straw

Straw: transmita dados rapidamente de arquivos .hic

Straw é uma biblioteca que permite streaming rápido de dados de contato de arquivos .hic. Este repositório contém código-fonte para as versões C++, R, Python e MATLAB do Straw.

• Para a versão Java, consulte: https://github.com/aidenlab/java-straw/
• Para a versão Javascript, consulte: https://github.com/igvteam/hic-straw/

Existem duas versões do Python - uma versão Python pura e outra que envolve o código C++ com pybind11. A versão anterior foi descontinuada em favor do uso da versão pybind11, que é muito mais rápida.

• Para fins de arquivamento, a versão python pura foi movida para: https://github.com/aidenlab/pystraw

Um exemplo de notebook Jupyter usando canudo pode ser encontrado aqui: https://aidenlab.gitbook.io/juicebox/accessing-raw-data

Instale palha para python

Use pip install hic-straw . Se quiser construir a partir do código-fonte, você deve ter o pybind11 instalado. Clone a biblioteca e cd no diretório straw/ . Então pip install ./pybind11_python .

Compilar palha para C++

g++ -std=c++0x -o straw main.cpp straw.cpp -lcurl -lz

Você deve ter o cURL instalado. Por favor, consulte o wiki para obter mais documentação.

Em caso de dúvidas, use o Grupo do Google.

O trabalho de desenvolvimento contínuo é realizado por Muhammad S. Shamim. Colaboradores anteriores incluem Neva C. Durand e muitos outros.

Se você utiliza esta ferramenta em seu trabalho, cite

Neva C. Durand, James T. Robinson, Muhammad S. Shamim, Ido Machol, Jill P. Mesirov, Eric S. Lander e Erez Lieberman Aiden. "Juicebox fornece um sistema de visualização para mapas de contato Hi-C com zoom ilimitado." Sistemas Celulares 3(1), 2016.