RAPD
NB - Este projeto está em desenvolvimento e é de última geração. O código deve estabilizar significativamente em junho de 2021.
Um pacote para solução automatizada de indexação, estratégia, integração, análise e estrutura de dados cristalográficos macromoleculares.
Atualmente estamos desenvolvendo recursos para a linha de comando e adicionando detectores ao software.
Comandos atuais:
- analisar - analisa um conjunto de dados MX e executa pdbquery
- get_cif - obtém um arquivo CIF do PDB por código de 4 caracteres
- get_pdb - obtém um arquivo PDB do PDB por código de 4 caracteres
- hdf5_to_cbf - converte arquivos hdf5 para CBF
- índice - indexa dados MX e calcula estratégias de coleta de dados
- integrar - integrar dados MX
- pdbquery - compare dados com estruturas de entrada, contaminantes comuns ou estruturas no PDB com parâmetros de célula unitária semelhantes
Comandos do desenvolvedor:
- gerar - cria novos arquivos de modelo RAPD
- print_detector - imprime informações do arquivo de imagem
- python - python CLI com importações RAPD completas disponíveis
- test - executor de teste para projeto RAPD
- version - imprime a versão atual do RAPD instalada
- xds_to_dict - transforma um XDS.INP em um dict python para incluir no arquivo detector RAPD
Detectores de site atuais suportados (mais estão por vir):
APS
- aps_gmca_dectris_eiger16m
- lscat_dectris_eiger9m
- lscat_rayonix_mx300
- necat_dectris_eiger16m
- necat_dectris_pilatus6mf
- sercat_rayonix_mx300hs
UCLA
Para obter instruções sobre instalação e configuração, consulte install/README.md
