xtb

แพ็คเกจโปรแกรมการผูกแน่นแบบขยายกึ่งเชิงประจักษ์

นี่คือพื้นที่เก็บข้อมูลอย่างเป็นทางการของแพ็คเกจโปรแกรม xtb ที่พัฒนาโดยกลุ่ม Grimme ในเมืองบอนน์

การติดตั้ง

คุณสามารถดูไบนารีที่เชื่อมโยงแบบคงที่ (Intel Compiler) ได้ที่หน้ารุ่นล่าสุด ซึ่งมีเวอร์ชันสำหรับ Linux (Intel 18.0.2, GLIBC 2.19) และ Windows (Intel 2022) มาให้ โปรแกรมและไลบรารี xtb ได้รับการบรรจุบน conda-forge สำหรับ Linux (x86_64, aarch64, ppc64le) และ MacOS (x86_64, arm64) สำหรับผู้ใช้ homebrew การแตะแบบกำหนดเองจะมีให้ใช้งานที่ grimme-lab/homebrew-qc ซึ่งมีไบนารี MacOS/x86_64 ที่สร้างไว้ล่วงหน้า สำหรับไบนารี MacOS/arm64 จะถูกคอมไพล์ในการติดตั้งโดยอัตโนมัติ

การเผยแพร่ Bleeding Edge (Linux เท่านั้น) ของแหล่งที่มาล่าสุดจากที่เก็บนี้มีอยู่ในแท็กการเผยแพร่แบบต่อเนื่อง

โปรเจ็กต์นี้รองรับระบบบิลด์สองระบบ ได้แก่ Meson และ CMake คำแนะนำสั้นๆ เกี่ยวกับการใช้งานแต่ละรายการมีให้ที่นี่ ทำตามคำแนะนำที่ลิงก์เพื่อดูข้อมูลโดยละเอียดเพิ่มเติม (คู่มือ meson, คู่มือ CMake)

คอมไพเลอร์ :

1. ifort(<=2021.10.0), icc(<=2021.10.0)
2. กฟอร์ทราน, gcc

เมสัน

การใช้ meson เป็นระบบ build คุณต้องติดตั้งเวอร์ชันใหม่เช่น 0.62 หรือใหม่กว่า หากต้องการใช้แบ็กเอนด์เริ่มต้นของ meson คุณต้องติดตั้ง ninja เวอร์ชัน 1.7 หรือใหม่กว่า

 export FC=ifort CC=icc
meson setup build --buildtype release --optimization 2 -Dfortran_link_args= " -qopenmp "
ninja -C build test 

สำคัญ

การคอมไพล์ด้วย meson บน macOS แตกต่างจากโปรโตคอลสำหรับระบบที่ใช้ Linux เล็กน้อย ไลบรารี BLAS ที่แตกต่างกันสามารถนำไปสู่ผลลัพธ์ที่เบี่ยงเบนได้ในบางกรณี ซึ่งพบไม่บ่อยนัก โปรดปฏิบัติตามคำแนะนำต่อไปนี้

การตั้งค่า Meson บน macOS

รวบรวมด้วย meson บน macOS

1. ใช้ Homebrew สำหรับการจัดการแพ็คเกจ : ติดตั้งการพึ่งพาเช่น gcc , gfortran และ openblas โดยใช้ Homebrew ข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับวิธีการตั้งค่า brew ตัวอย่าง:

   brew install gcc gfortran openblas

2. การเรียกการตั้งค่า meson พร้อมตัวแปรสภาพแวดล้อมที่เหมาะสม : ใช้การเรียก meson setup ที่ปรับเปลี่ยนต่อไปนี้เพื่อคอมไพล์ xtb บน macOS แน่นอนว่าเส้นทางไปยังไลบรารีอาจแตกต่างกันในระบบของคุณ

   LDFLAGS= " -L/opt/homebrew/opt/openblas/lib " CPPFLAGS= " -I/opt/homebrew/opt/openblas/include " FC=gfortran-14 CC=gcc-14 meson setup _build --buildtype release -Dlapack=openblas

ตรวจสอบให้แน่ใจว่าชุดทดสอบทำงานโดยไม่มีข้อผิดพลาด

หากต้องการติดตั้ง xtb ไบนารี่ /usr/local use (อาจต้องใช้ sudo )

ninja -C build install

สำหรับข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับการ build ด้วย meson โปรดดูคำแนะนำที่นี่

ซีเมค

ระบบการสร้าง CMake จำเป็นต้องติดตั้งทั้งยี่ห้อและ CMake โดยรุ่นหลังต้องเป็นเวอร์ชัน 3.9 หรือใหม่กว่า

การสร้าง xtb ด้วย CMake ทำงานร่วมกับสายคำสั่งต่อไปนี้:

cmake -B build -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release
make -C build
make -C build test

