EasyAmplicon

EasyAmplicon

เวอร์ชันภาษาจีนใน (中文版见) README_cn.md

EasyAmplicon: ไปป์ไลน์ที่ใช้งานง่าย โอเพ่นซอร์ส ทำซ้ำได้ และอิงตามชุมชนสำหรับการวิเคราะห์ข้อมูลแอมพลิคอนในการวิจัยไมโครไบโอม

เวอร์ชั่น：v1.21

อัปเดต：2024/08/05

คู่มือไปป์ไลน์และคำอธิบายไฟล์

การใช้ RStudio เพื่อเปิดไปป์ไลน์ที่มีในภาษาจีน (pipeline.sh) และภาษาอังกฤษ (pipeline_en.sh)

คำอธิบายไฟล์:

• Readme.md # บทนำและติดตั้ง
• Pipeline.sh # การวิเคราะห์บรรทัดคำสั่งสำหรับ Windows และ Linux (มีเป็นภาษาจีนและอังกฤษ)
• Pipeline_mac.sh # การวิเคราะห์บรรทัดคำสั่งสำหรับ MacOS
• result/ # ตัวอย่างข้อมูลผลลัพธ์
• result/Diversity.Rmd # การวิเคราะห์ความหลากหลายเชิงโต้ตอบใน R และรายงานที่ทำซ้ำได้ในรูปแบบ HTML

เราทำอะไรได้บ้าง?

• การวิเคราะห์และการแสดงภาพข้อมูลไมโครไบโอม โดยเฉพาะแอมพลิคอน 16S rDNA
• จากข้อมูลดิบสู่ตารางคุณลักษณะ
• รองรับวิธีการวิเคราะห์มากกว่า 20 วิธีและการแสดงภาพพร้อมเผยแพร่
• เสร็จสิ้นโครงการของคุณบนแล็ปท็อปในเวลาอันสั้น (ประมาณ 3 ชั่วโมง)
• สนับสนุนคู่มือสื่อและวิดีโอเป็นภาษาจีน/อังกฤษ

รูปที่ 1 ไปป์ไลน์ของ EasyAmplicon สำหรับการวิเคราะห์ลำดับแอมพลิคอนแบบปลายคู่

รูปที่ 2 ตัวอย่างการแสดงภาพคุณภาพสิ่งพิมพ์

รูปที่ 3 ตัวอย่างเพิ่มเติมของการแสดงภาพคุณภาพสิ่งพิมพ์ในรูปที่ 2

รูปที่ 4 การแสดงภาพที่สร้างโดยซอฟต์แวร์บุคคลที่สามโดยใช้ไฟล์ระดับกลางของ EasyAmplicon

ติดตั้ง

ติดตั้งการพึ่งพา

การสำรองข้อมูลซอฟต์แวร์ทั้งหมดสามารถพบได้ใน

• FTP: Filezilla เยี่ยมชม FTP download.nmdc.cn โดยไม่เปิดเผยตัวตน ในไดเร็กทอรี tools คุณจะพบซอฟต์แวร์และแพ็คเกจทั้งหมดในแอมพลิคอนและระบบต่างๆ ที่รองรับ mac ดังกล่าว win
• ดิสก์เน็ต Baidu：https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315

กรุณาติดตั้งซอฟต์แวร์อ้างอิงตามระบบของคุณ (Win/Mac/Linux)

• แนะนำให้ใช้ R 4.xx สำหรับการรันสคริปต์ R https://www.r-project.org/ ขอแนะนำให้ติดตั้ง Rtools สำหรับแพ็คเกจซอร์สโค้ดด้วย
• RStudio 2023.xx.x เป็นสภาพแวดล้อมการพัฒนาแบบรวมสำหรับ R https://posit.co/download/rstudio-desktop/
• แสตมป์ v2.1.3 http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP
• Git สำหรับ Windows 2.xx.x (Windows เท่านั้น) http://gitforwindows.org/
• แพ็คเกจ R ติดตั้งอย่างรวดเร็ว

