NetSolP 1.0

НетСолП-1.0

NetSolP-1.0 прогнозирует растворимость и пригодность для очистки белков, экспрессируемых в E. coli. Целью удобства использования является растворимость и экспрессируемость белков. NetSolP-1.0 основан на моделях белкового языка (ESM12, ESM1b).

Веб-сервер можно найти по адресу https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?NetSolP. Автономная версия программного обеспечения доступна на вкладке «Загрузки». Он содержит код веб-сервера. Кроме того, он также имеет наборы данных, код для обучения и тестирования, а также обученные модели.

Использование

Для обучения:

 cd TrainAndTest/
python train.py

Более подробную информацию и требования можно найти в README папки TrainAndTest.

Для прогнозирования: (сначала обучите и преобразуйте модели в ONNX ИЛИ загрузите предварительно обученные модели со вкладки «Загрузки» веб-сервера).

 cd PredictionServer/ 
python predict.py --FASTA_PATH ./test_fasta.fasta --OUTPUT_PATH ./test_preds.csv --MODEL_TYPE ESM12 --PREDICTION_TYPE S

Более подробную информацию и требования можно найти в README папки PredictionServer.

Лицензия

Код лицензируется по лицензии BSD 3-Clause.

Цитирование

 @article{10.1093/bioinformatics/btab801,
    author = {Thumuluri, Vineet and Martiny, Hannah-Marie and Almagro Armenteros, Jose J and Salomon, Jesper and Nielsen, Henrik and Johansen, Alexander Rosenberg},
    title = "{NetSolP: predicting protein solubility in Escherichia coli using language models}",
    journal = {Bioinformatics},
    volume = {38},
    number = {4},
    pages = {941-946},
    year = {2021},
    month = {11},
    issn = {1367-4803},
    doi = {10.1093/bioinformatics/btab801},
    url = {https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab801},
    eprint = {https://academic.oup.com/bioinformatics/article-pdf/38/4/941/49008876/btab801.pdf},
}