xyz2mol

xyz2mol теперь встроен в RDKit.

 raw_mol = Chem.MolFromXYZFile('acetate.xyz')
mol = Chem.Mol(raw_mol)
rdDetermineBonds.DetermineBonds(mol,charge=-1)

Преобразование декартовых координат в один или несколько молекулярных графиков

Учитывая декартовы координаты в форме файла .xyz , код создает список из одного или нескольких молекулярных графов. В случаях, когда существует несколько возможных резонансных форм, xyz2mol возвращает список всех, в противном случае — список только одной.

Этот код основан на работе DOI: 10.1002/bkcs.10334.

 Yeonjoon Kim and Woo Youn Kim
"Universal Structure Conversion Method for Organic Molecules:
From Atomic Connectivity to Three-Dimensional Geometry"
Bull. Korean Chem. Soc.
2015, Vol. 36, 1769-1777

Настраивать

Зависит от rdkit , numpy и networkx . Проще всего настроить через anaconda/conda:

conda install -c conda-forge xyz2mol

Настройка автономной среды доступна через Makefile . Для настройки и тестирования просто клонируйте проект и создайте его.

 git clone https://github.com/jensengroup/xyz2mol

а затем запустите следующую папку xyz2mol

 make
make test

Обратите внимание: код также можно запустить без зависимостей networkx , но это медленнее.

Пример использования

Считайте файл xyz и распечатайте УЛЫБКИ, но не кодируйте хиральность.

 xyz2mol.py examples/chiral_stereo_test.xyz --ignore-chiral

Считайте файл xyz и распечатайте формат SDF, сохраните его в файле.

 xyz2mol.py examples/chiral_stereo_test.xyz -o sdf > save_file.sdf

Считайте файл xyz с зарядом и распечатайте УЛЫБКИ.

 xyz2mol.py examples/acetate.xyz --charge -1

Зависимости:

 rdkit # (version 2019.9.1 or later needed for huckel option)
networkx