สถิติและการแสดงภาพอาจต้องใช้แพ็คเกจ > 500 R การติดตั้งใช้เวลานานและอาจต้องใช้เครื่องมือคอมไพล์อื่นๆ ด้วย คุณสามารถดาวน์โหลดแพ็คเกจ R ที่จำเป็นทั้งหมดได้ใน https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 db/win/4.x.zip หรือ db/mac/R4.2_mac_libraryX86_64.zip จากนั้นแตกไฟล์และนำไฟล์ โฟลเดอร์ 4.x เข้าไป C:Users[$UserName]AppDataLocalRwin-library

ติดตั้ง EasyAmplicon

• วิธีที่ 1. ไปที่หน้าแรกของ GitHub รหัส -- ดาวน์โหลด

• ไปป์ไลน์ EasyAmplicon (การควบคุมเชิงบวก) https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon

• EasyMicrobiome รวมสคริปต์และฐานข้อมูล https://github.com/YongxinLiu/EasyMicrobiome

ดาวน์โหลดโปรเจ็กต์ใน C: หรือ D: จากนั้นแตกไฟล์ (เก็บชื่อไดเร็กทอรีให้ตรงกับชื่อซอฟต์แวร์)

• วิธีที่ 2 ดาวน์โหลดโดยไซต์มิเรอร์ใน BaiduNetDisk: https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 db/soft/EasyAmplicon.tar.gz หรือ EasyMicrobiome.tar.gz

• วิธีที่ 3. git clone https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon และ git clone https://github.com/YongxinLiu/EasyMicrobiome หมายเหตุ: fatal: unable to access สามารถลองใหม่ได้

เริ่มต้นอย่างรวดเร็ว

ใช้ Windows 10+ เป็นตัวอย่าง:

1. เปิด RStudio และตั้งค่าเทอร์มินัลเป็น Git Bash (เครื่องมือ - ตัวเลือกสากล - เทอร์มินัล - เทอร์มินัลใหม่ - Git Bash - ตกลง)
2. ไฟล์ -- เปิดไฟล์ -- โฟลเดอร์ EasyAmplicon --ไปป์ไลน์.sh (windows/linux) หรือไปป์ไลน์_mac.sh (mac)
3. ตั้งค่า work directory (wd) และ EasyMicrobiome directory (db) จากนั้นเรียกใช้แต่ละบรรทัดโดยคลิกเรียกใช้ที่มุมขวาบน

ตัวอย่างชุดข้อมูล

• seq/ # raw sequencing ในรูปแบบ zipped fastq การสำรองข้อมูลสามารถดาวน์โหลดได้ด้วยข้อมูลเมตาจาก GSA https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/
• result/ # ตัวอย่างข้อมูลและตัวเลขสำหรับไปป์ไลน์มาตรฐาน เช่น อัลฟ่า เบต้า ภาษี
• ขั้นสูง/ # ตัวอย่างการวิเคราะห์ขั้นสูง รวมข้อมูล สคริปต์ และตัวเลขผลลัพธ์

คำถามที่พบบ่อย

คำถามที่พบบ่อยใน Pipeline.sh

หมายเหตุ: สคริปต์ .sh ทั้งหมดเขียนในรูปแบบมาร์กดาวน์ โดยใช้ Youdao Note หรือ VSCode เพื่อประสบการณ์การอ่านที่ดียิ่งขึ้น

การอ้างอิง

หากใช้สคริปต์นี้ โปรดอ้างอิง:

หยงซิน หลิว , เล่ย เฉิน, เถิงเฟย หม่า, เสี่ยวฟาง ลี, เหมาเซิง เจิ้ง, ซินโจว, เหลียง เฉิน, ซูโปเฉียน, เจียวซี, หงเย่หลู่, ฮุ่ยลัวเฉา, เซียวย่า หม่า, เบียน เบียน, เผิงฟาน จาง, จีฉิว หวู่, เหรินหยู กาน, เป่าเล่ย เจีย, หลินหยาง ซุน, จือเฉิง จู, หยุนหยุน เกา, เถา เหวิน , ตง เฉิ น 2023 EasyAmplicon: ไปป์ไลน์ที่ใช้งานง่าย โอเพ่นซอร์ส ทำซ้ำได้ และอิงตามชุมชนสำหรับการวิเคราะห์ข้อมูลแอมพลิคอนในการวิจัยไมโครไบโอม iMeta2 :e83. https://doi.org/10.1002/imt2.83

ลิขสิทธิ์ 2016-2023 Yong-Xin Liu [email protected], Tao Wen [email protected], Tong Chen [email protected]