Скачать taxtree - Скачать исходный код taxtree

taxtree

Другой исходный код

1.0.0

Скачать

налоговое дерево

Обзор

База данных таксономии представляет собой тщательно подобранную классификацию и номенклатуру всех организмов в общедоступных базах данных последовательностей. В настоящее время это составляет около 10% описанных видов жизни на планете. Официальный адрес базы данных таксономии NCBI — https://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy, а общедоступный адрес загрузки данных — https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/. taxtree используется для создания филогенетической топологии таксономических единиц (таксонов) на основе базы данных Taxonomy путем обработки имен.dmp и nodes.dmp и рисования простых эволюционных деревьев на основе иерархии таксонов. Реализация функции taxtree опирается на tidyverse и ggtree . В настоящее время taxtree позволяет использовать 768 430 таксонов из базы данных таксономии для построения топологии филогенетического дерева.

Звания	высшие таксоны	род	разновидность	низшие таксоны	общий
Архея	610	264	878	0	1752
Бактерии	5,897	5005	24 761	952	36 615
Эукариоты	67 028	98 600	515 880	36 640	718 148
Грибы	6009	7,437	55 840	1571	70 857
многоклеточные животные	48 564	70 320	270 261	18 292	407 437
Вирусы	2064	2587	7,180	65	11 896
Бактерии	5,897	5005	24 761	952	36 615
Все таксоны	75 630	106 458	548 685	37 657	768 430

Установка

Перед установкой вам необходимо загрузить пакет зависимостей taxtree ggtree от BiocManager .

if (!require("BiocManager"))
  install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
if (!require("ggtree"))
  BiocManager::install("ggtree")

Установите devtools , который используется для установки пакетов R с GitHub.

if (!require("devtools"))
  install.packages("devtools")

После того, как вы выполнили вышеуказанные шаги, начните установку.

devtools::install_github("nongxinshengxin/taxtree")

Функция

taxtree имеет шесть основных функций .

make_Taxtree() Если у вас есть определенные названия таксонов (либо королевский тип, класс, порядок, семейство, род, виды, либо любой другой таксономический узел), вы можете использовать эту функцию для построения их таксономической топологии из списка названий таксонов.
find_Lineage() По явному названию таксона находятся все таксономические линии под этим таксоном.
name2rank() Если у вас есть определенные названия таксонов (либо королевский тип, класс, порядок, семейство, род, виды, либо любой другой таксономический узел), вы можете использовать эту функцию для получения названия таксономического ранга (и таксида) на основе названия таксономии.
name2rank_str() Если у вас есть определенные названия таксонов (либо королевский тип, класс, порядок, семейство, род, виды, либо любой другой таксономический узел), вы можете использовать эту функцию для получения названия таксономического ранга (и таксида) на основе названия таксономии. В эту функцию вы можете ввести одну строку или вектор, содержащий несколько строк.
plot_taxTree() Рисование простого дерева таксономии на основе пакета ggtree .
write_taxTree() Эта функция записывает в файл дерево в формате в скобках, используя формат Ньюика, основанный на пакетах ape .

Приложение

Аннотация видов на основе OTU, позволяющая строить их филогенетическую топологию на основе названий таксонов, полученных из аннотации, с помощью функции make_Taxtree();
Проведение таксономических исследований. Хотите узнать о близких родственниках человека из отряда приматов? find_Lineage("Приматы") — это однострочная команда, которая даст вам ответ;
Пограничный тип Отряд Семейство Род Виды, классификация слишком сложна. name2rank(), name2rank_str(), просто укажите название таксона, и он сообщит вам его таксономический ранг;
Супер связка. taxtree основан на базе данных Taxonomy и может быть связан с программным обеспечением TaxonKit ; Кроме того, Taxtree генерирует фило-классы S3, которые обычно используются для хранения филогенетических деревьев в R. Дерево можно легко украсить с помощью пакета ggtree . Дерево также можно вывести с помощью write_taxTree() в сочетании с пакетом itol.toolkit и дополнить с помощью iTOL.

Ссылка

Хэдли Уикэм. https://github.com/tidyverse/tidyverse

Г Ю, Д. К. Смит, Х Чжу, И Гуань, TTY Лам (2017). ggtree: пакет R для визуализации и аннотирования филогенетических деревьев с их ковариатами и другими связанными данными. Методы экологии и эволюции, 8(1):28-36. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12628