URD
Version 1.1.1
URD — это пакет R, предназначенный для реконструкции траекторий транскрипции, лежащих в основе процессов спецификации или дифференцировки, в форме ветвящегося дерева с использованием данных секвенирования одноклеточной РНК. Он назван в честь скандинавского мифологического персонажа, который питает мировое древо и решает все судьбы.
URD описан в:
Одноклеточная реконструкция траекторий развития во время эмбриогенеза рыбок данио.
Фаррелл Дж.А. и Ван Ю. (равный вклад), Ризенфельд С.Дж., Шекхар К., Регев А. и Шир А.Ф. (равный вклад).
Science, 26 апреля 2018 г. doi: 10.1126/science.aar3131
Чтобы начать, ознакомьтесь с кратким руководством по началу работы: (Просмотреть) (Загрузить)
Полный дополнительный анализ от Farrell & Wang, et al. который описывает реконструкцию траекторий развития во время эмбриогенеза рыбок данио (3,3-12 часов после оплодотворения).
Полный дополнительный анализ Зиберта, Фаррелла и др. Также доступна реконструкция траекторий развития взрослой гидры.
Учебное пособие по построению обработанных данных от Зиберта, Фаррелла и др. (см. ниже для скачивания) доступен здесь
Обработанный объект URD из эмбриогенеза рыбок данио (3,3–12 часов после оплодотворения) от Farrell & Wang, et al. можно загрузить на портале Broad Single-cell (требуется вход в систему).
Обработанные объекты URD взрослой гидры от Siebert, Farrell и др. можно загрузить с портала Broad Single-cell Portal (требуется вход в систему) или с Data Dryad.
Подробные изменения и минорные версии указаны на NEWS.md.
Вышла версия 1.1! Сюда входят новые функции для использования анализа модуля NMF для обнаружения и удаления дублетов, новые функции для просмотра экспрессии генов относительно псевдовремени и новые функции построения графиков для проверки данных. Он сопровождает публикацию «Траектории дифференцировки стволовых клеток в гидре», разрешенные с разрешением отдельных клеток.
Вышла версия 1.0! Он сопровождает нашу рукопись. Одноклеточная реконструкция траекторий развития во время эмбриогенеза рыбок данио!
