congas

Copiar genotipagem numérica do sequenciamento de scRNA

Um conjunto de modelos e funções Pyro para inferir CNA a partir de dados scRNA-seq. Ele vem com um pacote R complementar que funciona como interface e fornece rotinas de pré-processamento, simulação e visualização. Sugerimos usar o pacote R diretamente, pois ele serve principalmente como backend para cálculos.

Atualmente fornecendo:

• Um modelo de mistura em segmentos onde CNV são modelados como variável aleatória LogNormal (MixtureGaussian)

• Um modelo de mistura em segmentos onde CNV são modelados como variável aleatória categórica (MixtureCategorical)

• Um Hmm simples onde as CNVs são novamente categóricas, mas não há agrupamento (SimpleHmm)

Para instalar:

$ pip install congas-old

Para executar uma análise simples nos dados de exemplo

 importar congas como cnfrom congas.models importar MixtureGaussiandata_dict = cn.simulation_dataparams, perda = cn.run_análise(data_dict,MixtureGaussian, passos=200, lr=0,05)