электронная почта: [email protected]
Посетите нашу страницу загрузки готовых двоичных файлов.
Пожалуйста, проверьте файл CHANGES.md на предмет истории изменений.
Набор инструментов и SDK SRA от NCBI — это набор инструментов и библиотек для использования данных в архивах чтения последовательностей INSDC.
21 мая 2024 г .: набор инструментов SRA, выпуск 3.1.1.
Улучшены сообщения об ошибках предварительной выборки и информационные сообщения для пользователей.
Исправлены ошибки и предупреждения при сборке в Windows.
5 марта 2024 г .: набор инструментов SRA, выпуск 3.1.0.
Использование предварительной выборки --eliminate-quals теперь будет загружать данные SRA Lite или сообщать, что версия Lite недоступна.
Уменьшена частота глобальных таймаутов для пользователей облака.
vdb-validate сообщит об ошибке, если контрольные суммы данных (BLOB) отсутствуют.
Добавлена поддержка AlmaLinux.
Исправлено зависание на macOS и BSD.
19 декабря 2023 г .: выпуск набора инструментов SRA 3.0.10.
Исправлена ошибка использования JWT с некоторыми облачными хранилищами.
Добавлена поддержка сборки для процессоров Arm64.
29 августа 2023 г .: Набор инструментов SRA 3.0.7.
Обновлен vdb-config для улучшения интерфейса учетных данных AWS и их использования с помощью SRA Toolkit.
Исправлена ошибка в учетных данных AWS с предварительной выборкой.
Исправлена ошибка, приводившая к появлению сообщений «ссылка не найдена» для ссылочных последовательностей, хранящихся в цикле.
10 июля 2023 г .: Набор инструментов SRA 3.0.6.
Предварительная выборка теперь поддерживает новейшие токены доступа GCP.
Исправлена ошибка в vdb-config для пользователей Windows.
Чтобы обеспечить вывод технических данных, fastq-dump теперь автоматически переключается в режим --split-files, если используется опция --include-technical.
9 мая 2023 г .: Набор инструментов SRA 3.0.5.
Добавлена поддержка PacBio для fastq-dump.
Добавлены возможности вывода ссылочных последовательностей в fastq-dump.
Исправлена ошибка доступа к данным dbGaP при использовании файлов ngc.
3 января 2023 г .: Набор инструментов SRA 3.0.3.
Исправлена регрессия в sra-stat.
12 декабря 2022 г .: Набор инструментов SRA 3.0.2.
Исправлена ошибка «недостаточно буфера при преобразовании строки в текстовом модуле» для предварительной выборки на Mac.
15 ноября 2022 г .: Набор инструментов SRA 3.0.1.
Удалено интерактивное требование для настройки SRA Toolkit.
Изменения в структуре репозитория:
Чтобы лучше обслуживать разрозненные группы пользователей, каталог инструментов/ репозитория sra-tools разделен на несколько подкаталогов:
external/ — инструменты, входящие в состав sra-toolkit конечного пользователя. Это инструменты, которые устанавливаются на компьютер пользователя набора инструментов. Это цель make по умолчанию
внутренний/ - инструменты, ориентированные на разработчиков инструментария и внутренних пользователей NCBI.
loaders/ — инструменты, используемые в конвейерах загрузки архивов, такие как NCBI SRA.
test-tools/ — инструменты, используемые при внутреннем NCBI-тестировании набора инструментов.
Команда make по умолчанию теперь будет собирать только внешние инструменты. Чтобы создать другие категории инструментов, используйте эти цели/флаги:
«сделать все» — для сборки всего, включая тестовые проекты (находятся в sra-tools/test/)
'make BUILD_TOOLS_INTERNAL=ON' — для сборки внешних и внутренних инструментов.
'make BUILD_TOOLS_LOADERS=ON' — для сборки внешних инструментов и загрузчиков.
'make BUILD_TOOLS_TEST_TOOLS=ON' — для сборки внешних инструментов и инструментов тестирования.
'make TOOLS_ONLY=ON' — пропустить сборку тестовых проектов.
Показанные выше флаги сборки можно комбинировать в одной командной строке, например, make BUILD_TOOLS_LOADERS=ON BUILD_TOOLS_INTERNAL=ON TOOLS_ONLY=ON будет собирать все, кроме инструментов тестирования и тестовых проектов.
4 августа 2022 г .: Обновление безопасности
В связи с обновленной системой безопасности NCBI версии SRA Toolkit 2.9.6 и более ранних версий больше не смогут подключаться к службе определения местоположения данных NCBI. Мы советуем затронутым пользователям обновить набор инструментов SRA до последней версии.
10 февраля 2022 г .: Набор инструментов SRA 3.0.0.
SRA NCBI изменил систему сборки исходного кода, чтобы использовать CMake в выпуске набора инструментов 3.0.0. Это изменение является важным шагом для повышения производительности разработчиков, поскольку оно обеспечивает унифицированный межплатформенный доступ для поддержки нескольких систем сборки. Это изменение затрагивает разработчиков, создающих инструменты NCBI SRA из исходного кода. Старые файлы makefile и системы сборки больше не поддерживаются.
Это изменение также включает в себя структуру репозиториев GitHub, которые были объединены, чтобы обеспечить более простую среду для создания инструментов и библиотек (библиотеки и зависимости NGS объединены). Консолидация библиотек и зависимостей NGS обеспечивает лучшую изоляцию области использования и упрощает сборку.
