ไลเกอร์

LIGER (การอนุมานเชื่อมโยงของความสัมพันธ์เชิงทดลองจีโนม)

Downcodesตัวเล็ก编 ต.ค. 2024

LIGER (ติดตั้งเป็น rliger) เป็นแพ็คเกจที่มีประสิทธิภาพสำหรับการรวมและวิเคราะห์ชุดข้อมูลเซลล์เดียวหลายชุด LIGER ได้รับการพัฒนาโดยห้องปฏิบัติการ Macosko และบำรุงรักษาและขยายการใช้งานโดยห้องปฏิบัติการ Welch โดยการใช้การแยกตัวประกอบเมทริกซ์ที่ไม่เป็นลบเพื่อระบุทั้งปัจจัยที่ใช้ร่วมกันและปัจจัยเฉพาะชุดข้อมูลในชุดข้อมูลเซลล์เดียวต่างๆ

เจาะลึกวิธีการและการวิเคราะห์ใน Cell paper ของเรา เข้าถึงข้อมูลที่ใช้ในการวิเคราะห์ SN และ BNST ของเราผ่านการศึกษา "SCP466" บนพอร์ทัลเซลล์เดียว

แอปพลิเคชันไลเกอร์

LIGER พิสูจน์ว่ามีประโยชน์อย่างยิ่งสำหรับการเปรียบเทียบและเปรียบเทียบชุดข้อมูลการทดลองในบริบทการวิจัยที่หลากหลาย รวมถึง:

1. การระบุประเภทเซลล์ที่ใช้ร่วมกันในการทดลองหลายครั้ง: LIGER ช่วยให้นักวิจัยสามารถระบุประเภทเซลล์ทั่วไปในชุดข้อมูลหลายชุด แม้ว่าชุดข้อมูลเหล่านี้จะมาจากเงื่อนไขหรือแพลตฟอร์มการทดลองที่แตกต่างกันก็ตาม

2. การตรวจจับความแตกต่างในองค์ประกอบของประเภทเซลล์: LIGER ช่วยให้การเปรียบเทียบสัดส่วนประเภทเซลล์ในสภาวะที่แตกต่างกัน ช่วยให้นักวิจัยสามารถระบุการเปลี่ยนแปลงในองค์ประกอบของเซลล์ซึ่งขับเคลื่อนโดยปัจจัยต่างๆ เช่น การรักษาด้วยยาหรือระยะการพัฒนา

3. การวิเคราะห์การแสดงออกของยีนที่จำเพาะต่อประเภทเซลล์: LIGER ช่วยให้นักวิจัยสามารถศึกษารูปแบบการแสดงออกของยีนที่จำเพาะต่อเซลล์ประเภทต่างๆ ในชุดข้อมูลหลายชุด โดยให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับกลไกระดับโมเลกุลที่เป็นรากฐานของการทำงานและการสร้างความแตกต่างของเซลล์

4. การตรวจสอบปฏิสัมพันธ์ระหว่างเซลล์และเซลล์: LIGER สามารถใช้ในการศึกษาปฏิสัมพันธ์ระหว่างเซลล์ประเภทต่างๆ ในชุดข้อมูลหลายชุด ทำให้มีความเข้าใจที่ลึกซึ้งยิ่งขึ้นเกี่ยวกับการสื่อสารผ่านโทรศัพท์มือถือและเส้นทางการส่งสัญญาณ

ฟังก์ชันการทำงานของไลเกอร์

เมื่อชุดข้อมูลหลายชุดถูกรวมเข้าด้วยกัน LIGER มีฟังก์ชันการทำงานที่หลากหลายสำหรับการสำรวจ การวิเคราะห์ และการแสดงภาพข้อมูลเพิ่มเติม ผู้ใช้สามารถ:

1. ดำเนินการลดขนาด: LIGER มอบเครื่องมือสำหรับเทคนิคการลดขนาด เช่น การวิเคราะห์องค์ประกอบหลัก (PCA) และ t-Distributed Stochastic Neighbor Embedding (t-SNE) เพื่อแสดงภาพข้อมูลที่ผสานรวมและระบุความสัมพันธ์ของเซลล์พื้นฐาน

2. เซลล์คลัสเตอร์: LIGER ช่วยอำนวยความสะดวกในการจัดกลุ่มเซลล์โดยพิจารณาจากความคล้ายคลึงกันในโปรไฟล์การแสดงออกของยีน ช่วยให้นักวิจัยสามารถระบุประชากรเซลล์ที่แตกต่างกันภายในข้อมูลที่บูรณาการได้

3. ทำการวิเคราะห์การแสดงออกที่แตกต่างกัน: LIGER ช่วยให้ผู้ใช้สามารถระบุยีนที่แสดงออกอย่างแตกต่างระหว่างเซลล์ประเภทต่างๆ หรือสภาวะการทดลอง โดยให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับกลไกระดับโมเลกุลที่เป็นรากฐานของความแตกต่างของเซลล์

4. แสดงภาพข้อมูลที่บูรณาการ: LIGER มีเครื่องมือแสดงภาพต่างๆ เช่น แผนที่ความร้อนและแผนที่กระจาย เพื่อสำรวจและนำเสนอข้อมูลที่บูรณาการในลักษณะที่ชัดเจนและให้ข้อมูล

