อาร์คอาร์
Release_1.0.2
การวิเคราะห์ scATAC-seq และ scRNA-seq ที่จับคู่กัน
ตอนนี้ ArchR รองรับการวิเคราะห์ scATAC-seq และ scRNA-seq ที่จับคู่แล้ว!
ดูการอัปเดตด้วย importFeatureMatrix, addGeneExpressionMatrix, addIterativeLSI, addCombinedDims
สำหรับบทช่วยสอนสั้น ๆ เกี่ยวกับคุณสมบัติเหล่านี้: https://greenleaflab.github.io/ArchR_2020/Ex-Analyze-Multiome.html
การวิเคราะห์วิถี
ตอนนี้ ArchR รองรับการวิเคราะห์วิถีวิถี monocle3 และ Slingshot โดยตรงแล้ว!
ดูการอัปเดตด้วย getMonocleTrajectories, addMonocleTrajectory, addSlingShotTrajectories
สำหรับบทช่วยสอนสั้น ๆ เกี่ยวกับคุณสมบัติเหล่านี้: https://greenleaflab.github.io/ArchR_2020/Ex-Analyze-Trajectory.html
นอกจากนี้ ArchR ยังเปิดใช้งานการส่งออกเมทริกซ์สูงสุดที่เข้ากันได้กับ STREAM!
ดูการอัปเดตด้วย ExportPeakMatrixForSTREAM
ArchR เป็นแพ็คเกจ R ที่มีคุณสมบัติครบถ้วนสำหรับการประมวลผลและวิเคราะห์ข้อมูล ATAC-seq เซลล์เดียว ArchR มีชุดเครื่องมือวิเคราะห์ scATAC-seq ที่ครอบคลุมมากที่สุดในบรรดาซอฟต์แวร์ใดๆ ที่มีอยู่ นอกจากนี้ ArchR ยังเก่งทั้งในด้านความเร็วและการใช้ทรัพยากร ทำให้สามารถวิเคราะห์ 1 ล้านเซลล์ใน 8 ชั่วโมงบนแล็ปท็อป MacBook Pro
สำหรับคำแนะนำโดยละเอียดเกี่ยวกับการติดตั้งและปัญหาที่เกี่ยวข้องบ่อยครั้ง โปรดไปที่ www.ArchRProject.com
ขั้นแรก ให้ติดตั้ง devtools (สำหรับการติดตั้งแพ็คเกจ GitHub) หากยังไม่ได้ติดตั้ง:
if ( ! requireNamespace( " devtools " , quietly = TRUE )) install.packages( " devtools " )จากนั้น ติดตั้ง BiocManager (สำหรับการติดตั้งแพ็คเกจตัวนำชีวภาพ) หากยังไม่ได้ติดตั้ง:
if ( ! requireNamespace( " BiocManager " , quietly = TRUE )) install.packages( " BiocManager " )จากนั้นติดตั้ง ArchR:
devtools :: install_github( " GreenleafLab/ArchR " , ref = " master " , repos = BiocManager :: repositories())สุดท้าย ให้ติดตั้งการขึ้นต่อกันของ ArchR ทั้งหมดที่ไม่ได้รับการติดตั้งตามค่าเริ่มต้น:
library( ArchR )
ArchR :: installExtraPackages()หากขั้นตอนใดขั้นตอนหนึ่งเหล่านี้ล้มเหลว คุณควรระบุแพ็คเกจที่ละเมิดและแก้ไขปัญหาการติดตั้งแต่ละรายการก่อนดำเนินการต่อ นอกจากนี้ โปรดดูเว็บไซต์ ArchR (www.ArchRProject.com) ซึ่งเรามีเคล็ดลับการแก้ไขปัญหาการติดตั้ง
ArchR ขณะนี้อยู่ใน รุ่นเบต้า เราคาดว่าอาจมีการกระแทกบนถนน หากคุณคิดว่าคุณพบข้อบกพร่อง โปรดติดตั้ง ArchR เวอร์ชันล่าสุดก่อน
devtools :: install_github( " GreenleafLab/ArchR " , ref = " master " , repos = BiocManager :: repositories())หากวิธีนี้ไม่สามารถแก้ไขปัญหาของคุณได้ โปรดรายงานปัญหาบน Github ด้วยแบบฟอร์ม รายงานข้อผิดพลาด
หากคุณมีคำถามเกี่ยวกับการใช้งาน ArchR โปรดดูคู่มือผู้ใช้ฉบับเต็มที่สามารถค้นหาได้ ส่วนคำถามที่พบบ่อย และสิ่งตีพิมพ์ หากคุณคิดว่าเอกสารบนเว็บไซต์นี้หรือคำอธิบายประกอบฟังก์ชันไม่ชัดเจน โปรดส่งปัญหาบน Github ด้วยแบบฟอร์ม คำขอเอกสาร หากมีคุณลักษณะที่คุณคิดว่าขาดหายไปจาก ArchR และคุณได้ค้นหาคู่มือผู้ใช้แล้ว ให้ส่งปัญหาบน Github ด้วยแบบฟอร์ม คำขอคุณลักษณะ หากไม่มีตัวเลือกเหล่านี้ช่วยได้ โปรดส่งอีเมลถึงเรา เราจะพยายามอย่างเต็มที่เพื่อตอบคำถามที่ไม่มีคำตอบในเอกสารประกอบ