หากต้องการติดตั้ง xtb ไบนารี่ /usr/local use (อาจต้องใช้ sudo )

make -C build install

สำหรับข้อมูลโดยละเอียดเพิ่มเติมเกี่ยวกับบิลด์ด้วย CMake โปรดดูคำแนะนำที่นี่

คอนดา

การติดตั้ง xtb จากช่อง conda-forge สามารถทำได้โดยการเพิ่ม conda-forge ในช่องของคุณด้วย:

 conda config --add channels conda-forge

เมื่อเปิดใช้งานช่อง conda-forge แล้ว สามารถติดตั้ง xtb ด้วย:

 conda install xtb

คุณสามารถแสดงรายการ xtb ทุกเวอร์ชันที่มีอยู่บนแพลตฟอร์มของคุณได้โดยใช้:

 conda search xtb --channel conda-forge

เอกสารประกอบ

เอกสาร xtb โฮสต์อยู่ที่ read-the-docs

มีส่วนร่วม

โปรดอ่านแนวทางการมีส่วนร่วมของเราก่อนที่จะมีส่วนร่วมในโครงการนี้

ผู้ร่วมให้ข้อมูล

เรากำลังพัฒนาโปรแกรมนี้เพื่อให้การวิจัยของเราเป็นไปได้ คุณสมบัติหลายอย่างที่ xtb มีในปัจจุบันได้ถูกเพิ่มเข้ามา เนื่องจากมีความต้องการอย่างมากสำหรับคุณสมบัติเหล่านี้ และเรามีผู้ร่วมให้ข้อมูลมากมายที่ทำให้คุณสมบัติเหล่านี้เป็นจริง:

• พี. แอตกินสัน (@patrickatkinson)
• C. Bannwarth (@cbannwarth)
• F. Bohle (@fabothch)
• กรัม. บรันเดนบูร์ก (@gbrandenburg)
• อี. คัลเดเวย์เฮอร์ (@f3rmion)
• เอ็ม. เชซินสกี้
• เอส. โดห์ม (@thch-dohm)
• เอส. เอห์เลิร์ต (@awvwgk)
• เอส. เออร์ลิช
• ไอ. เกราซิมอฟ (@foxtran)
• เอส. กริมม์ (@stefangrimme)
• ซี. โฮลเซอร์ (@hoelzerC)
• เอ. คัตบาเชฟ (@Albkat)
• เจ. คูปแมน (@JayTheDog)
• C. Lavinge (@clavigne)
• เอส. เลห์โตลา (@susilehtola)
• เอฟ. มาร์ซ
• เอ็ม. มึลเลอร์ (@marcelmbn)
• เอฟ. มูซิล (@felixmusil)
• H. Neugebauer (@haneug)
• เจ. พิศเรก
• ซี. เพลตต์ (@cplett)
• ป. ปราชท์ (@pprcht)
• เอฟ. พัลตาร์ (@pultar)
• เจ. ไซเบิร์ต (@liljay42)
• ป. ชูชคอฟ
• เอส. สไปเชอร์ (@sespic)
• เอ็ม. สตาห์น (@MtoLStoN)
• เอ็ม. สไตเนอร์ (@steinmig)
• ต. Strunk (@timostrunk)
• เจ. สตุคคราธ (@jbstueckrath)
• ที. โรส (@Thomas3R)
• เจ. อันสเลเบอร์ (@nabbelbabbel)

ผู้ร่วมให้ข้อมูลจะแสดงตามลำดับตัวอักษร การสนับสนุนบางส่วนเกิดขึ้นก่อนการเปิดตัว GitHub ของโปรเจ็กต์นี้ และไม่ปรากฏในประวัติการยืนยันของที่เก็บ สำหรับข้อมูลผู้ร่วมให้ข้อมูลจากประวัติการคอมมิตตั้งแต่นั้นมา ดูที่นี่

การอ้างอิง

การอ้างอิงทั่วไปถึง xtb และวิธีการ GFN ที่นำไปใช้:

• C. Bannwarth, E. Caldeweyher, S. Ehlert, A. Hansen, P. Pracht, J. Seibert, S. Spicher, S. Grimme WIREs Comput. โมล วิทยาศาสตร์ , 2020 , 11, e01493. ดอย: 10.1002/wcms.1493

สำหรับ GFN-xTB:

• เอส. กริมม์, ซี. บานน์วาร์ธ, พี. ชูชคอฟ, เจ. เคม ทฤษฎีคอมพิวเตอร์ , 2017 , 13, 1989-2009. ดอย: 10.1021/acs.jctc.7b00118
• ซี. บันน์วาร์ธ, เอส. เอห์เลิร์ต และเอส. กริมม์, เจ. เคม. ทฤษฎีคอมพิวเตอร์ , 2019 , 15, 1652-1671. ดอย: 10.1021/acs.jctc.8b01176
• P. Pracht, E. Caldeweyher, S. Ehlert, S. Grimme, ChemRxiv , 2019 , พิมพ์ล่วงหน้า ดอย: 10.26434/chemrxiv.8326202.v1

สำหรับ GFN-FF:

• เอส. สไปเชอร์ และเอส. กริมม์, แองจิว. เคมี. นานาชาติ เอ็ด , 2020 , 59, 15665–15673 ดอย: 10.1002/anie.202004239

