Алгоритм, предложенный в рукописи «Расширенная основа для анализа изображений покадровой микроскопии», может обнаруживать, отслеживать и классифицировать раковые клетки, а также обнаруживать фагоцитоз на изображениях покадровой микроскопии.
Файлы в папке cell_classification содержат коды, необходимые для классификации раковых клеток на живые и мертвые.
Этот файл реализует обнаружение ячеек на изображениях. Он содержит несколько шагов, таких как преобразование цветных изображений в изображения в оттенках серого и изображений в оттенках серого в двоичные изображения, поиск контуров в двоичных изображениях, определение того, является ли контур на самом деле ячейкой, и вычисление формы ячеек.
Этот код классифицирует ячейки на изображениях. Он включает в себя несколько этапов, таких как отслеживание клеток по непрерывным изображениям и определение того, какие клетки живы, а какие мертвы.
Этот код принимает изображения покадровой микроскопии в качестве входных данных и предоставляет пользователю классификацию клеток в качестве выходных данных. Для вычислений он вызывает cell_detect.py и cell_classify.py.
Пользователям необходимо запустить код в среде Ubuntu. После подготовки входных данных выполните следующую команду:
$./main.py
Файлы в папке phagocytosis_detection представляют собой коды для обнаружения фагоцитоза на изображениях.
Этот файл реализует обнаружение ячеек на изображениях. Он содержит несколько шагов, таких как преобразование цветных изображений в изображения в оттенках серого и изображений в оттенках серого в двоичные изображения, поиск контуров в двоичных изображениях, определение того, является ли контур на самом деле ячейкой, и вычисление формы ячеек.
Этот код обнаруживает фагоцитоз на непрерывных изображениях. Он включает в себя применение DBSCAN, линейной регрессии и определение наличия в кластере фагоцитоза.
Этот код принимает изображения покадровой микроскопии в качестве входных данных и предоставляет пользователю видео, в котором клетки кластеризуются, а кластеры помечаются, если оно содержит фагоцитоз в качестве выходных данных. Для вычислений он вызывает cell_detect.py и phagocytosis_detect.py.
Пользователям необходимо запустить код в среде Ubuntu. После подготовки входных данных выполните следующую команду:
$./main.py
