пространственные данные Напари

napari-spatialdata: интерактивное исследование и аннотирование данных пространственной омики.

Этот репозиторий содержит плагин napari для интерактивного изучения и аннотирования объектов SpatialData. Здесь вы можете найти документацию napari-spatialdata. napari-spatialdata является частью экосистемы SpatialData . Чтобы узнать больше о SpatialData, обратитесь к документации по пространственным данным.

Установка

Вы можете установить napari-spatialdata через pip:

pip install napari-spatialdata[all]

Команда all установит привязки qt PyQt5 .

Более подробную информацию об этом вы можете найти в инструкции по установке.

Использование napari-spatialdata в качестве программы чтения zarr по умолчанию

Если вы хотите использовать плагин в качестве программы чтения zarr по умолчанию, в napari перейдите в File -> Preferences -> Plugins и следуйте инструкциям в разделе File extension readers .

Версия для разработки

Вы можете установить napari-spatialdata с Github с помощью:

pip install git+https://github.com/scverse/napari-spatialdata

Или вы также можете установить в редактируемом режиме после клонирования репозитория:

git clone https://github.com/scverse/napari-spatialdatacd napari-spatialdatapip install -e .

Примечание. При выполнении редактируемой установки napari-spatialdata spatialdata будут переустановлены из pip . Итак, если вы ранее также выполнили редактируемую установку spatialdata , вам необходимо повторно запустить pip install -e . в хранилище spatialdata . Более подробную информацию об этом вы найдете в инструкции по установке.

Начиная

Чтобы узнать, как использовать плагин napari-spatialdata , обратитесь к документации. Чтобы узнать, как интегрировать napari-spatialdata в рабочие процессы анализа, ознакомьтесь с учебными пособиями по SpatialData. В частности:

• Аннотирование областей интереса с помощью napari

• Используйте аннотации ориентиров для выравнивания нескольких слоев -omics

Содействие

Взносы очень приветствуются. Тесты можно проводить с помощью Tox. Прежде чем отправлять запрос на включение, убедитесь, что покрытие остается прежним.

Лицензия

Распространяемая на условиях лицензии BSD-3, «napari-spatialdata» является бесплатным программным обеспечением с открытым исходным кодом.

Проблемы

Если у вас возникнут какие-либо проблемы, пожалуйста, сообщите о проблеме вместе с подробным описанием.

Цитирование

Марконато Л., Палла Г., Ямаути К.А. и др. SpatialData: открытая и универсальная структура данных для пространственной омики. Методы Ната (2024). https://doi.org/10.1038/s41592-024-02212-x