สำหรับ GBSA และ ALPB การแก้ปัญหาโดยนัย:

• เอส. เอห์เลิร์ต, เอ็ม. สตาห์น, เอส. สไปเชอร์, เอส. กริมม์, เจ. เคม ทฤษฎีคอมพิวเตอร์ , 2021 , 17, 4250-4261 ดอย: 10.1021/acs.jctc.1c00471

สำหรับการแก้ปัญหาโดยนัยของ ddCOSMO และ CPCM-X:

• ม.สตาห์น, เอส. เอห์เลิร์ต, เอส. กริมม์, เจ. ฟิส เคมี. ก , 2023 , XX, XXX-XXX ดอย: 10.1021/acs.jpca.3c04382

สำหรับ DFT-D4:

• อี. คาลเดอเวย์เฮอร์, ซี. บานน์วาร์ธ และเอส. กริมม์, เจ. เคม ฟิสิกส์ , 2017 , 147, 034112. ดอย: 10.1063/1.4993215
• อี. คาลเดอเวย์เฮอร์, เอส. เอห์เลิร์ต, เอ. แฮนเซน, เอช. นอยเกบาวเออร์, เอส. สไปเชอร์, ซี. บานน์วาร์ธ และเอส. กริมม์, เจ. เคม ฟิสิกส์ , 2019 , 150, 154122. ดอย: 10.1063/1.5090222
• อี. คาลเดอเวย์เฮอร์, เจ.-เอ็ม. Mewes, S. Ehlert และ S. Grimme, Phys. เคมี. เคมี. ฟิสิกส์ , 2020 , 22, 8499-8512. ดอย: 10.1039/D0CP00502A

สำหรับ sTDA-xTB:

• เอส. กริมม์ และ ซี. บานน์วาร์ธ, เจ. เคม. ฟิสิกส์ , 2016 , 145, 054103. ดอย: 10.1063/1.4959605

ในบริบทข้อมูลจำเพาะจำนวนมาก:

• V. Asgeirsson, C. Bauer และ S. Grimme, Chem วิทยาศาสตร์ , 2017 , 8, 4879. ดอย: 10.1039/c7sc00601b
• เจ. คูปแมน และเอส. กริมม์, ACS Omega , 2019 , 4, 12, 15120-15133. ดอย: 10.1021/acsomega.9b02011
• เจ. คูปแมน และ เอส. กริมม์, เจ. แอม. สังคมสงเคราะห์ แมสสเปกตรัม , 2021 , 32, 7, 1735-1751. ดอย: 10.1021/jasms.1c00098

สำหรับเมตาไดนามิกส์ ให้อ้างอิงถึง:

• เอส. กริมม์, เจ. เคม. ทฤษฎีคอมพิวเตอร์ , 2019 , 155, 2847-2862. ดอย: 10.1021/acs.jctc.9b00143

สำหรับการคำนวณ SPH อ้างถึง:

• เอส. สไปเชอร์ และ เอส. กริมม์, เจ. เคม. ทฤษฎีคอมพิวเตอร์ , 2021 , 17, 1701–1714. ดอย: 10.1021/acs.jctc.0c01306

สำหรับ ONIOM อ้างถึง:

• ซี. เพลตต์, เอ. แคทบาเชฟ, เอส. เอห์เลิร์ต, เอส. กริมม์, เอ็ม. เบิร์ช, Phys. เคมี. เคมี. ฟิสิกส์ , 2023 , 25, 17860-17868. ดอย: 10.1039/D3CP02178E

ข้อมูลอ้างอิงทั้งหมดมีอยู่ในรูปแบบ bibtex

ใบอนุญาต

xtb เป็นซอฟต์แวร์เสรี: คุณสามารถแจกจ่ายซ้ำและ/หรือแก้ไขได้ภายใต้เงื่อนไขของ GNU Lesser General Public License ตามที่เผยแพร่โดย Free Software Foundation ไม่ว่าจะเป็นเวอร์ชัน 3 ของใบอนุญาต หรือ (ตามตัวเลือกของคุณ) เวอร์ชันที่ใหม่กว่า

xtb ได้รับการเผยแพร่โดยหวังว่าจะมีประโยชน์ แต่ไม่มีการรับประกันใดๆ โดยไม่มีแม้แต่การรับประกันโดยนัยถึงความสามารถเชิงพาณิชย์หรือความเหมาะสมสำหรับวัตถุประสงค์เฉพาะ ดู GNU Lesser General Public License สำหรับรายละเอียดเพิ่มเติม

เว้นแต่คุณจะระบุไว้เป็นอย่างอื่นอย่างชัดเจน การสนับสนุนใดๆ ที่ส่งโดยเจตนาเพื่อรวมไว้ใน xtb โดยคุณ ตามที่กำหนดไว้ในใบอนุญาต GNU Lesser General Public จะต้องได้รับอนุญาตตามที่กล่าวไว้ข้างต้น โดยไม่มีข้อกำหนดหรือเงื่อนไขเพิ่มเติมใดๆ