กล้ามเนื้อ
Version 5.2 with support for protein structure alignment
Muscle เป็นซอฟต์แวร์ที่ใช้กันอย่างแพร่หลายสำหรับการจัดลำดับทางชีววิทยาหลายตำแหน่ง
Muscle ได้คะแนนสูงสุดในการทดสอบเกณฑ์มาตรฐาน Balibase, Bralibase และ Balifam และปรับขนาดลำดับหรือโครงสร้างนับพันรายการบนคอมพิวเตอร์เดสก์ท็อปสินค้าโภคภัณฑ์
การสนับสนุนของกล้ามเนื้อสร้างชุดของการจัดตำแหน่งทางเลือกที่มีความแม่นยำสูงเช่นเดียวกับที่ได้รับจากพารามิเตอร์เริ่มต้น ด้วยการเปรียบเทียบการพยากรณ์ปลายน้ำจากการจัดแนวต่างๆ เช่น ต้นไม้ นักชีววิทยาสามารถประเมินความแข็งแกร่งของข้อสรุปเทียบกับความแปรผันของการจัดตำแหน่งที่เกิดจากความคลุมเครือและข้อผิดพลาด
รองรับการจัดตำแหน่งโครงสร้าง ("Muscle-3D") เช่นเดียวกับการจัดลำดับกรดอะมิโนแบบธรรมดา อินพุตสำหรับการจัดตำแหน่งโครงสร้างเป็นไฟล์ "mega" ที่สร้างโดยคำสั่ง pdb2mega ของ reseek (https://github.com/rcedgar/reseek)
# สำหรับโครงสร้างมากถึง ~100 โครงสร้าง Reseek -pdb2mega STRUCTS - เอาต์พุต structs.mega กล้ามเนื้อ -align structs.mega -output structs.afa # สำหรับโครงสร้างมากถึง ~10,000 โครงสร้าง ลองใหม่ - แปลง STRUCTS -bca structs.bca Reseek -pdb2mega structs.bca - เอาต์พุต structs.mega ดำเนินการใหม่ -distmx structs.bca -output structs.distmx กล้ามเนื้อ -super7 structs.mega -distmxin structs.distmx -reseek -output structs.afa
ไฟล์ไบนารี่มีอยู่ในตัวเอง ไม่มีการขึ้นต่อกัน หากต้องการติดตั้ง ให้ดาวน์โหลดไบนารีและตรวจสอบให้แน่ใจว่าได้ตั้งค่าบิตดำเนินการแล้ว
https://github.com/rcedgar/muscle/releases
หน้าแรกของ Muscle v5
คู่มือ
https://github.com/rcedgar/muscle/wiki/Building-MUSCLE
Edgar RC., Muscle5: ชุดการจัดตำแหน่งที่มีความแม่นยำสูงช่วยให้สามารถประเมินลำดับความคล้ายคลึงและสายวิวัฒนาการได้อย่างเป็นกลาง การสื่อสารธรรมชาติ 13.1 (2022): 6968
https://www.nature.com/articles/s41467-022-34630-w.pdf
เอ็ดการ์ อาร์ซี และ Tolstoy I. , Muscle-3D: การจัดตำแหน่งโครงสร้างโปรตีนหลายแบบที่ปรับขนาดได้ (2024) BioRxiv