нкби/нгс
Этот репозиторий заморожен. Вся будущая разработка будет осуществляться в репозитории GitHub ncbi/sra-tools (этот репозиторий) в подкаталоге ngs/ .
ncbi/ncbi-vdb
Система сборки этого проекта основана на CMake. Библиотеки, обеспечивающие доступ к данным SRA в формате VDB через NGS API, переехали в репозиторий GitHub ncbi/sra-tools.
| Старый (базовый URL: https://github.com/ncbi/ncbi-vdb) | Новое (базовый URL: https://github.com/ncbi/sra-tools) |
|---|---|
libs/ngs | ngs/ncbi/ngs |
libs/ngs-c++ | ngs/ncbi/ngs-c++ |
libs/ngs-jni | ngs/ncbi/ngs-jni |
libs/ngs-py | ngs/ncbi/ngs-py |
libs/vdb-sqlite | libs/vdb-sqlite |
test/ngs-java | test/ngs-java |
test/ngs-python | test/ngs-python |
ncbi/sra-tools (Этот репозиторий)
Система сборки этого проекта основана на CMake. Проект приобрел некоторые новые компоненты, перечисленные в таблице выше.
25 октября 2021 г. Набор инструментов SRA 2.11.3:
исправлена ошибка в fastq-dump: параметры fasta и fasta-unsorted работают корректно.
7 октября 2021 г. Набор инструментов SRA 2.11.2:
Данные SRA теперь доступны либо с полными базовыми показателями качества (нормализованный формат SRA), либо с упрощенными показателями качества (SRA Lite), в зависимости от предпочтений пользователя. Оба формата могут передаваться по запросу в файлы одних и тех же типов (fastq, sam и т. д.), поэтому они оба совместимы с существующими рабочими процессами и приложениями, требующими высоких показателей качества. Однако формат SRA Lite намного меньше, что позволяет сократить объем хранилища и время передачи данных, что позволяет быстрее создавать дампы. Инструментарий SRA по умолчанию использует нормализованный формат SRA, который включает полные базовые показатели качества для каждой базы, но пользователи, которым не требуются полные базовые показатели качества для анализа, могут запросить версию SRA Lite, чтобы сэкономить время на передаче данных. Чтобы запросить данные SRA Lite при использовании набора инструментов SRA, установите параметр «Предпочитать файлы SRA Lite с упрощенными базовыми показателями качества» на главной странице конфигурации набора инструментов — это будет указывать инструментам предпочтительно использовать формат SRA Lite, когда он доступен ( для доступа к этой функции обязательно используйте набор инструментов версии 2.11.2 или более поздней). Оценки качества, полученные из файлов SRA Lite, будут одинаковыми для каждой базы в рамках данного чтения (качество = 30 или 3, в зависимости от того, установлен ли флаг фильтра чтения на «пройти» или «отклонить»). Данные в нормализованном формате SRA с полными базовыми показателями качества по-прежнему будут иметь расширение файла .sra, тогда как файлы SRA Lite будут иметь расширение файла .sralite. Для получения дополнительной информации посетите нашу страницу формата данных.
17 августа 2021 г.: Набор инструментов SRA 2.11.1.
15 марта 2021 г.: набор инструментов SRA 2.11.0.
16 декабря 2020 г.: Набор инструментов SRA 2.10.9.
29 июня 2020 г.: Набор инструментов SRA 2.10.8.
20 мая 2020 г.: Набор инструментов SRA 2.10.7.
18 мая 2020 г.: Набор инструментов SRA 2.10.6.
1 апреля 2020 г.: Набор инструментов SRA 2.10.5.
26 февраля 2020 г.: Набор инструментов SRA 2.10.4.
18 февраля 2020 г.: Набор инструментов SRA 2.10.3.
Версия 2.10.2 sra-tools обеспечивает доступ ко всем общедоступным и контролируемым ресурсам dbGaP SRA в средах AWS и GCP (только Linux для этой версии) . Исходный формат представления этого обширного архива и данные в формате SRA могут быть доступны и вычислены в этих облаках, что устраняет необходимость загрузки с NCBI FTP, а также повышает производительность.
Инструмент prefetch также извлекает исходные файлы отправки в дополнение к данным ETL для общедоступных данных и данных dbGaP с контролируемым доступом.
В выпуске 2.10.0 sra-tools мы добавили облачную работу для сред AWS и GCP (только для Linux в этом выпуске) для использования с общедоступным SRA. prefetch способна извлекать исходные файлы отправки в дополнение к данным ETL.
В выпуске sra-tools 2.9.1 мы наконец-то сделали доступным инструмент fasterq-dump — замену гораздо более старого инструмента fastq-dump . Как следует из названия, он работает быстрее и лучше подходит для крупномасштабного преобразования объектов SRA в файлы FASTQ, которые распространены на сайтах с достаточным дисковым пространством для временных файлов. fasterq-dump является многопоточным и выполняет массовые соединения таким образом, что повышает производительность по сравнению с fastq-dump , который выполняет соединения для каждой записи (и является однопоточным) .
fastq-dump по-прежнему поддерживается, поскольку он обрабатывает больше угловых случаев, чем fasterq-dump , но, вероятно, в будущем он станет устаревшим.
Вы можете получить дополнительную информацию о fasterq-dump в нашей Wiki по адресу https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/HowTo:-fasterq-dump.
Для получения дополнительной информации об использовании, настройке и создании набора инструментов посетите нашу вики или наш веб-сайт NCBI.
Команда разработчиков инструментария SRA
