]

Índice do repositório

• README.md: Visão geral do glaucoma, pesquisas relevantes e links de acesso ao conjunto de dados
• benchmark-eyepacs-airogs-light.md : Tabela de classificação para a avaliação do conjunto de teste usando os conjuntos train/val do conjunto de dados EyePACS-AIROGS-light
• summary.md: divisão de classes do conjunto de dados, tipos de imagens e tipos de glaucoma
• data-availability.md: imagem do conjunto de dados e disponibilidade de segmentação.
• origin.md: origem da coleta do conjunto de dados e anos de coleta.

Visão geral do glaucoma

De acordo com a AAO, “o glaucoma é uma doença que danifica o nervo óptico do olho. Geralmente acontece quando o líquido se acumula na parte frontal do olho. Esse líquido extra aumenta a pressão no olho, danificando o nervo óptico”. É uma das principais causas de cegueira e piora com o tempo se não for tratada. Os optometristas diagnosticam o glaucoma por meio de imagens de fundo de olho (uma imagem 2D do olho) ou imagens de tomografia de coerência ocular (OCT) (uma imagem 3D do olho). Nas imagens do fundo de olho, os optometristas normalmente procuram danos no copo óptico ou no disco óptico. Nas imagens de OCT, os optometristas normalmente procuram atrofia da camada. Para automatizar a detecção de glaucoma, os conjuntos de dados são selecionados para aprendizado de máquina. Os conjuntos de dados de imagens de fundo são normalmente projetados para classificação de glaucoma para distinguir pessoas saudáveis ​​para glaucoma ou para segmentação da cabeça do nervo óptico para extrair e analisar danos em escavação ou disco. Conjuntos de dados de benchmark de alta qualidade, como EyePACS-AIROGS-light, têm conjuntos predeterminados de treinamento, validação e teste para reprodutibilidade.

Conjuntos de dados relevantes sobre glaucoma (por mim)

• SMDG-19 [Dataset], "Conjunto de dados multicanal padronizado para glaucoma, versão 19", https://www.kaggle.com/datasets/deathtrooper/multichannel-glaucoma-benchmark-dataset
• EyePACS-AIROGS-light-v1 [Conjunto de dados], "Inteligência artificial EyePACS para desafio robusto de triagem de glaucoma, versão leve 1", https://www.kaggle.com/datasets/deathtrooper/eyepacs-airogs-light
• EyePACS-AIROGS-light-v2 [Dataset], "EyePACS Artificial Intelligence for Robust Glaucoma Screening Challenge, Lightweight Version 2", https://www.kaggle.com/datasets/deathtrooper/glaucoma-dataset-eyepacs-airogs-light- v2

Pesquisa relevante sobre glaucoma (por mim)

• ARVO 2024 [Resumo], "Avaliação da Vasculatura Retiniana para Detecção de Glaucoma: Uma Análise Comparativa da Experiência Humana e Algoritmos de Aprendizagem Profunda", https://iovs.arvojournals.org/article.aspx?articleid=2794846
• AAO 2022 [Resumo], "Uma pesquisa abrangente de conjuntos de dados de glaucoma disponíveis publicamente para detecção automatizada de glaucoma", https://aaopt.org/past-meeting-abstract-archives/?SortBy=ArticleYear&ArticleType=&ArticleYear=2022&Title=&Abstract=&Authors= &Afiliação=&PROGRAMNUMBER=225129
• AAO 2023 [Resumo], "O poder preditivo dos vasos sanguíneos do fundo na detecção de glaucoma", aceito como apresentação para AAO 2023
• AAO 2023 [Resumo], "EyePACS-light: A Lightweight Balanced Dataset for Automated Glaucoma Classification Modeling", aceito como pôster para AAO 2023
• ARVO 2023 [Resumo], "Validação da verdade básica de conjuntos de dados disponíveis publicamente utilizados em modelos de inteligência artificial para detecção de glaucoma", https://iovs.arvojournals.org/article.aspx?articleid=2791017
• ARVO 2023 [Resumo], "Conjunto de dados de glaucoma padronizado e de acesso aberto para aplicações de inteligência artificial", https://iovs.arvojournals.org/article.aspx?articleid=2790420
• IEEE-IEMCOM 2022 [artigo completo], "Uma pesquisa de algoritmos de detecção de glaucoma usando imagens de fundo e OCT", https://ieeexplore.ieee.org/abstract/document/9946629
• IEEE-ICIVC 2023 [artigo completo], "Padronização automatizada de imagens de fundo de olho usando um algoritmo dinâmico de limite de primeiro plano global", https://ieeexplore.ieee.org/abstract/document/10270429
• ICISDM 2023 [artigo completo], "Um catálogo de conjuntos de dados públicos de glaucoma para aplicações de aprendizado de máquina", https://dl.acm.org/doi/abs/10.1145/3603765.3603779

