download tower cli - download do código-fonte tower cli

tower cli

Outro código-fonte

v0.10.3

Baixar

tw CLI

tw é a plataforma Seqera na linha de comando. Ele traz conceitos do Seqera como pipelines, ações e ambientes de computação para o terminal.

A plataforma Seqera é um aplicativo full-stack para gerenciamento de pipelines de dados e recursos de computação. Ele permite a análise colaborativa de dados em escala, no local ou em qualquer nuvem.

A CLI interage com o Seqera para fornecer uma interface para lançar pipelines, gerenciar recursos de nuvem e administrar sua análise.

dois

Os principais recursos são:

Uma experiência semelhante ao Nextflow : tw CLI fornece um ambiente amigável ao desenvolvedor. Pipelines podem ser lançados com a CLI de forma semelhante ao Nextflow, mas com os benefícios do Seqera de monitoramento, registro, provisionamento de recursos, gerenciamento de conjunto de dados e compartilhamento colaborativo.
Infraestrutura como código : todos os recursos do Seqera, incluindo pipelines e ambientes de computação, podem ser descritos de forma declarativa. Isso permite uma definição completa de um ambiente de análise que pode ser versionado e tratado como código. Simplifica muito o compartilhamento de configuração e a administração de rotina.
Construído em OpenAPI : tw CLI interage com Seqera por meio da API da plataforma Seqera que usa a especificação OpenAPI 3.0. A CLI fornece controle total do aplicativo Seqera, permitindo que os usuários obtenham o máximo de insights sobre envios de pipeline e ambientes de execução.

Consulte a documentação da Plataforma Seqera para saber mais sobre o aplicativo.

Disponibilidade

tw CLI pode ser instalado em macOS, Windows e Linux.

É compatível com Seqera Cloud e Enterprise versões 21.08 e posteriores.

Começando

Este guia aborda a instalação e configuração da CLI, o provisionamento de infraestrutura em nuvem e o lançamento de pipelines em um ambiente de computação do AWS Batch.

1. Instalação

Baixe a versão mais recente para o seu sistema operacional nos ativos da página de lançamentos.
Renomeie e torne o arquivo executável:
```
mv tw- * tw
chmod +x ./tw
```
Mova o arquivo para um diretório acessível à sua variável $PATH :
```
sudo mv tw /usr/local/bin/
```

2. Configuração

Você precisa de um token de acesso para que a CLI interaja com sua instância do Seqera. Selecione Tokens de usuário no menu do usuário na IU do Seqera e selecione Adicionar token para criar um novo token.

Copie o valor do token de acesso e use-o com a CLI de uma destas duas maneiras:

Variável de ambiente :
1. Exporte o token como uma variável shell diretamente para o seu terminal:
```
 export TOWER_ACCESS_TOKEN= < your access token >
```
2. Adicione o comando export ao seu arquivo .bashrc , .zshrc ou .bash_profile para que ele seja adicionado permanentemente ao seu ambiente.
sinalizador de comando tw :
Forneça o token de acesso diretamente em seu comando tw com --access-token :
```
tw --access-token= < your access token > < other options >
```

Se necessário, configure as seguintes variáveis de ambiente não obrigatórias usando os mesmos métodos acima:

TOWER_WORKSPACE_ID : ID do espaço de trabalho. Padrão: o espaço de trabalho do usuário.
TOWER_API_ENDPOINT : URL da API Seqera. Padrão: api.cloud.seqera.io .

Você pode encontrar seu TOWER_WORKSPACE_ID na guia Espaços de trabalho na página da sua organização. Alternativamente, você pode listar todos os espaços de trabalho que seu token pode acessar com tw workspaces list e copiar o ID do espaço de trabalho da saída do comando.

3. Exame de saúde

Confirme a instalação, configuração e conexão:

$ tw info

    System health status
    ---------------------------------------+------------------
     Remote API server connection check    | OK
     Tower API version check               | OK
     Authentication API credential's token | OK

`tw` comandos CLI

Consulte Uso para obter instruções detalhadas sobre como usar a CLI.

Preenchimento automático

Ative o preenchimento automático na sua sessão atual com este comando:

 source <( tw generate-completion )

Armazenamento de autoridade de certificado SSL personalizado

Se você estiver usando um certificado SSL de CA privada não reconhecido pelas autoridades de certificação Java padrão, use um armazenamento cacerts customizado:

tw -Djavax.net.ssl.trustStore=/absolute/path/to/cacerts info

Você pode renomear o binário para tw-binary e criar um script tw para incluir automaticamente o armazenamento cacerts personalizado em cada sessão:

 #! /usr/bin/env bash
tw-binary -Djavax.net.ssl.trustStore=/absolute/path/to/cacerts $@

Crie versões binárias de desenvolvimento

tw CLI é um executável binário de plataforma criado por uma compilação nativa do Java GraalVM. Para compilar e construir uma versão de desenvolvimento do binário:

Se necessário, instale o SDKMan!
Na raiz do projeto tower-cli, instale o GraalVM:
```
sdk env install
```
Isso garante que o SDKMan use a configuração .sdkmanrc específica do projeto tower-cli.
Instale native-image :
```
gu install native-image
```
Exporte suas credenciais do Github. O Github requer autenticação para pacotes públicos (o token requer apenas o escopo read:packages ):
```
 export GITHUB_USERNAME=...
export GITHUB_TOKEN=...
```

Crie o cliente nativo:

./gradlew nativeCompile

Isso instalará uma versão compilada localmente do tw no diretório nativeCompile:

 Produced artifacts:
 <tower-cli-repository-root>/build/native/nativeCompile/tw (executable)
========================================================================================================================
Finished generating 'tw' in 1m 6s.
[native-image-plugin] Native Image written to: <tower-cli-repository-root>/build/native/nativeCompile

BUILD SUCCESSFUL in 1m 8s
6 actionable tasks: 2 executed, 4 up-to-date