iCount

iCount: анализ взаимодействия белка и РНК

iCount — это модуль Python и связанный с ним интерфейс командной строки (CLI), который предоставляет все команды, необходимые для обработки данных iCLIP о взаимодействиях белок-РНК и генерации:

• демультиплексированные и обрезанные адаптером файлы FASTQ,

• Файлы BAM с сопоставленными операциями чтения iCLIP,

• идентифицированные сайты сшивки белок-РНК, сохраненные в файлах BED,

• пики, состоящие из статистически значимых сайтов с перекрестными ссылками, сохраненные в файлах BED,

• кластеры важных сайтов с перекрестными ссылками, сохраненные в файлах BED,

• группировка отдельных повторных экспериментов,

• Создание РНК-карты, показывающее позиционное распределение сайтов сшивки относительно геномных ориентиров,

• анализ обогащения кмер,

• и другое.

Вы можете начать с руководства или погрузиться в документацию.

Авторы

iCount разработан и поддерживается Томажем Курком из лаборатории биоинформатики факультета компьютерных и информационных наук Люблянского университета в сотрудничестве с лабораторией Джернея Уле.

Разработка началась в конце 2008 года, когда Томаж Курк и Грегор Рот написали первый прототип iCount. Многое произошло с тех пор. Подробности и полные благодарности см. в разделе документации, посвященном тому, как цитировать.

Содействие

Вклады (pull request) приветствуются! Пожалуйста, отправляйте свои материалы, следуя инструкциям.

Сообщить о проблемах

Используйте страницу проблем, чтобы сообщить о проблемах и запросить улучшения. Перед отправкой проверьте список проблем, о которых уже сообщалось. Также ознакомьтесь с часто задаваемыми вопросами, чтобы узнать, решена ли проблема уже.