nextflow

"ตัวแปรกระแสข้อมูลแสดงออกได้อย่างน่าทึ่งในการเขียนโปรแกรมพร้อมกัน"

เฮนรี อี. บัล, เจนนิเฟอร์ จี. สไตเนอร์, แอนดรูว์ เอส. ทาเนนบัม

Nextflow คือระบบเวิร์กโฟลว์สำหรับการสร้างเวิร์กโฟลว์ที่ปรับขนาดได้ พกพาได้ และทำซ้ำได้ โดยอิงตามโมเดลการเขียนโปรแกรมกระแสข้อมูล ซึ่งช่วยลดความยุ่งยากในการเขียนไปป์ไลน์แบบขนานและแบบกระจาย ทำให้คุณสามารถมุ่งเน้นไปที่การไหลของข้อมูลและการคำนวณได้ Nextflow สามารถปรับใช้เวิร์กโฟลว์บนแพลตฟอร์มการดำเนินการที่หลากหลาย รวมถึงเครื่องในเครื่องของคุณ, ตัวกำหนดเวลา HPC, AWS Batch, Azure Batch, Google Cloud Batch และ Kubernetes นอกจากนี้ยังรองรับหลายวิธีในการจัดการการพึ่งพาซอฟต์แวร์ของคุณ รวมถึง Conda, Spack, Docker, Podman, Singularity และอื่นๆ อีกมากมาย

เริ่มต้นอย่างรวดเร็ว

ติดตั้ง Nextflow ด้วยคำสั่งเดียว:

 curl -fsSL https://get.nextflow.io | ทุบตี

มันสร้างไฟล์ปฏิบัติการ nextflow ในไดเร็กทอรีปัจจุบัน จากนั้นคุณสามารถย้ายไปยังไดเรกทอรีใน $PATH ของคุณเพื่อเรียกใช้ได้จากทุกที่

Nextflow สามารถติดตั้งได้จาก Bioconda:

 conda ติดตั้ง -c bioconda nextflow

เอกสารประกอบ

เอกสารประกอบของ Nextflow พร้อมใช้งานสำหรับเวอร์ชันเสถียรและ Edge ล่าสุด

ชุมชน

คุณสามารถโพสต์คำถามและรับความช่วยเหลือได้ในฟอรัมชุมชน Nextflow หรือ Nextflow Slack ควรรายงานข้อบกพร่องและคำขอคุณสมบัติเป็นปัญหาของ GitHub

ชุมชน Nextflow มีความกระตือรือร้นอย่างมาก โดยมีการประชุมในชุมชน กิจกรรม พอดแคสต์ และอื่นๆ เป็นประจำ คุณสามารถดูเนื้อหานี้ได้ในช่อง Nextflow และ nf-core YouTube

โครงการ nf-core เป็นความพยายามของชุมชนที่รวบรวมเวิร์กโฟลว์ Nextflow คุณภาพสูงซึ่งทุกคนสามารถใช้ได้

มีส่วนร่วม

ผลงานมีมากกว่าการต้อนรับ ดูไฟล์การมีส่วนร่วมเพื่อดูรายละเอียด

ใบอนุญาต

Nextflow เปิดตัวภายใต้ลิขสิทธิ์ Apache 2.0 Nextflow เป็นเครื่องหมายการค้าจดทะเบียน

การอ้างอิง

หากคุณใช้ Nextflow ในงานของคุณ โปรดอ้างอิง:

พี. ดิ ตอมมาโซ และคณะ Nextflow ช่วยให้เวิร์กโฟลว์การคำนวณสามารถทำซ้ำได้ เทคโนโลยีชีวภาพธรรมชาติ 35, 316–319 (2017) doi:10.1038/nbt.3820

เครดิต

Nextflow สร้างขึ้นจากโปรเจ็กต์ซอฟต์แวร์โอเพ่นซอร์ส*ที่ยอดเยี่ยม* สองโปรเจ็กต์ Groovy และ GPars

YourKit ขอสนับสนุน Nextflow ด้วย Java Profiler ที่มีคุณสมบัติครบถ้วน