Dados de exemplo

Drishti-GS	G1020	Luz ORIGA	REFÚGIO1-VAL	PÁPILA

Use siglas de casos

• Classificação
  • BGC = Classificação Binária de Glaucoma (saudável vs. glaucoma ou não-glaucoma vs. glaucoma)
  • MGC = Classificação Multi Glaucoma (pelo menos 2 tipos de glaucoma, incluindo suspeito)
• Segmentação
  • ODS = Segmentação de disco óptico
  • OCS = Segmentação de copo óptico
  • BVS = Segmentação dos vasos sanguíneos
  • OLS = Segmentação da camada OCT
  • RNFLS = Segmentação da camada de fibras nervosas da retina
• Outro
  • LT = Tarefa de localização
  • IQA = Avaliação de qualidade de imagem
  • MIDI = Entrada de domínio de múltiplas imagens
  • CDR = Estimativa da relação copo-disco
  • N = Entalhe
  • VF = Informação/Segmentação do Campo Visual

Conjuntos de dados públicos de imagens de glaucoma

Conjunto de dados	Link de acesso	Acessibilidade	Etiquetas de glaucoma?	Caso de uso
ACRIMA	https://figshare.com/s/c2d31f850af14c5b5232	abrir	S	BGC
IDADE	https://age.grand-challenge.org/Download/	registro	S	MGC, LT
BEH (Hospital de Olhos de Bangladesh)	https://github.com/mirtanvirislam/Deep-Learning-Based-Glaucoma-Detection-with-Cropped-Optic-Cup-and-Disc-and-Blood-Vessel-Segmentation/tree/master/Dataset	abrir	S	BGC
BIOMISA	https://data.mendeley.com/datasets/2rnnz5nz74/2	abrir	S	MGC, BGC, MIDI, OLS, CDR
Chaksu-IMAGEM	https://doi.org/10.6084/m9.figshare.20123135	abrir	S	BGC
CRFO-v4	https://data.mendeley.com/datasets/trghs22fpg/4	abrir	S	BGC, MDI, ODS, OCS
DR-HAGIS	https://personalpages.manchester.ac.uk/staff/niall.p.mcloughlin/	abrir	S	BGC, BVS
DRIONS-DB	https://www.researchgate.net/publication/326460478_Glaucoma_dataset_-_DRIONS-DB	abrir	N	ODS
DRISHTI-GS1	https://cvit.iiit.ac.in/projects/mip/drishti-gs/mip-dataset2/Home.php	abrir	S	BGC, ODS, OCS, CDR, N
EyePACS-AIROGS	https://airogs.grand-challenge.org/data-and-challenge/	abrir	S	BGC, IQA
EyePACS-AIROGS-light (v1)	https://www.kaggle.com/datasets/deathtrooper/eyepacs-airogs-light	registro	S	BGC
EyePACS-AIROGS-light (v2)	https://www.kaggle.com/datasets/deathtrooper/glaucoma-dataset-eyepacs-airogs-light-v2	registro	S	BGC
CINCO	https://figshare.com/articles/figure/FIVES_A_Fundus_Image_Dataset_for_AI-based_Vessel_Segmentation/19688169/1	abrir	S	BGC, BVS
G1020	https://www.kaggle.com/datasets/arnavjain1/glaucoma-datasets	registro	S	BGC, ODS, OCS
GAMA	https://gamma.grand-challenge.org/	registro	S	BGC?, ODS, OCS, OLS?, LT, MIDI
METAS	https://ichallenges.grand-challenge.org/iChallenge-GON3/	registro	S	BGC, OLS
