Banco de dados RaMP
v2.3.3
RaMP 3.0 foi lançado e inclui um banco de dados de back-end atualizado com anotações expandidas para> 200.000 metabólitos e aproximadamente 16.000 genes/proteínas. As anotações incluem caminhos biológicos, classes e estruturas químicas (somente para metabólitos), ontologias (somente metabólitos) e relações enzima-metabólito baseadas em reações químicas. As anotações são extraídas do banco de dados de reação HMDB, KEGG (através de HMDB), Lipid-MAPS, WikiPathways, Reactome, CheBI e Rhea.
Este pacote R inclui funções que permitem aos usuários interagir com este recurso abrangente e atualizado. As funcionalidades incluem 1) consultas simples e em lote para caminhos, ontologias, anotações químicas e relações gene-metabólito em nível de reação; 2) análises de vias e enriquecimento químico.
O código usado para construir o banco de dados backend RaMP está disponível gratuitamente em https://github.com/ncats/RaMP-Backend.
Clique aqui para ver nosso manuscrito mais recente.
Nossa nova interface web renovada pode ser encontrada em https://rampdb.nih.gov/. O código está disponível publicamente em https://github.com/ncats/RaMP-Client/.
O acesso à API agora está disponível aqui.
O objetivo do RaMP é fornecer um banco de dados disponível publicamente que integre metabólitos e genes/proteínas biológicos, químicos e outros de múltiplas fontes. A estrutura e os dados do banco de dados estão disponíveis como um arquivo de banco de dados SQLite e são baixados diretamente ao usar o pacote RaMP. Consulte as instruções de instalação para obter mais informações. Observe que este projeto está em desenvolvimento contínuo e agradecemos qualquer feedback.
Para qualquer dúvida ou feedback, envie-nos uma mensagem para [email protected].
Se você encontrar um bug, envie um problema por meio deste repositório GitHub.
Os pacotes R e o aplicativo associado realizam as seguintes consultas:
1. Retrieve analytes (genes, proteins, metabolites) given pathway(s) as input.
2. Retrieve pathway annotations given analytes as input.
3. Retrieve chemical annotations/structures given metabolites as input.
4. Retrieve analytes involved in the same reaction (e.g. enzymes catalyzing reactions involving input metabolites)
5. Retrieve ontologies (e.g. biospecimen location, disease, etc.) given input meteabolites.
6. Retrieve reactions associated with a list of metabolite and gene/protein input ids.
7. Multi-omic pathway enrichment analysis
8. Chemical enrichment analyses
Instruções detalhadas para instalar o RaMP localmente estão abaixo. Também elaboramos uma vinheta para você começar as análises. Clique aqui para vinheta.
Se você usa RaMP-DB, cite o seguinte trabalho:
Braisted J, Patt A, Tindall C, Sheils T, Neyra J, Spencer K, Eicher T, Mathé EA. RaMP-DB 2.0: uma base de conhecimento renovada para obter informações biológicas e químicas de metabólitos, proteínas e genes. Bioinformática. 1º de janeiro de 2023;39(1):btac726. doi: 10.1093/bioinformática/btac726. PMID: 36373969; PMCID: PMC9825745. Para acessar, clique aqui
Zhang, B., et al., RaMP: Um banco de dados relacional abrangente de vias metabolômicas para análise de enriquecimento de vias de genes e metabólitos. Metabólitos, 2018. 8(1). PMID: 29470400; PMCID: PMC5876005; DOI: 10.3390/metabo8010016 Para acessar, clique aqui
Para usar este pacote R localmente, você precisará instalar o código R neste repositório.
Nota especial: Há incompatibilidade (relatada aqui: https://stat.ethz.ch/pipermail/bioc-devel/2023-October/020003.html) entre a versão do BiocFileCache instalada usando BiocManager (2.8.0) e a versão real versão mais recente (2.10.1). Este último é necessário para ser compatível com outras dependências do RaMP-DB. Para instalar a versão mais recente, você precisará baixar o arquivo fonte do Bioconductor (https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/BiocFileCache.html) e instalar usando a função install.packages(). Para um Mac, fica assim:
install.packages("/Users/mathee/Downloads/BiocFileCache_2.10.1.tgz")
Você pode instalar este pacote diretamente do GitHub usando a função install_github() disponível no pacote devtools. No console R, digite o seguinte:
# Locally install RaMP
install.packages( " devtools " )
library( devtools )
install_github( " ncats/RAMP-DB " )
# Load the package
library( RaMP )
# initializes the RaMP database object, downloading and caching the latest SQLite database
# if no version already exists in local cache.
rampDB <- RaMP()
# note that you can use the following method to check database versions hosted in your
# computer's local cache and databases that are available to download in our remote repository.
RaMP :: listAvailableRaMPDbVersions()
# using that list of available RaMP DB versions, one can specify the database version to use
# if the selected version is not available on your computer, but is in our remote repository at GitHub,
# the SQLite DB file will be automatically downloaded into local file cache.
# RaMP is using the BiocFileCache package to manage a local file cache.
rampDB <- RaMP( version = " 2.5.4 " )
Quando IDs de genes ou metabólitos são inseridos para consultas, os IDs devem ser anexados ao banco de dados de origem, por exemplo, kegg:C02712, hmdb:HMDB04824 ou CAS:2566-39-4. A lista de IDs de metabólitos ou genes/proteínas pode ser de origem mista. Lembre-se de incluir dois pontos no prefixo. Os prefixos de id atualmente incluídos no RaMP são:
| Tipo de analito | Tipos de prefixo de ID |
|---|---|
| Metabólitos | hmdb, pubchem, chebi, chemspider, kegg, CAS, LIPIDMAPS, swisslipids, lipidbank, wikidata, plantfa, kegg_glycan |
| Genes/Proteínas | conjunto, entrez, gene_symbol, uniprot, hmdb, ncbiprotein, EN, wikidata, chebi |
As seguintes funções RaMP podem ser usadas para listar todos os tipos de prefixo de ID representados.
rampDB <- RaMP()
RaMP::getPrefixesFromAnalytes(db = rampDB, analyteType = 'metabolite')
RaMP::getPrefixesFromAnalytes(db = rampDB, analyteType = 'gene')
