xolotl

Xolotl: быстрый и гибкий симулятор нейронов

xolotl -это быстрый симулятор с одним компонентом и многокомпонентом, написанный в C++ с интерфейсом MATLAB , который вам действительно понравится.

Зачем использовать Xolotl? Вот почему:

---

Xolotl быстрый

Xolotl написан в C ++, и это быстро . В нашем тестировании он более чем в 3 раза быстрее, чем нейрон для нейронов отдельных компартмента.

---

xolotl легко использовать

Хотите настроить модель Hodgkin-Huxley, ввести ток, интегрировать ее и построить след напряжения? Это все, что вам нужно:

x = xolotl ;
x .add( ' compartment ' , ' HH ' , ' A ' , 0.01 );
x . HH .add( ' liu/NaV ' , ' gbar ' , 1000 );
x . HH .add( ' liu/Kd ' , ' gbar ' , 300 );
x . HH .add( ' Leak ' , ' gbar ' , 1 );
x.I_ext = .2 ;
x . plot ;

---

xolotl имеет документацию

В отличие от определенных широко используемых симуляторов нейронов, которые остаются безымянными, у Xolotl есть документация, которая на самом деле ... существует.

Вот как это выглядит:

---

xolotl полностью программируется

Xolotl предназначен для использования в Matlab . Это дает вам лучшее из обоих миров: высокая производительность C ++ скомпилированного кода с богатой силой всех наборов инструментов, которые может предложить Matlab. Ты можешь:

• Написать функции, которые передают модели в качестве аргументов
• Оптимизировать параметры моделей нейронов с использованием набора инструментов глобальной оптимизации
• Запустить моделирование параллельно на нескольких компьютерах
• иметь один сценарий для запуска моделирования и проанализировать результаты

---

Зацепил? Начните здесь.

Где мне это получить?

Нажмите здесь, чтобы загрузить, и нажмите на загруженный файл для установки.

Как мне это цитировать?

Мы опубликовали технологический отчет на границах в нейроинформатике.

 @ARTICLE{10.3389/fninf.2018.00087,
AUTHOR={Gorur-Shandilya, Srinivas and Hoyland, Alec and Marder, Eve},   
TITLE={Xolotl: An Intuitive and Approachable Neuron and Network Simulator for Research and Teaching},      
JOURNAL={Frontiers in Neuroinformatics},      
VOLUME={12},      
PAGES={87},     
YEAR={2018},      
URL={https://www.frontiersin.org/article/10.3389/fninf.2018.00087},       
DOI={10.3389/fninf.2018.00087},      
ISSN={1662-5196},   
}

Документы и проекты, которые используют xolotl

1. Регуляция EAG с помощью Ca2+/кальмодулина контролирует пресинаптическую возбудимость у дрозофилы
2. Правила гомеостатической пластичности, которые компенсируют размер ячейки, подвержены удалению канала
3. NBIO140 Lab 5 Lab для NBIO140, которой преподает Стивен Ван Хузер
4. Blackboxneuron Neuron Simulator, разработанный для обучения и бакалавриата. Используется для программы Brandeis QBREC
5. Основной курс по интегративным биологическим наукам (BIMS 6000)