omaat
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OpenMSI Arrayed Analysis Toolkit (OMAAT) é um novo pacote de software para analisar amostras espacialmente definidas em imagens de espectrometria de massa (MSI). Anteriormente, os pesquisadores analisavam os dados manualmente ou contavam com algoritmos de computador especializados para análises em larga escala baseadas na região de interesse. Ao usar um notebook Jupyter, o OMAAT se torna facilmente acessível para qualquer pessoa sem experiência em programação e torna simples a localização e integração de picos e em amostras espacialmente definidas em conjuntos de dados MSI. Em combinação com o OpenMSI, é criada uma plataforma poderosa para armazenar, compartilhar e analisar dados MSI espacialmente definidos e promove o uso do MSI para analisar grandes conjuntos de amostras organizadas. Esta nova capacidade permitirá grandemente o uso de imagens de espectrometria de massa por ionização e dessorção a laser como uma modalidade para análise biomolecular de alto rendimento.
OMAAT é escrito como um módulo Python e testado primariamente usando a distribuição Anaconda Python. Para reproduzir exatamente nosso ambiente de teste, veja a distribuição e os pacotes aqui e aqui.
O Anaconda vem com muitos pacotes python úteis para análise de dados. Se você já possui o Anaconda, certifique-se de que seus pacotes estejam atualizados. OMAAT requer Jupyter versão 4.1+ e python versão 2.7+ ou 3.2+. Recomendamos usar a distribuição Anaconda de python disponível aqui: https://www.continuum.io/downloads.
Além da instalação básica do anaconda, você precisará instalar o pacote python, “futuro”. Com o anaconda isso é feito usando o gerenciador de pacotes conda.
conda install future
Os widgets neste notebook requerem o pacote widgetsnbextension. Isso pode ser instalado através de:
conda install widgetsnbextension
jupyter nbextension enable --py --sys-prefix widgetsnbextension
O código OMAAT pode ser obtido na linha de comando por:
git clone https://github.com/biorack/OpenMSI_Arrayed_Analysis_Tools.git
ou baixando e descompactando o arquivo zip do repositório aqui: https://github.com/biorack/OpenMSI_Arrayed_Analysis_Tools/archive/master.zip
Para iniciar o notebook a partir de um terminal, mude para o diretório do código OMAAT. E digite
jupyter notebook
Ou inicie o notebook usando a ferramenta gráfica Launcher do anaconda.
Os pacotes Python estão sendo constantemente atualizados. Entre em contato conosco colocando um ticket aqui no github se tiver algum problema ao usar ou instalar o omaat.
O teste é realizado usando Travis-CI. Para reproduzir um ambiente python semelhante ao nosso teste no diretório omaat, use:
>conda create -n omaat_python3 python=3.5 pytest pip numpy scipy jupyter matplotlib pandas
# or
>conda create -n omaat_python2 python=2.7 future pytest pip numpy scipy jupyter matplotlib pandas
>source activate omaat_python3
# or
>source activate omaat_python2
>python setup.py install
>pytest test/test_all.py
*Markus de Raad, Tristan de Rond, Oliver Rübe, Jay D. Keasling, Trent R. Northen e Benjamin P. Bowen, "OpenMSI Arrayed Analysis Toolkit: Analisando amostras espacialmente definidas usando imagens de espectrometria de massa" Anal. Química, 2017, 89 (11), pp 5818–5823 DOI: 10.1021/acs.analchem.6b05004
O formato de dados para armazenamento de dados MSI é descrito na seguinte publicação:
Oliver Rübel, Annette Greiner, Shreyas Cholia, Katherine Louie, E. Wes Bethel, Trent R. Northen e Benjamin P. Bowen, "OpenMSI: Uma plataforma baseada na Web de alto desempenho para imagens de espectrometria de massa" Analytical Chemistry 2013 85 (21 ), 10354-10361, DOI: 10.1021/ac402540a. [BibTeX][Online na ACS]
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