ลิทยีน

LitGene CodeBase

งานนี้อยู่ใน Trail Webrun พร้อมการปรับใช้งานบน (https://litgene.tumorai.org/)

GitHub การปรับใช้ (https://github.com/vinash85/GENELLM_WEBAPP) สามารถใช้สำหรับการปรับใช้เว็บเพจด้วยตนเอง

ใช้หน้าคำติชมบนหน้าเครื่องมือ LitGene หรือติดต่อผู้เขียนเพื่อให้ข้อเสนอแนะ

ลิงค์ BioArxiv: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.07.606674v1

ต่อไปนี้เป็นวิธีเรียกใช้โค้ดตัวอย่างโดยใช้ Docker

1. สร้างนักเทียบท่า:

   ก. ไปที่ตำแหน่งของไฟล์นักเทียบท่าหลังจาก git clone "cd LitGene/dependencies/docker/"

   ข. สร้างนักเทียบท่า "นักเทียบท่า build . -t litgene"

2. เรียกใช้อิมเมจนักเทียบท่า/สร้างคอนเทนเนอร์:

   ค. "นักเทียบท่าวิ่ง --name Litgene --gpus=all --previleged --ports 8888:8888 -v litgene_location:/home/tailab/LitGene -dit litgene /bin/bash"

3. เข้าสู่นักเทียบท่า:

   ง. "นักเทียบท่า exec -it Litgene /bin/bash"

4. Inside docker ไปที่ความสามารถในการละลายโค้ดตัวอย่าง:

   จ. "ซีดี /home/tailab/LitGene/"

   ฉ. เปิด jupyter " สมุดบันทึก jupyter -- พอร์ต 8888 --ip 0.0.0.0 --allow-root --no-browser"

5. ในระบบที่ใช้งานนักเทียบท่า:

   ก. เปิดเบราว์เซอร์ "https://localhost:8888"

   ชม. ป้อนโทเค็น

   ฉัน. เรียกใช้โค้ดตัวอย่าง "solubilityEval.ipynb"

6. หรือนักเทียบท่าในระบบระยะไกล (ตัวเลือก):

   ก. คำสั่งเปิดบนระบบโลคัล

   ชม. พิมพ์ "ssh -NL localhost:8888:localhost:8888 usernme@server"

   ฉัน. ทำซ้ำขั้นตอนที่ 5

(หากสนใจข้อกำหนดของ Conda ที่ให้ไว้ใน LitGene/การพึ่งพาที่ทดสอบบน Ubuntu 22 พร้อม python 3.12 และไดรเวอร์ nvidia 535.183.01 และรันไทม์ cuda 12.2 บน A100 GPU)

กำลังดำเนินการสร้างโค้ดใหม่ภายใต้ code/refactored_code สำหรับไฟล์ข้อมูล โมเดล และไฟล์เอาท์พุตอื่นๆ กรุณาติดต่อ [[email protected]]