scMulan

scMulan

Добро пожаловать в репозиторий scMulan_v1, в котором представлена ​​наша предстоящая работа: «scMulan: многозадачная генеративная предварительно обученная языковая модель для одноклеточного анализа».

Представляем scMulan

scMulan — это революционная базовая модель для анализа транскриптомики отдельных клеток.
Функции:

• Аннотация к типам ячеек с нулевым выстрелом: легко классифицируйте типы ячеек без предварительного обучения или сопоставления ссылок.
• Нулевая пакетная интеграция: плавно интегрируйте данные из различных пакетов.
• Генерация условных ячеек: поддержка моделирования возмущений in silico.

Установка

 conda create -n scMulan python==3.10
conda activate scMulan
pip install -r requirements.txt

Быстрый старт

скачайте файл ckpt и поместите его в ./ckpt/
Подготовьте тестовый файл данных и начните использовать scMulan.

Учебники

Мы предоставили руководство по использованию scMulan для аннотаций типов ячеек (см. руководство). В настоящее время scMulan поддерживает нулевое аннотирование типов клеток человека в семи органах, включая сердце, легкие, печень, костный мозг, кровь, мозг и тимус.

Его также можно использовать для получения вложений ячеек для пакетной интеграции (см. руководство). Вы можете легко использовать свои данные и получать анализ от scMulan.

scMulan теперь поддерживает вывод на npu.

Благодарности

• минGPT
• вспышка внимания
• скудный
• скиб