UVA	https://springernature.figshare.com/collections/GRAPE_A_multi-modal_glaucoma_dataset_of_follow-up_visual_field_and_fundus_images_for_glaucoma_management/6406319/1	abrir	S	MGC, VF
Harvard-GF	https://ophai.hms.harvard.edu/datasets/harvard-glaucoma-fairness-3300-samples/	solicitar	N	BGC, VF, RNFLS, MIDI
HRF	https://www5.cs.fau.de/research/data/fundus-images/	abrir	S
Teste INSPIRE-AVR	https://medicine.uiowa.edu/eye/inspire-datasets	abrir	N
INSPIRAR-ESTÉREO	https://medicine.uiowa.edu/eye/inspire-datasets	abrir	N
JSIEC-1000	https://www.kaggle.com/datasets/linchundan/fundusimage1000	registro	S
KEH (Hospital de Olhos de Kim)	https://dataverse.harvard.edu/dataset.xhtml?persistentId=doi:10.7910/DVN/1YRRAC	abrir	S
LAG	https://github.com/smilell/AG-CNN	solicitar	S
LES-AV	https://figshare.com/articles/dataset/LES-AV_dataset/11857698/1	abrir	S
Lovaina-Haifa HRF	https://rdr.kuleuven.be/dataset.xhtml?persistentId=doi:10.48804/Z7SHGO	solicitar	S	MGC, BVS
MSF	https://www.nature.com/articles/s41597-023-02188-x#ref-CR17	abrir	S	BGC, IQA
OCTV	https://zenodo.org/record/1481223#.Y20g3XbMIuV	abrir	S
OIA-ODIR	https://www.kaggle.com/datasets/andrewmvd/ocular-disease-recognition-odir5k	registro	S
ONHSD	https://aldiri.info/Image%20Datasets/ONHSD.aspx	inacessível	S
Luz ORIGA	https://www.kaggle.com/datasets/sshikamaru/glaucoma-detection	registro	S
PAPILA	https://doi.org/10.6084/m9.figshare.14798004.v1	abrir	S
REFÚGIO1	https://refuge.grand-challenge.org/REFUGE2Download/	registro	S
REFÚGIO2	https://refuge.grand-challenge.org/REFUGE2Download/	registro	S
RIGA-BIN-RUSHED	https://deepblue.lib.umich.edu/data/concern/data_sets/3b591905z	abrir	N
RIGA-MAGRABI	https://deepblue.lib.umich.edu/data/concern/data_sets/3b591905z	abrir	N
RIGA-MESSIDOR	https://deepblue.lib.umich.edu/data/concern/data_sets/3b591905z	abrir	N
RIM-ONE-r1	http://medimrg.webs.ull.es/research/retinal-imaging/rim-one/	abrir	S
RIM-ONE-r2	http://medimrg.webs.ull.es/research/retinal-imaging/rim-one/	abrir	S
RIM-ONE-r3	http://medimrg.webs.ull.es/research/retinal-imaging/rim-one/	abrir	S
RIM-ONE-DL	http://medimrg.webs.ull.es/research/retinal-imaging/rim-one/	abrir	S
SIGF	https://github.com/XiaofeiWang2018/DeepGF	solicitar	S
ODM	https://www.kaggle.com/datasets/deathtrooper/multichannel-glaucoma-benchmark-dataset	registro	S
sjchoi86-HRF	https://github.com/yiweichen04/retina_dataset	abrir	S
VEIRC	https://github.com/ProfMKD/Glaucoma-dataset	abrir	S