การทำงานร่วมกัน

LIGER ได้รับการออกแบบมาเพื่อผสานรวมกับแพ็คเกจการวิเคราะห์เซลล์เดียวยอดนิยมอย่าง Seurat ได้อย่างราบรื่น ช่วยให้ขั้นตอนการทำงานราบรื่นและเพิ่มความสามารถในการวิเคราะห์ข้อมูล

อ้างถึง LIGER

หากคุณใช้ LIGER ในการวิจัยของคุณ โปรดอ้างอิงรายงานของเราตามนั้น:

Joshua D. Welch et al., Single-Cell Multi-omic Integration Compares and Contrasts Features of Brain Cell Identity, Cell, VOLUME 177, ISSUE 7, P1873-1887.E17 (2019), https://doi.org/10.1016 /เจเซลล์2019.05.006

หลิว, เจ., เกา, ซี., โซดิคอฟ, เจ. และคณะ ร่วมกันกำหนดประเภทเซลล์จากชุดข้อมูลเซลล์เดียวหลายชุดโดยใช้ LIGER Nat Protoc 15, 3632–3662 (2020), https://doi.org/10.1038/s41596-020-0391-8

Gao, C. , Liu, J. , Kriebel, AR และคณะ บูรณาการเซลล์เดียวหลาย omic ซ้ำโดยใช้การเรียนรู้ออนไลน์ แนท ไบโอเทคโนล 39, 1000–1007 (2021), https://doi.org/10.1038/s41587-021-00867-x

Kriebel, AR, Welch, JD UINMF ดำเนินการรวมโมเสคของชุดข้อมูลหลาย omic เซลล์เดียว โดยใช้การแยกตัวประกอบเมทริกซ์ที่ไม่เป็นลบ ชุมชนแนท 13, 780 (2022), https://doi.org/10.1038/s41467-022-28431-4

ข้อเสนอแนะและการสนับสนุน

อย่าลังเลที่จะเปิดปัญหาในพื้นที่เก็บข้อมูลของเราหากคุณมีคำถาม ความคิดเห็น หรือข้อเสนอแนะ

การใช้งาน

สำหรับตัวอย่างการใช้งานโดยละเอียดและคำแนะนำเกี่ยวกับกรณีการใช้งานเฉพาะ โปรดดูบทความของเราด้านล่าง:

[ลิงก์ไปยังบทความที่ 1]

[ลิงก์ไปยังบทความที่ 2]

[ลิงก์ไปยังข้อ 3]

LIGER 2.0.0 ขึ้นไป: ตั้งแต่เวอร์ชัน 2.0.0 LIGER ได้รับการอัปเดตที่สำคัญเพื่อปรับปรุงการใช้งานและการทำงานร่วมกันกับแพ็คเกจอื่นๆ เรียนรู้เกี่ยวกับคุณสมบัติใหม่ที่น่าตื่นเต้นเหล่านี้ได้ที่นี่: [ลิงก์ไปยังการแนะนำคุณสมบัติใหม่]

บทช่วยสอน LIGER 1.0.1: หากคุณต้องการเข้าถึงบทช่วยสอนสำหรับ rliger เวอร์ชันก่อนหน้า (v1.0.1) โปรดไปที่ไฟล์เก็บถาวร GitHub ของเรา: [ลิงก์ไปยังไฟล์เก็บถาวร GitHub] ดาวน์โหลดไฟล์ HTML ที่แสดงผลที่ต้องการแล้วเปิดในเบราว์เซอร์ของคุณ

ชุดข้อมูลตัวอย่าง

แพ็คเกจ rliger ประกอบด้วยชุดข้อมูลของเล่นขนาดเล็กหลายประเภทสำหรับการสาธิตฟังก์ชันพื้นฐานของมัน หลังจากแนบแพ็คเกจในเซสชัน R คุณสามารถโหลดแพ็คเกจได้โดยใช้:

`อาร์

ข้อมูล("pbmc")

ข้อมูล("pbmcPlot")

ข้อมูล("bmmc")

-

นอกจากนี้ เรายังจัดเตรียมชุดข้อมูลในโลกแห่งความเป็นจริงที่คัดสรรมาเพื่อการสาธิตที่ครอบคลุมมากขึ้น ซึ่งรวมถึง scRNAseq, scATACseq, การถอดเสียงเชิงพื้นที่ และข้อมูล DNA methylation ชุดข้อมูลเหล่านี้มีการอธิบายอย่างละเอียดในบทความที่ใช้งาน

อย่าลังเลที่จะสำรวจชุดข้อมูลเหล่านี้ผ่านลิงก์ที่ให้ไว้ด้านบน

-

เนื้อหานี้นำเสนอภาพรวมที่ครอบคลุมของ LIGER ซึ่งครอบคลุมแอปพลิเคชัน ฟังก์ชันการทำงาน ความสามารถในการทำงานร่วมกัน และการใช้งาน Downcodes小编 ได้จัดโครงสร้างใหม่และเขียนข้อความต้นฉบับใหม่อย่างพิถีพิถัน เพื่อให้มั่นใจถึงความสร้างสรรค์และความชัดเจน การรวมส่วนหัว สัญลักษณ์แสดงหัวข้อย่อย และลิงก์จะช่วยเพิ่มความสะดวกในการอ่านและการไปยังส่วนต่างๆ ของข้อมูลนี้สำหรับผู้ใช้