bx python

BX-питон

Проект BX-Python представляет собой библиотеку Python и связанный набор сценариев для быстрой реализации анализа шкалы генома. Библиотека содержит множество полезных модулей, но особые сильные стороны:

• Занятия для чтения и работы с множественными локальными выравниваниями в масштабе генома (в форматах MAF, AXT и LAV)
• Общая структура данных для индексации в файлах дисков, которые содержат блоки данных, связанные с интервалами на различных последовательностях (например, для обеспечения случайного доступа к отдельным выравниваниям в огромных файлах; оптимизирован для использования по сетевым файловым системам)
• Структуры данных для работы с интервалами на последовательностях
  • «Binned Bitsets», которые действуют так же, как массивы битов размером с хромосомы, но лениво распределяют области и позволяют компактно хранить большие блоки всего набора или всех нерешенных битов.
  • «Межсектор» для выполнения тестов быстрого пересечения, которые сохраняют как запросы, так и целевые интервалы и связанные с ними аннотации

Требования

В настоящее время сборка требует Liblzo, например, Sudo Apt-Get Install Liblzo2-Dev на Debian/Ubuntu).

Установка

Пакет может быть установлен с помощью PIP:

pip install bx-python

Он доступен в BioConda (рекомендуется):

conda install -c conda-forge -c bioconda bx-python

Он доступен в Debian и Ubuntu:

sudo apt install python3-bx

Или может быть построен из проверки репозитория:

python setup.py install